src/jalview/ws/slivkaws/SlivkaMsaServiceInstance.java

   1 package jalview.ws.slivkaws;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   4 import jalview.datamodel.SequenceI;
   5 import jalview.io.DataSourceType;
   6 import jalview.io.FileFormat;
   7 import jalview.io.FormatAdapter;
   8 import jalview.ws.api.JobId;
   9 import jalview.ws.api.MultipleSequenceAlignmentI;
  10 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  11 import jalview.ws.params.InvalidArgumentException;
  12 import jalview.ws.params.WsParamSetI;
  13
  14 import java.io.ByteArrayInputStream;
  15 import java.io.IOError;
  16 import java.io.IOException;
  17 import java.io.InputStream;
  18 import java.rmi.ServerError;
  19 import java.util.HashMap;
  20 import java.util.List;
  21
  22 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.FormField;
  23 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.RemoteFile;
  24 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaClient;
  25 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaForm;
  26 import uk.ac.dundee.compbio.slivkaclient.SlivkaService;
  27
  28 public class SlivkaMsaServiceInstance extends SlivkaWSInstance implements MultipleSequenceAlignmentI
  29 {
  30   SlivkaMsaServiceInstance(SlivkaClient client, SlivkaService service) {
  31     super(client, service, "Alignment");
  32     style = ServiceClient.MSAWSCLIENT;
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public JobId align(List<SequenceI> toalign, WsParamSetI parameters, List<ArgumentI> list) throws Throwable
  37   {
  38     StringBuilder builder = new StringBuilder();
  39     for (SequenceI seq : toalign)
  40     {
  41       builder.append(">").append(seq.getName()).append("\n");
  42       builder.append(seq.getSequence()).append("\n");
  43     }
  44     InputStream stream = new ByteArrayInputStream(builder.toString().getBytes());
  45     RemoteFile file = client.uploadFile(stream, "input.fasta", "application/fasta");
  46     SlivkaForm form = service.getForm();
  47     HashMap<String, String> values = new HashMap<>(list != null ? list.size() : 0);
  48     if (list != null)
  49     {
  50       for (ArgumentI arg : list)
  51       {
  52         values.put(arg.getName(), arg.getValue());
  53       }
  54     }
  55     for (FormField field : form.getFields())
  56     {
  57       switch (field.getType()) {
  58       case FILE:
  59         form.insert(field.getName(), file);
  60         break;
  61       case BOOLEAN:
  62         String value = values.get(field.getName());
  63         form.insert(field.getName(), (value != null && !value.isBlank()) ? true : false);
  64         break;
  65       default:
  66         form.insert(field.getName(), field.valueOf(values.get(field.getName())));
  67       }
  68     }
  69     return new JobId(service.getName(), service.getName(), form.submit());
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public AlignmentI getAlignmentFor(JobId jobId) throws InvalidArgumentException, ServerError, IOError
  74   {
  75     List<RemoteFile> files;
  76     try
  77     {
  78       files = client.getJobResults(jobId.getJobId());
  79       for (RemoteFile f : files)
  80       {
  81         if (f.getMimeType().equals("application/clustal"))
  82         {
  83           return new FormatAdapter().readFile(f.getURL().toString(), DataSourceType.URL, FileFormat.Clustal);
  84         }
  85         else if (f.getMimeType().equals("application/fasta"))
  86         {
  87           return new FormatAdapter().readFile(f.getURL().toString(), DataSourceType.URL, FileFormat.Fasta);
  88         }
  89       }
  90     } catch (IOException e)
  91     {
  92       throw new IOError(e);
  93     }
  94     return null;
  95   }
  96 }