src/jalview/ws/slivkaws/SlivkaMsaServiceInstance.java

   1 package jalview.ws.slivkaws;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.io.DataSourceType;
   6 import jalview.io.FileFormat;
   7 import jalview.io.FormatAdapter;
   8 import jalview.ws.api.JobId;
   9 import jalview.ws.api.MultipleSequenceAlignmentI;
  10 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  11 import jalview.ws.params.InvalidArgumentException;
  12 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  13
  14 import java.io.ByteArrayInputStream;
  15 import java.io.IOError;
  16 import java.io.IOException;
  17 import java.io.InputStream;
  18 import java.rmi.ServerError;
  19 import java.util.HashMap;
  20 import java.util.List;
  21
  22 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.FormField;
  23 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.RemoteFile;
  24 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaClient;
  25 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaForm;
  26 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaService;
  27
  28 public class SlivkaMsaServiceInstance extends SlivkaWSInstance implements MultipleSequenceAlignmentI
  29 {
  30   SlivkaMsaServiceInstance(SlivkaClient client, SlivkaService service) {
  31     super(client, service, "Alignment");
  32   }
  33
  34   @Override
  35   public JobId align(List<SequenceI> toalign, WsParamSetI parameters, List<ArgumentI> list) throws Throwable
  36   {
  37     StringBuilder builder = new StringBuilder();
  38     for (SequenceI seq : toalign)
  39     {
  40       builder.append(">").append(seq.getName()).append("\n");
  41       builder.append(seq.getSequence()).append("\n");
  42     }
  43     InputStream stream = new ByteArrayInputStream(builder.toString().getBytes());
  44     RemoteFile file = client.uploadFile(stream, "input.fasta", "application/fasta");
  45     SlivkaForm form = service.getForm();
  46     HashMap<String, String> values = new HashMap<>(list != null ? list.size() : 0);
  47     if (list != null)
  48     {
  49       for (ArgumentI arg : list)
  50       {
  51         values.put(arg.getName(), arg.getValue());
  52       }
  53     }
  54     for (FormField field : form.getFields())
  55     {
  56       switch (field.getType()) {
  57       case FILE:
  58         form.insert(field.getName(), file);
  59         break;
  60       case BOOLEAN:
  61         String value = values.get(field.getName());
  62         form.insert(field.getName(), (value != null && !value.isBlank()) ? true : false);
  63         break;
  64       default:
  65         form.insert(field.getName(), field.valueOf(values.get(field.getName())));
  66       }
  67     }
  68     return new JobId(service.getName(), service.getName(), form.submit());
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public AlignmentI getAlignmentFor(JobId jobId) throws InvalidArgumentException, ServerError, IOError
  73   {
  74     List<RemoteFile> files;
  75     try
  76     {
  77       files = client.getJobResults(jobId.getJobId());
  78       for (RemoteFile f : files)
  79       {
  80         if (f.getMimeType().equals("application/clustal"))
  81         {
  82           return new FormatAdapter().readFile(f.getURL().toString(), DataSourceType.URL, FileFormat.Clustal);
  83         }
  84         else if (f.getMimeType().equals("application/fasta"))
  85         {
  86           return new FormatAdapter().readFile(f.getURL().toString(), DataSourceType.URL, FileFormat.Fasta);
  87         }
  88       }
  89     } catch (IOException e)
  90     {
  91       throw new IOError(e);
  92     }
  93     return null;
  94   }
  95 }