src/jalview/ws2/gui/JPredMenuBuilder.java

   1 package jalview.ws2.gui;
   2
   3 import static java.lang.String.format;
   4
   5 import java.util.Objects;
   6 import java.util.function.Consumer;
   7
   8 import javax.swing.JMenu;
   9 import javax.swing.JMenuItem;
  10
  11 import jalview.datamodel.Alignment;
  12 import jalview.gui.AlignFrame;
  13 import jalview.gui.Desktop;
  14 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  15 import jalview.util.MessageManager;
  16 import jalview.ws2.WSJob;
  17 import jalview.ws2.operations.JPredOperation;
  18 import jalview.ws2.operations.JPredWorker;
  19 import jalview.ws2.operations.WebServiceWorkerI;
  20 import jalview.ws2.operations.WebServiceWorkerListener;
  21 import jalview.ws2.operations.JPredWorker.PredictionResult;
  22
  23 public class JPredMenuBuilder implements MenuEntryProviderI
  24 {
  25   private JPredOperation operation;
  26
  27   public JPredMenuBuilder(JPredOperation operation)
  28   {
  29     this.operation = operation;
  30   }
  31
  32   public void buildMenu(JMenu menu, AlignFrame frame)
  33   {
  34     final JMenuItem mi = new JMenuItem(operation.getName());
  35     mi.setToolTipText(operation.getHostName());
  36     mi.addActionListener((event) -> {
  37       String panelInfo = String.format("%s using service hosted at %s%n%s",
  38           operation.getName(), operation.getHostName(),
  39           Objects.requireNonNullElse(operation.getDescription(), ""));
  40       var wsInfo = new WebserviceInfo(operation.getName(), panelInfo, false);
  41
  42       var alignView = frame.gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();
  43       var worker = new JPredWorker(operation, alignView,
  44           frame.getCurrentView());
  45
  46       var jpu = new JPredProgressUpdater(worker, wsInfo, frame);
  47       worker.setResultConsumer(jpu);
  48       worker.addListener(jpu);
  49
  50       frame.getViewport().getWSExecutor().submit(worker);
  51     });
  52     menu.add(mi);
  53   }
  54 }
  55
  56 class JPredProgressUpdater
  57     implements WebServiceWorkerListener, Consumer<PredictionResult>
  58 {
  59   WebServiceWorkerI worker;
  60
  61   WebserviceInfo wsInfo;
  62
  63   AlignFrame frame;
  64
  65   private final WebServiceInfoUpdater wsInfoUpdater;
  66
  67   JPredProgressUpdater(WebServiceWorkerI worker, WebserviceInfo wsInfo,
  68       AlignFrame frame)
  69   {
  70     this.worker = worker;
  71     this.wsInfo = wsInfo;
  72     this.frame = frame;
  73     this.wsInfoUpdater = new WebServiceInfoUpdater(worker, wsInfo);
  74   }
  75
  76   @Override
  77   public void workerStarted(WebServiceWorkerI source)
  78   {
  79     wsInfo.setVisible(true);
  80   }
  81
  82   @Override
  83   public void workerNotStarted(WebServiceWorkerI source)
  84   {
  85     wsInfo.setVisible(true);
  86     wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
  87     wsInfo.setStatus(0, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
  88     wsInfo.appendProgressText(0, MessageManager.getString(
  89         "info.failed_to_submit_sequences_for_alignment"));
  90   }
  91
  92   @Override
  93   public void jobCreated(WebServiceWorkerI source, WSJob job)
  94   {
  95     wsInfo.addJobPane();
  96     job.addPropertyChangeListener(wsInfoUpdater);
  97   }
  98
  99   @Override
 100   public void pollException(WebServiceWorkerI source, WSJob job, Exception e)
 101   {
 102     wsInfo.appendProgressText(job.getJobNum(),
 103         MessageManager.formatMessage("info.server_exception",
 104             source.getOperation().getName(), e.getMessage()));
 105   }
 106
 107   @Override
 108   public void workerCompleting(WebServiceWorkerI source)
 109   {
 110     wsInfo.setProgressBar(
 111         MessageManager.getString("status.collecting_job_results"),
 112         worker.getUID());
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public void workerCompleted(WebServiceWorkerI source)
 117   {
 118     wsInfo.removeProgressBar(worker.getUID());
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public void accept(PredictionResult result)
 123   {
 124     if (result != null)
 125     {
 126       wsInfo.showResultsNewFrame.addActionListener(
 127           (evt) -> displayResults(result, true));
 128       wsInfo.mergeResults.addActionListener(
 129           (evt) -> displayResults(result, false));
 130       wsInfo.setResultsReady();
 131     }
 132     else
 133     {
 134       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 135       wsInfo.appendInfoText("No jobs ran.");
 136       wsInfo.setFinishedNoResults();
 137     }
 138   }
 139
 140   private void displayResults(PredictionResult result, boolean newWindow)
 141   {
 142     if (newWindow)
 143     {
 144       Alignment alignment = new Alignment(result.getAlignment());
 145       alignment.setSeqrep(alignment.getSequenceAt(0));
 146       for (var annotation : result.getAlignment().getAlignmentAnnotation())
 147       {
 148         alignment.addAnnotation(annotation);
 149       }
 150       AlignFrame frame = new AlignFrame(alignment, result.getHiddenCols(),
 151           AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 152       Desktop.addInternalFrame(frame, frame.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 153           AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 154     }
 155   }
 156
 157 }