src/jalview/ws2/actions/annotation/AlignCalcWorkerAdapter.java

   1 package jalview.ws2.actions.annotation;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.Collections;
   5 import java.util.List;
   6 import java.util.concurrent.CopyOnWriteArrayList;
   7
   8 import jalview.api.AlignViewportI;
   9 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  10 import jalview.api.PollableAlignCalcWorkerI;
  11 import jalview.datamodel.Alignment;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  13 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  14 import jalview.workers.AlignCalcWorker;
  15 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  16 import jalview.ws2.actions.alignment.AlignmentResult;
  17 import jalview.ws2.actions.api.JobI;
  18 import jalview.ws2.actions.api.TaskEventListener;
  19 import jalview.ws2.actions.api.TaskI;
  20 import jalview.ws2.api.Credentials;
  21 import jalview.ws2.api.JobStatus;
  22
  23 public class AlignCalcWorkerAdapter extends AlignCalcWorker implements PollableAlignCalcWorkerI
  24 {
  25   private final AnnotationAction action;
  26
  27   private final List<ArgumentI> args;
  28
  29   private final Credentials credentials;
  30
  31   private TaskI<AnnotationResult> currentTask = null;
  32
  33   private TaskEventListener<AnnotationResult> internalTaskListener = new TaskEventListener<>()
  34   {
  35     @Override
  36     public void taskCompleted(TaskI source, AnnotationResult result)
  37     {
  38       updateOurAnnots(result.getAnnotations());
  39     }
  40   };
  41
  42   // task event listeners managed by this worker, passed to each creates task
  43   private List<TaskEventListener<AnnotationResult>> taskListeners = new CopyOnWriteArrayList<>();
  44   {
  45     taskListeners.add(internalTaskListener);
  46   }
  47
  48   public AlignCalcWorkerAdapter(AlignViewportI alignViewport, AlignmentViewPanel alignPanel, AnnotationAction action,
  49       List<ArgumentI> args, Credentials credentials)
  50   {
  51     super(alignViewport, alignPanel);
  52     this.action = action;
  53     this.args = args;
  54     this.credentials = credentials;
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public void updateAnnotation()
  59   {
  60
  61   }
  62
  63   private void updateOurAnnots(List<AlignmentAnnotation> newAnnots)
  64   {
  65     List<AlignmentAnnotation> oldAnnots = ourAnnots != null ? ourAnnots : List.of();
  66     AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  67     for (AlignmentAnnotation annotation : oldAnnots)
  68       if (!newAnnots.contains(annotation))
  69         alignment.deleteAnnotation(annotation);
  70     for (AlignmentAnnotation annotation : newAnnots)
  71       alignment.validateAnnotation(annotation);
  72     ap.adjustAnnotationHeight();
  73     ourAnnots = Collections.synchronizedList(newAnnots);
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public synchronized void startUp() throws Throwable
  78   {
  79     if (alignViewport.isClosed())
  80     {
  81       calcMan.disableWorker(this);
  82       abortAndDestroy();
  83       throw new IllegalStateException("Starting calculation for closed viewport");
  84     }
  85     currentTask = action.createTask(alignViewport, args, credentials);
  86     for (var listener : taskListeners)
  87       currentTask.addTaskEventListener(listener);
  88     currentTask.init();
  89   }
  90
  91   @Override
  92   public boolean poll() throws Throwable
  93   {
  94     return currentTask.poll();
  95   }
  96
  97   @Override
  98   public synchronized void cancel()
  99   {
 100     try
 101     {
 102       currentTask.cancel();
 103     } finally
 104     {
 105       for (var listener : taskListeners)
 106         currentTask.removeTaskEventListener(listener);
 107     }
 108   }
 109
 110   @Override
 111   public synchronized void done()
 112   {
 113     try
 114     {
 115       currentTask.complete();
 116     } catch (Exception e)
 117     {
 118     } finally
 119     {
 120       for (var listener : taskListeners)
 121         currentTask.removeTaskEventListener(listener);
 122     }
 123   }
 124
 125   public void addTaskEventListener(TaskEventListener<AnnotationResult> listener)
 126   {
 127     taskListeners.add(listener);
 128     if (currentTask != null)
 129       currentTask.addTaskEventListener(listener);
 130   }
 131
 132   public void removeTaskEventListener(TaskEventListener<AnnotationResult> listener)
 133   {
 134     taskListeners.remove(listener);
 135     if (currentTask != null)
 136       currentTask.removeTaskEventListener(listener);
 137   }
 138 }