src/jalview/ws2/gui/JPredMenuBuilder.java

   1 package jalview.ws2.gui;
   2
   3 import static java.lang.String.format;
   4
   5 import java.util.Objects;
   6 import java.util.function.Consumer;
   7
   8 import javax.swing.JMenu;
   9 import javax.swing.JMenuItem;
  10
  11 import jalview.datamodel.Alignment;
  12 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  13 import jalview.gui.AlignFrame;
  14 import jalview.gui.Desktop;
  15 import jalview.gui.WebserviceInfo;
  16 import jalview.util.MessageManager;
  17 import jalview.ws2.WSJob;
  18 import jalview.ws2.operations.JPredOperation;
  19 import jalview.ws2.operations.JPredWorker;
  20 import jalview.ws2.operations.WebServiceWorkerI;
  21 import jalview.ws2.operations.WebServiceWorkerListener;
  22 import jalview.ws2.operations.JPredWorker.PredictionResult;
  23
  24 public class JPredMenuBuilder implements MenuEntryProviderI
  25 {
  26   private JPredOperation operation;
  27
  28   public JPredMenuBuilder(JPredOperation operation)
  29   {
  30     this.operation = operation;
  31   }
  32
  33   public void buildMenu(JMenu menu, AlignFrame frame)
  34   {
  35     final JMenuItem mi = new JMenuItem(operation.getName());
  36     mi.setToolTipText(operation.getHostName());
  37     mi.addActionListener((event) -> {
  38       String panelInfo = String.format("%s using service hosted at %s%n%s",
  39           operation.getName(), operation.getHostName(),
  40           Objects.requireNonNullElse(operation.getDescription(), ""));
  41       var wsInfo = new WebserviceInfo(operation.getName(), panelInfo, false);
  42
  43       var alignView = frame.gatherSeqOrMsaForSecStrPrediction();
  44       var worker = new JPredWorker(operation, alignView,
  45           frame.getCurrentView());
  46
  47       var jpu = new JPredProgressUpdater(worker, wsInfo, frame);
  48       worker.setResultConsumer(jpu);
  49       worker.addListener(jpu);
  50
  51       frame.getViewport().getWSExecutor().submit(worker);
  52     });
  53     menu.add(mi);
  54   }
  55 }
  56
  57 class JPredProgressUpdater
  58     implements WebServiceWorkerListener, Consumer<PredictionResult>
  59 {
  60   WebServiceWorkerI worker;
  61
  62   WebserviceInfo wsInfo;
  63
  64   AlignFrame frame;
  65
  66   private final WebServiceInfoUpdater wsInfoUpdater;
  67
  68   JPredProgressUpdater(WebServiceWorkerI worker, WebserviceInfo wsInfo,
  69       AlignFrame frame)
  70   {
  71     this.worker = worker;
  72     this.wsInfo = wsInfo;
  73     this.frame = frame;
  74     this.wsInfoUpdater = new WebServiceInfoUpdater(worker, wsInfo);
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public void workerStarted(WebServiceWorkerI source)
  79   {
  80     wsInfo.setVisible(true);
  81   }
  82
  83   @Override
  84   public void workerNotStarted(WebServiceWorkerI source)
  85   {
  86     wsInfo.setVisible(true);
  87     wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
  88     wsInfo.setStatus(0, WebserviceInfo.STATE_STOPPED_SERVERERROR);
  89     wsInfo.appendProgressText(0, MessageManager.getString(
  90         "info.failed_to_submit_sequences_for_alignment"));
  91   }
  92
  93   @Override
  94   public void jobCreated(WebServiceWorkerI source, WSJob job)
  95   {
  96     wsInfo.addJobPane();
  97     job.addPropertyChangeListener(wsInfoUpdater);
  98   }
  99
 100   @Override
 101   public void pollException(WebServiceWorkerI source, WSJob job, Exception e)
 102   {
 103     wsInfo.appendProgressText(job.getJobNum(),
 104         MessageManager.formatMessage("info.server_exception",
 105             source.getOperation().getName(), e.getMessage()));
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public void workerCompleting(WebServiceWorkerI source)
 110   {
 111     wsInfo.setProgressBar(
 112         MessageManager.getString("status.collecting_job_results"),
 113         worker.getUID());
 114   }
 115
 116   @Override
 117   public void workerCompleted(WebServiceWorkerI source)
 118   {
 119     wsInfo.removeProgressBar(worker.getUID());
 120   }
 121
 122   @Override
 123   public void accept(PredictionResult result)
 124   {
 125     if (result != null)
 126     {
 127       wsInfo.showResultsNewFrame.addActionListener(
 128           (evt) -> displayResults(result, true));
 129       wsInfo.mergeResults.addActionListener(
 130           (evt) -> displayResults(result, false));
 131       wsInfo.setResultsReady();
 132     }
 133     else
 134     {
 135       wsInfo.setStatus(WebserviceInfo.STATE_STOPPED_ERROR);
 136       wsInfo.appendInfoText("No jobs ran.");
 137       wsInfo.setFinishedNoResults();
 138     }
 139   }
 140
 141   private void displayResults(PredictionResult result, boolean newWindow)
 142   {
 143     if (newWindow)
 144     {
 145       Alignment alignment = new Alignment(result.getAlignment());
 146       alignment.setSeqrep(alignment.getSequenceAt(0));
 147       for (var annot :  alignment.getSeqrep().getAnnotation())
 148       {
 149         alignment.addAnnotation(annot);
 150       }
 151       AlignFrame frame = new AlignFrame(alignment, result.getHiddenCols(),
 152           AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 153       Desktop.addInternalFrame(frame, frame.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 154           AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 155     }
 156   }
 157
 158 }