src/jalview/ws2/client/jpred4/JPred4WSDiscoverer.java

   1 package jalview.ws2.client.jpred4;
   2
   3 import java.io.IOException;
   4 import java.net.MalformedURLException;
   5 import java.net.URL;
   6 import java.util.Collections;
   7 import java.util.List;
   8
   9 import jalview.ws.params.ArgumentI;
  10 import jalview.ws.params.ParamManager;
  11 import jalview.ws2.actions.secstructpred.SecStructPredAction;
  12 import jalview.ws2.api.WebService;
  13 import jalview.ws2.client.api.AbstractWebServiceDiscoverer;
  14 import jalview.ws2.client.ebi.JobDispatcherWSDiscoverer;
  15 import jalview.ws2.params.SimpleParamDatastore;
  16 import uk.ac.dundee.compbio.jpred.JPredClient;
  17
  18 public class JPred4WSDiscoverer extends AbstractWebServiceDiscoverer
  19 {
  20   private static final URL DEFAULT_URL;
  21   static
  22   {
  23     try
  24     {
  25       DEFAULT_URL = new URL("https://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred4/");
  26     } catch (MalformedURLException e)
  27     {
  28       throw new ExceptionInInitializerError(e);
  29     }
  30   }
  31
  32   private static JPred4WSDiscoverer instance = null;
  33
  34   private static ParamManager paramManager = null;
  35
  36   private JPred4WSDiscoverer()
  37   {
  38   }
  39
  40   public static JPred4WSDiscoverer getInstance()
  41   {
  42     if (instance == null)
  43       instance = new JPred4WSDiscoverer();
  44     return instance;
  45   }
  46
  47   public String getName()
  48   {
  49     return "JPred4";
  50   }
  51
  52   public static void setParamManager(ParamManager manager)
  53   {
  54     paramManager = manager;
  55   }
  56
  57   @Override
  58   public int getStatusForUrl(URL url)
  59   {
  60     // TODO: implement actual status check
  61     return STATUS_OK;
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public String getUrlsPropertyKey()
  66   {
  67     return null;
  68   }
  69
  70   @Override
  71   protected URL getDefaultUrl()
  72   {
  73     return DEFAULT_URL;
  74   }
  75
  76   @Override
  77   protected List<WebService<?>> fetchServices(URL url) throws IOException
  78   {
  79     JPredClient client = new JPredClient(url);
  80     var wsBuilder = WebService.<SecStructPredAction> newBuilder();
  81     wsBuilder.url(url);
  82     wsBuilder.clientName("jpred4");
  83     wsBuilder.category("Secondary structure prediction");
  84     wsBuilder.name("jpred4");
  85     wsBuilder.description("JPred4 Secondary Structure Prediction.");
  86     wsBuilder.interactive(false);
  87
  88     wsBuilder
  89         .paramDatastore(new SimpleParamDatastore(url, Collections.emptyList(),
  90             Collections.emptyList(), paramManager));
  91     wsBuilder.actionClass(SecStructPredAction.class);
  92     var webService = wsBuilder.build();
  93
  94     var actionBuilder = SecStructPredAction.newBuilder(
  95         new JPred4WSClient(client, false));
  96     actionBuilder.webService(webService);
  97     actionBuilder.msaMode(false);
  98     actionBuilder.name("JPred4 (Single sequence)");
  99     webService.addAction(actionBuilder.build());
 100
 101     var actionBuilderMsa = SecStructPredAction.newBuilder(
 102         new JPred4WSClient(client, true));
 103     actionBuilderMsa.webService(webService);
 104     actionBuilderMsa.msaMode(true);
 105     actionBuilderMsa.name("JPred4 (MSA)");
 106     webService.addAction(actionBuilderMsa.build());
 107
 108     return List.of(webService);
 109   }
 110 }