src/jalview/ws2/actions/annotation/AlignCalcWorkerAdapter.java

   1 package jalview.ws2.actions.annotation;
   2
   3 import java.util.Collections;
   4 import java.util.List;
   5 import java.util.concurrent.CopyOnWriteArrayList;
   6
   7 import jalview.api.AlignViewportI;
   8 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
   9 import jalview.api.PollableAlignCalcWorkerI;
  10 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  11 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  12 import jalview.workers.AlignCalcWorker;
  13 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  14 import jalview.ws2.actions.api.TaskEventListener;
  15 import jalview.ws2.actions.api.TaskI;
  16 import jalview.ws2.api.Credentials;
  17
  18 public class AlignCalcWorkerAdapter extends AlignCalcWorker implements PollableAlignCalcWorkerI
  19 {
  20   private final AnnotationAction action;
  21
  22   private final List<ArgumentI> args;
  23
  24   private final Credentials credentials;
  25
  26   private TaskI<AnnotationResult> currentTask = null;
  27
  28   private TaskEventListener<AnnotationResult> internalTaskListener = new TaskEventListener<>()
  29   {
  30     @Override
  31     public void taskCompleted(TaskI source, AnnotationResult result)
  32     {
  33       updateOurAnnots(result.getAnnotations());
  34     }
  35   };
  36
  37   // task event listeners managed by this worker, passed to each creates task
  38   private List<TaskEventListener<AnnotationResult>> taskListeners = new CopyOnWriteArrayList<>();
  39   {
  40     taskListeners.add(internalTaskListener);
  41   }
  42
  43   public AlignCalcWorkerAdapter(AlignViewportI alignViewport, AlignmentViewPanel alignPanel, AnnotationAction action,
  44       List<ArgumentI> args, Credentials credentials)
  45   {
  46     super(alignViewport, alignPanel);
  47     this.action = action;
  48     this.args = args;
  49     this.credentials = credentials;
  50   }
  51
  52   @Override
  53   public String getCalcName()
  54   {
  55     return action.getWebService().getName();
  56   }
  57
  58   @Override
  59   public void updateAnnotation()
  60   {
  61
  62   }
  63
  64   private void updateOurAnnots(List<AlignmentAnnotation> newAnnots)
  65   {
  66     List<AlignmentAnnotation> oldAnnots = ourAnnots != null ? ourAnnots : List.of();
  67     AlignmentI alignment = alignViewport.getAlignment();
  68     for (AlignmentAnnotation annotation : oldAnnots)
  69       if (!newAnnots.contains(annotation))
  70         alignment.deleteAnnotation(annotation);
  71     for (AlignmentAnnotation annotation : newAnnots)
  72       alignment.validateAnnotation(annotation);
  73     ap.adjustAnnotationHeight();
  74     ourAnnots = Collections.synchronizedList(newAnnots);
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public synchronized void startUp() throws Throwable
  79   {
  80     if (alignViewport.isClosed())
  81     {
  82       calcMan.disableWorker(this);
  83       abortAndDestroy();
  84       throw new IllegalStateException("Starting calculation for closed viewport");
  85     }
  86     currentTask = action.createTask(alignViewport, args, credentials);
  87     for (var listener : taskListeners)
  88       currentTask.addTaskEventListener(listener);
  89     currentTask.init();
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public boolean poll() throws Throwable
  94   {
  95     return currentTask.poll();
  96   }
  97
  98   @Override
  99   public synchronized void cancel()
 100   {
 101     try
 102     {
 103       currentTask.cancel();
 104     } finally
 105     {
 106       for (var listener : taskListeners)
 107         currentTask.removeTaskEventListener(listener);
 108     }
 109   }
 110
 111   @Override
 112   public synchronized void done()
 113   {
 114     try
 115     {
 116       currentTask.complete();
 117     } catch (Exception e)
 118     {
 119     } finally
 120     {
 121       for (var listener : taskListeners)
 122         currentTask.removeTaskEventListener(listener);
 123     }
 124   }
 125
 126   public void addTaskEventListener(TaskEventListener<AnnotationResult> listener)
 127   {
 128     taskListeners.add(listener);
 129     if (currentTask != null)
 130       currentTask.addTaskEventListener(listener);
 131   }
 132
 133   public void removeTaskEventListener(TaskEventListener<AnnotationResult> listener)
 134   {
 135     taskListeners.remove(listener);
 136     if (currentTask != null)
 137       currentTask.removeTaskEventListener(listener);
 138   }
 139
 140   @Override
 141   public String toString()
 142   {
 143     return "AlignCalcWorkerAdapter for " + getCalcName();
 144   }
 145 }