src/jalview/ws/sifts/SiftsClient.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ws.sifts;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.api.DBRefEntryI;
  25 import jalview.api.SiftsClientI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  29 import jalview.structure.StructureMapping;
  30 import jalview.util.Format;
  31 import jalview.xml.binding.sifts.Entry;
  32 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity;
  33 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity.Segment;
  34 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity.Segment.ListMapRegion.MapRegion;
  35 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity.Segment.ListResidue.Residue;
  36 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.Entity.Segment.ListResidue.Residue.CrossRefDb;
  37 import jalview.xml.binding.sifts.Entry.ListDB.Db;
  38
  39 import java.io.File;
  40 import java.io.FileInputStream;
  41 import java.io.FileNotFoundException;
  42 import java.io.FileOutputStream;
  43 import java.io.IOException;
  44 import java.io.InputStream;
  45 import java.io.PrintStream;
  46 import java.net.URL;
  47 import java.net.URLConnection;
  48 import java.util.ArrayList;
  49 import java.util.HashSet;
  50 import java.util.LinkedHashMap;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.zip.GZIPInputStream;
  53
  54 import javax.xml.bind.JAXBContext;
  55 import javax.xml.bind.JAXBException;
  56 import javax.xml.bind.Unmarshaller;
  57 import javax.xml.stream.FactoryConfigurationError;
  58 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
  59 import javax.xml.stream.XMLStreamException;
  60 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
  61
  62 public class SiftsClient implements SiftsClientI
  63 {
  64   private Entry siftsEntry;
  65
  66   private String pdbId;
  67
  68   private String structId;
  69
  70   private String segStartEnd;
  71
  72   private static final int BUFFER_SIZE = 4096;
  73
  74   private static final String SIFTS_FTP_BASE_URL = "ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/msd/sifts/xml/";
  75
  76   public static final String DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR = System
  77           .getProperty("user.home")
  78           + File.separatorChar
  79           + ".sifts_downloads" + File.separatorChar;
  80
  81   public static final String SIFTS_DOWNLOAD_DIR = jalview.bin.Cache
  82           .getDefault("sifts_download_dir", DEFAULT_SIFTS_DOWNLOAD_DIR);
  83
  84   private final static String NEWLINE = System.lineSeparator();
  85
  86   /**
  87    * Fetch SIFTs file for the given PDB Id and construct an instance of
  88    * SiftsClient
  89    *
  90    * @param pdbId
  91    */
  92   public SiftsClient(String pdbId)
  93   {
  94     this.pdbId = pdbId;
  95     try
  96     {
  97       File siftsFile = getSiftsFile(pdbId);
  98       siftsEntry = parseSIFTs(siftsFile);
  99     } catch (Exception e)
 100     {
 101       e.printStackTrace();
 102     }
 103   }
 104
 105   /**
 106    * Construct an instance of SiftsClient using the supplied SIFTs file -
 107    * the SIFTs file should correspond to the given PDB Id
 108    *
 109    * @param pdbId
 110    * @param siftsFile
 111    */
 112   public SiftsClient(String pdbId, File siftsFile)
 113   {
 114     this.pdbId = pdbId;
 115     try
 116     {
 117       siftsEntry = parseSIFTs(siftsFile);
 118     } catch (Exception e)
 119     {
 120       e.printStackTrace();
 121     }
 122
 123   }
 124
 125   /**
 126    * Parse the given SIFTs File and return a JAXB POJO of parsed data
 127    *
 128    * @param siftFile
 129    *          - the GZipped SIFTs XML file to parse
 130    * @return
 131    * @throws Exception
 132    *           if a problem occurs while parsing the SIFTs XML
 133    */
 134   private Entry parseSIFTs(File siftFile) throws Exception
 135   {
 136     try
 137     {
 138       System.out.println("File : " + siftFile.getAbsolutePath());
 139       JAXBContext jc = JAXBContext.newInstance("jalview.xml.binding.sifts");
 140       InputStream in = new FileInputStream(siftFile);
 141       GZIPInputStream gzis = new GZIPInputStream(in);
 142       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
 143               .createXMLStreamReader(gzis);
 144       Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
 145       return (Entry) um.unmarshal(streamReader);
 146     } catch (JAXBException e)
 147     {
 148       e.printStackTrace();
 149     } catch (FileNotFoundException e)
 150     {
 151       e.printStackTrace();
 152     } catch (XMLStreamException e)
 153     {
 154       e.printStackTrace();
 155     } catch (FactoryConfigurationError e)
 156     {
 157       e.printStackTrace();
 158     } catch (IOException e)
 159     {
 160       e.printStackTrace();
 161     }
 162     throw new Exception("Error parsing siftFile");
 163   }
 164
 165   /**
 166    * Get a SIFTs XML file for a given PDB Id
 167    *
 168    * @param pdbId
 169    * @return SIFTs XML file
 170    */
 171   public static File getSiftsFile(String pdbId)
 172   {
 173     File siftsFile = new File(SIFTS_DOWNLOAD_DIR + pdbId.toLowerCase()
 174             + ".xml.gz");
 175     if (siftsFile.exists())
 176     {
 177       // TODO it may be worth performing a timestamp age check to determine if a
 178       // new SIFTs file should be re-downloaded as SIFTs entries are usually
 179       // updated weekly
 180       System.out.println(">>> SIFTS File already downloaded for " + pdbId);
 181       return siftsFile;
 182     }
 183     siftsFile = downloadSiftsFile(pdbId.toLowerCase());
 184     return siftsFile;
 185   }
 186
 187   /**
 188    * Download a SIFTs XML file for a given PDB Id
 189    *
 190    * @param pdbId
 191    * @return downloaded SIFTs XML file
 192    */
 193   public static File downloadSiftsFile(String pdbId)
 194   {
 195     String siftFile = pdbId + ".xml.gz";
 196     String siftsFileFTPURL = SIFTS_FTP_BASE_URL + siftFile;
 197     String downloadedSiftsFile = SIFTS_DOWNLOAD_DIR + siftFile;
 198     File siftsDownloadDir = new File(SIFTS_DOWNLOAD_DIR);
 199     if (!siftsDownloadDir.exists())
 200     {
 201       siftsDownloadDir.mkdirs();
 202     }
 203     try
 204     {
 205       System.out.println(">> Download ftp url : " + siftsFileFTPURL);
 206       URL url = new URL(siftsFileFTPURL);
 207       URLConnection conn = url.openConnection();
 208       InputStream inputStream = conn.getInputStream();
 209       FileOutputStream outputStream = new FileOutputStream(
 210               downloadedSiftsFile);
 211       byte[] buffer = new byte[BUFFER_SIZE];
 212       int bytesRead = -1;
 213       while ((bytesRead = inputStream.read(buffer)) != -1)
 214       {
 215         outputStream.write(buffer, 0, bytesRead);
 216       }
 217       outputStream.close();
 218       inputStream.close();
 219       System.out.println(">>> File downloaded : " + downloadedSiftsFile);
 220     } catch (IOException ex)
 221     {
 222       ex.printStackTrace();
 223     }
 224     return new File(downloadedSiftsFile);
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Delete the SIFTs file for the given PDB Id in the local SIFTs download
 229    * directory
 230    *
 231    * @param pdbId
 232    * @return true if the file was deleted or doesn't exist
 233    */
 234   public static boolean deleteSiftsFileByPDBId(String pdbId)
 235   {
 236     File siftsFile = new File(SIFTS_DOWNLOAD_DIR + pdbId.toLowerCase()
 237             + ".xml.gz");
 238     if (siftsFile.exists())
 239     {
 240       return siftsFile.delete();
 241     }
 242     return true;
 243   }
 244
 245
 246   /**
 247    * Get a valid SIFTs DBRef for the given sequence current SIFTs entry
 248    *
 249    * @param seq
 250    *          - the target sequence for the operation
 251    * @return a valid DBRefEntry that is SIFTs compatible
 252    * @throws Exception
 253    *           if no valid source DBRefEntry was found for the given sequences
 254    */
 255   public DBRefEntryI getValidSourceDBRef(SequenceI seq)
 256           throws SiftsException
 257   {
 258     DBRefEntryI sourceDBRef = null;
 259     sourceDBRef = seq.getSourceDBRef();
 260     if (sourceDBRef != null && isValidDBRefEntry(sourceDBRef))
 261     {
 262       return sourceDBRef;
 263     }
 264     else
 265     {
 266       DBRefEntry[] dbRefs = seq.getDBRefs();
 267       if (dbRefs == null || dbRefs.length < 1)
 268       {
 269         final SequenceI[] seqs = new SequenceI[] { seq };
 270         new jalview.ws.DBRefFetcher(seqs, null, null, null, false)
 271                 .fetchDBRefs(true);
 272         dbRefs = seq.getDBRefs();
 273       }
 274
 275       if (dbRefs == null || dbRefs.length < 1)
 276       {
 277         throw new SiftsException("Could not get source DB Ref");
 278       }
 279
 280       for (DBRefEntryI dbRef : dbRefs)
 281       {
 282         if (dbRef == null || dbRef.getAccessionId() == null
 283                 || dbRef.getSource() == null)
 284         {
 285           continue;
 286         }
 287         if (isFoundInSiftsEntry(dbRef.getAccessionId())
 288                 && (dbRef.getSource().equalsIgnoreCase("uniprot") || dbRef
 289                         .getSource().equalsIgnoreCase("pdb")))
 290         {
 291           return dbRef;
 292         }
 293       }
 294     }
 295     if (sourceDBRef != null && isValidDBRefEntry(sourceDBRef))
 296     {
 297       return sourceDBRef;
 298     }
 299     throw new SiftsException("Could not get source DB Ref");
 300   }
 301
 302
 303   /**
 304    * Check that the DBRef Entry is properly populated and is available in the
 305    * instantiated SIFTs Entry
 306    *
 307    * @param entry
 308    *          - DBRefEntry to validate
 309    * @return true validation is successful otherwise false is returned.
 310    */
 311   private boolean isValidDBRefEntry(DBRefEntryI entry)
 312   {
 313     return entry != null && entry.getAccessionId() != null
 314             && isFoundInSiftsEntry(entry.getAccessionId());
 315     // & entry.getStartRes() > 0;
 316   }
 317
 318   @Override
 319   public HashSet<String> getAllMappingAccession()
 320   {
 321     HashSet<String> accessions = new HashSet<String>();
 322     List<Entity> entities = siftsEntry.getEntity();
 323     for (Entity entity : entities)
 324     {
 325       List<Segment> segments = entity.getSegment();
 326       for (Segment segment : segments)
 327       {
 328         List<MapRegion> mapRegions = segment.getListMapRegion()
 329                 .getMapRegion();
 330         for (MapRegion mapRegion : mapRegions)
 331         {
 332           accessions.add(mapRegion.getDb().getDbAccessionId());
 333         }
 334       }
 335     }
 336     return accessions;
 337   }
 338
 339   @Override
 340   public StructureMapping getSiftsStructureMapping(SequenceI seq,
 341           String pdbFile, String chain) throws SiftsException
 342   {
 343     structId = (chain == null) ? pdbId : pdbId + "|" + chain;
 344     System.out.println("Getting mapping for: " + pdbId + "|" + chain
 345             + " : seq- " + seq.getName());
 346
 347     final StringBuilder mappingDetails = new StringBuilder(128);
 348     PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 349     {
 350       @Override
 351       public void print(String x)
 352       {
 353         mappingDetails.append(x);
 354       }
 355
 356       @Override
 357       public void println()
 358       {
 359         mappingDetails.append(NEWLINE);
 360       }
 361     };
 362     int[][] mapping = getGreedyMapping(chain, seq, ps);
 363
 364     String mappingOutput = mappingDetails.toString();
 365     return new StructureMapping(seq, pdbFile, pdbId, chain, mapping,
 366             mappingOutput);
 367   }
 368
 369   @Override
 370   public int[][] getGreedyMapping(String entityId, SequenceI seq,
 371           java.io.PrintStream os)
 372  throws SiftsException
 373   {
 374     int matchedResStart = -1;
 375     int matchedResEnd = -1;
 376     int counter = 0;
 377     int pdbStart = -1;
 378     int pdbEnd = -1;
 379     int sStart = -1;
 380     int sEnd = -1;
 381     boolean startDetected = false;
 382
 383     System.out.println("Generating mappings for : " + entityId);
 384     Entity entity = null;
 385     entity = getEntityById(entityId);
 386     String seqStr = AlignSeq.extractGaps(jalview.util.Comparison.GapChars,
 387             seq.getSequenceAsString());
 388     int mapping[][] = new int[seqStr.length() + seq.getStart()][2];
 389     DBRefEntryI sourceDBRef = seq.getSourceDBRef();
 390     if (sourceDBRef == null)
 391     {
 392       sourceDBRef = getValidSourceDBRef(seq);
 393       // TODO update sequence start/end with sourceDBRef start/end
 394       // seq.setStart(sourceDBRef.getStartRes());
 395       // seq.setEnd(sourceDBRef.getEndRes());
 396     }
 397
 398     String crossRefAccessionId = sourceDBRef.getAccessionId();
 399     int count = 0;
 400     for (int residue[] : mapping)
 401     {
 402       residue[1] = count++;
 403       residue[0] = -1;
 404     }
 405
 406     LinkedHashMap<Integer, String> resNumMap = new LinkedHashMap<Integer, String>();
 407     List<Segment> segments = entity.getSegment();
 408     for (Segment segment : segments)
 409     {
 410       segStartEnd = segment.getStart() + " - " + segment.getEnd();
 411       System.out.println("Mappging segments : " + segment.getSegId() + "\\"
 412               + segStartEnd);
 413       List<Residue> residues = segment.getListResidue().getResidue();
 414       for (Residue residue : residues)
 415       {
 416         int refDbResNum = -1;
 417         List<CrossRefDb> cRefDbs = residue.getCrossRefDb();
 418         for (CrossRefDb cRefDb : cRefDbs)
 419         {
 420           if (cRefDb.getDbAccessionId().equalsIgnoreCase(
 421                   crossRefAccessionId))
 422           {
 423             refDbResNum = Integer.valueOf(cRefDb.getDbResNum());
 424           }
 425         }
 426         if (refDbResNum == -1)
 427         {
 428           continue;
 429         }
 430         int loopCount = 0;
 431         for (int[] x : mapping)
 432         {
 433           if (loopCount > seq.getStart() && x[1] == refDbResNum)
 434           {
 435             int resNum = Integer.valueOf(residue.getDbResNum());
 436             x[0] = resNum;
 437             char resCharCode = ResidueProperties
 438                     .getSingleCharacterCode(residue.getDbResName());
 439             resNumMap.put(resNum, String.valueOf(resCharCode));
 440           }
 441           ++loopCount;
 442         }
 443       }
 444     }
 445
 446     for (int[] x : mapping)
 447     {
 448       if (!startDetected && x[0] > -1)
 449       {
 450         matchedResStart = counter;
 451         // System.out.println(matchedResStart);
 452         startDetected = true;
 453       }
 454
 455       if (startDetected && x[0] == -1)
 456       {
 457         matchedResEnd = counter;
 458       }
 459       ++counter;
 460     }
 461
 462     String matchedSeqStr = seqStr;
 463     if (matchedResStart != -1)
 464     {
 465       matchedResEnd = (matchedResEnd == -1) ? counter : matchedResEnd;
 466       pdbStart = mapping[matchedResStart][0];
 467       pdbEnd = mapping[matchedResEnd - 1][0];
 468       sStart = mapping[matchedResStart][1];
 469       sEnd = mapping[matchedResEnd - 1][1];
 470       int seqStart = seq.getStart();
 471       if (seqStart > 1)
 472       {
 473         matchedResStart = matchedResStart - seqStart;
 474         matchedResEnd = matchedResEnd - seqStart;
 475       }
 476       else
 477       {
 478         --matchedResStart;
 479         --matchedResEnd;
 480       }
 481       matchedSeqStr = seqStr.substring(matchedResStart, matchedResEnd);
 482     }
 483
 484     StringBuilder targetStrucSeqs = new StringBuilder();
 485     for (String res : resNumMap.values())
 486     {
 487       targetStrucSeqs.append(res);
 488     }
 489
 490     try
 491     {
 492       if (os != null)
 493       {
 494         MappingOutputPojo mop = new MappingOutputPojo();
 495         mop.setSeqStart(sStart);
 496         mop.setSeqEnd(sEnd);
 497         mop.setSeqName(seq.getName());
 498         mop.setSeqResidue(matchedSeqStr);
 499
 500         mop.setStrStart(pdbStart);
 501         mop.setStrEnd(pdbEnd);
 502         mop.setStrName(structId);
 503         mop.setStrResidue(targetStrucSeqs.toString());
 504
 505         mop.setType("pep");
 506         os.print(getMappingOutput(mop).toString());
 507       }
 508     } catch (Exception ex)
 509     {
 510       ex.printStackTrace();
 511     }
 512     return mapping;
 513   }
 514
 515   @Override
 516   public boolean isFoundInSiftsEntry(String accessionId)
 517   {
 518     return accessionId != null
 519             && getAllMappingAccession().contains(accessionId);
 520   }
 521
 522
 523   @Override
 524   public Entity getEntityById(String id) throws SiftsException
 525   {
 526     List<Entity> entities = siftsEntry.getEntity();
 527     for (Entity entity : entities)
 528     {
 529       if (!entity.getEntityId().equalsIgnoreCase(id))
 530       {
 531         continue;
 532       }
 533       return entity;
 534     }
 535     throw new SiftsException("Entity " + id + " not found");
 536   }
 537
 538   @Override
 539   public String[] getEntryDBs()
 540   {
 541     System.out.println("\nListing DB entries...");
 542     List<String> availDbs = new ArrayList<String>();
 543     List<Db> dbs = siftsEntry.getListDB().getDb();
 544     for (Db db : dbs)
 545     {
 546       availDbs.add(db.getDbSource());
 547       System.out.println(db.getDbSource() + " | " + db.getDbCoordSys());
 548     }
 549     return availDbs.toArray(new String[0]);
 550   }
 551
 552   @Override
 553   public StringBuffer getMappingOutput(MappingOutputPojo mp)
 554   {
 555     String seqRes = mp.getSeqResidue();
 556     String seqName = mp.getSeqName();
 557     int sStart = mp.getSeqStart();
 558     int sEnd = mp.getSeqEnd();
 559
 560     String strRes = mp.getStrResidue();
 561     String strName = mp.getStrName();
 562     int pdbStart = mp.getStrStart();
 563     int pdbEnd = mp.getStrEnd();
 564
 565     String type = mp.getType();
 566
 567     int maxid = (seqName.length() >= strName.length()) ? seqName.length()
 568             : strName.length();
 569     int len = 72 - maxid - 1;
 570
 571     // int nochunks = 2;// mp.getWrapHeight();
 572     int nochunks = ((seqRes.length()) / len)
 573             + ((seqRes.length()) % len > 0 ? 1 : 0);
 574     // output mappings
 575     StringBuffer output = new StringBuffer();
 576     output.append(NEWLINE);
 577     output.append("Sequence ⟷ Structure mapping details:");
 578     output.append(NEWLINE).append(NEWLINE);
 579
 580     output.append(new Format("%" + maxid + "s").form(seqName));
 581     output.append(" :  ");
 582     output.append(String.valueOf(sStart));
 583     output.append(" - ");
 584     output.append(String.valueOf(sEnd));
 585     output.append(" Maps to ");
 586     output.append(NEWLINE);
 587     output.append(new Format("%" + maxid + "s").form(structId));
 588     output.append(" :  ");
 589     output.append(String.valueOf(pdbStart));
 590     output.append(" - ");
 591     output.append(String.valueOf(pdbEnd));
 592     output.append(NEWLINE).append(NEWLINE);
 593
 594     float pid = 0;
 595     for (int j = 0; j < nochunks; j++)
 596     {
 597       // Print the first aligned sequence
 598       output.append(new Format("%" + (maxid) + "s").form(seqName)).append(
 599               " ");
 600
 601       for (int i = 0; i < len; i++)
 602       {
 603         if ((i + (j * len)) < seqRes.length())
 604         {
 605           output.append(seqRes.charAt(i + (j * len)));
 606         }
 607       }
 608
 609       output.append(NEWLINE);
 610       output.append(new Format("%" + (maxid) + "s").form(" ")).append(" ");
 611
 612       // Print out the matching chars
 613       for (int i = 0; i < len; i++)
 614       {
 615         if ((i + (j * len)) < seqRes.length())
 616         {
 617           if (seqRes.charAt(i + (j * len)) == strRes.charAt(i + (j * len))
 618                   && !jalview.util.Comparison.isGap(seqRes.charAt(i
 619                           + (j * len))))
 620           {
 621             pid++;
 622             output.append("|");
 623           }
 624           else if (type.equals("pep"))
 625           {
 626             if (ResidueProperties.getPAM250(seqRes.charAt(i + (j * len)),
 627                     strRes.charAt(i + (j * len))) > 0)
 628             {
 629               output.append(".");
 630             }
 631             else
 632             {
 633               output.append(" ");
 634             }
 635           }
 636           else
 637           {
 638             output.append(" ");
 639           }
 640         }
 641       }
 642       // Now print the second aligned sequence
 643       output = output.append(NEWLINE);
 644       output = output.append(new Format("%" + (maxid) + "s").form(strName))
 645               .append(" ");
 646       for (int i = 0; i < len; i++)
 647       {
 648         if ((i + (j * len)) < strRes.length())
 649         {
 650           output.append(strRes.charAt(i + (j * len)));
 651         }
 652       }
 653       output.append(NEWLINE).append(NEWLINE);
 654     }
 655     pid = pid / (seqRes.length()) * 100;
 656     output.append("Length of alignment = " + seqRes.length())
 657             .append(NEWLINE);
 658     output.append(new Format("Percentage ID = %2.2f").form(pid));
 659     output.append(NEWLINE);
 660     output.append("Mapping method: SIFTS").append(NEWLINE);
 661     return output;
 662   }
 663
 664   @Override
 665   public int getEntityCount()
 666   {
 667     return siftsEntry.getEntity().size();
 668   }
 669
 670   @Override
 671   public String getDbAccessionId()
 672   {
 673     return siftsEntry.getDbAccessionId();
 674   }
 675
 676   @Override
 677   public String getDbCoordSys()
 678   {
 679     return siftsEntry.getDbCoordSys();
 680   }
 681
 682   @Override
 683   public String getDbEvidence()
 684   {
 685     return siftsEntry.getDbEvidence();
 686   }
 687
 688   @Override
 689   public String getDbSource()
 690   {
 691     return siftsEntry.getDbSource();
 692   }
 693
 694   @Override
 695   public String getDbVersion()
 696   {
 697     return siftsEntry.getDbVersion();
 698   }
 699 }