JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / AlcodonFrame.java
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6 //
7
8 package jalview.xml.binding.jalview;
9
10 import java.math.BigInteger;
11 import java.util.ArrayList;
12 import java.util.List;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
19
20 /**
21  * <p>Java class for anonymous complex type.
22  * 
23  * <p>The following schema fragment specifies the expected content
24  * contained within this class.
25  * 
26  * <pre> <complexType> <complexContent>
27  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
28  * <sequence> <element name="alcodon" maxOccurs="unbounded"
29  * minOccurs="0"> <complexType>
30  * <complexContent> <restriction
31  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attribute
32  * name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
33  * <attribute name="pos2"
34  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /> <attribute
35  * name="pos3" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" />
36  * </restriction> </complexContent>
37  * </complexType> </element> <element
38  * name="alcodMap" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
39  * <complexType> <complexContent>
40  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
41  * <sequence> <element
42  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/>
43  * </sequence> <attribute name="dnasq" use="required"
44  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
45  * </restriction> </complexContent>
46  * </complexType> </element>
47  * </sequence> </restriction>
48  * </complexContent> </complexType> </pre>
49  * 
50  * 
51  */
52 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
53 @XmlType(name = "", propOrder = { "alcodon", "alcodMap" })
54 @XmlRootElement(name = "AlcodonFrame")
55 public class AlcodonFrame
56 {
57
58   protected List<AlcodonFrame.Alcodon> alcodon;
59
60   protected List<AlcodonFrame.AlcodMap> alcodMap;
61
62   /**
63    * Gets the value of the alcodon property.
64    * 
65    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
66    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
67    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
68    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodon property.
69    * 
70    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
71    * getAlcodon().add(newItem); &lt;/pre&gt;
72    * 
73    * 
74    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
75    * {@link AlcodonFrame.Alcodon }
76    * 
77    * 
78    */
79   public List<AlcodonFrame.Alcodon> getAlcodon()
80   {
81     if (alcodon == null)
82     {
83       alcodon = new ArrayList<AlcodonFrame.Alcodon>();
84     }
85     return this.alcodon;
86   }
87
88   /**
89    * Gets the value of the alcodMap property.
90    * 
91    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
92    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
93    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
94    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodMap property.
95    * 
96    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
97    * getAlcodMap().add(newItem); &lt;/pre&gt;
98    * 
99    * 
100    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
101    * {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
102    * 
103    * 
104    */
105   public List<AlcodonFrame.AlcodMap> getAlcodMap()
106   {
107     if (alcodMap == null)
108     {
109       alcodMap = new ArrayList<AlcodonFrame.AlcodMap>();
110     }
111     return this.alcodMap;
112   }
113
114   /**
115    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
116    * 
117    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
118    * contained within this class.
119    * 
120    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
121    * &amp;lt;restriction
122    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
123    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
124    * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping"/&amp;gt;
125    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="dnasq" use="required"
126    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
127    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
128    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
129    * 
130    * 
131    */
132   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
133   @XmlType(name = "", propOrder = { "mapping" })
134   public static class AlcodMap
135   {
136
137     @XmlElement(name = "Mapping", required = true)
138     protected Mapping mapping;
139
140     @XmlAttribute(name = "dnasq", required = true)
141     protected String dnasq;
142
143     /**
144      * 
145      * a Mapping entry and an associated protein sequence
146      * 
147      * 
148      * @return possible object is {@link Mapping }
149      * 
150      */
151     public Mapping getMapping()
152     {
153       return mapping;
154     }
155
156     /**
157      * Sets the value of the mapping property.
158      * 
159      * @param value
160      *          allowed object is {@link Mapping }
161      * 
162      */
163     public void setMapping(Mapping value)
164     {
165       this.mapping = value;
166     }
167
168     /**
169      * Gets the value of the dnasq property.
170      * 
171      * @return possible object is {@link String }
172      * 
173      */
174     public String getDnasq()
175     {
176       return dnasq;
177     }
178
179     /**
180      * Sets the value of the dnasq property.
181      * 
182      * @param value
183      *          allowed object is {@link String }
184      * 
185      */
186     public void setDnasq(String value)
187     {
188       this.dnasq = value;
189     }
190
191   }
192
193   /**
194    * 
195    * specifies a series of aligned codons from an associated DNA sequence
196    * alignment that when translated correspond to columns of a peptide
197    * alignment. Element may have either all pos1,2,3 attributes specified, or
198    * none at all (indicating a gapped column with no translated peptide).
199    * 
200    * 
201    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
202    * 
203    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
204    * contained within this class.
205    * 
206    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
207    * &amp;lt;restriction
208    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
209    * name="pos1" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
210    * &amp;lt;attribute name="pos2"
211    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
212    * &amp;lt;attribute name="pos3"
213    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt;
214    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
215    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
216    * 
217    * 
218    */
219   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
220   @XmlType(name = "")
221   public static class Alcodon
222   {
223
224     @XmlAttribute(name = "pos1")
225     protected BigInteger pos1;
226
227     @XmlAttribute(name = "pos2")
228     protected BigInteger pos2;
229
230     @XmlAttribute(name = "pos3")
231     protected BigInteger pos3;
232
233     /**
234      * Gets the value of the pos1 property.
235      * 
236      * @return possible object is {@link BigInteger }
237      * 
238      */
239     public BigInteger getPos1()
240     {
241       return pos1;
242     }
243
244     /**
245      * Sets the value of the pos1 property.
246      * 
247      * @param value
248      *          allowed object is {@link BigInteger }
249      * 
250      */
251     public void setPos1(BigInteger value)
252     {
253       this.pos1 = value;
254     }
255
256     /**
257      * Gets the value of the pos2 property.
258      * 
259      * @return possible object is {@link BigInteger }
260      * 
261      */
262     public BigInteger getPos2()
263     {
264       return pos2;
265     }
266
267     /**
268      * Sets the value of the pos2 property.
269      * 
270      * @param value
271      *          allowed object is {@link BigInteger }
272      * 
273      */
274     public void setPos2(BigInteger value)
275     {
276       this.pos2 = value;
277     }
278
279     /**
280      * Gets the value of the pos3 property.
281      * 
282      * @return possible object is {@link BigInteger }
283      * 
284      */
285     public BigInteger getPos3()
286     {
287       return pos3;
288     }
289
290     /**
291      * Sets the value of the pos3 property.
292      * 
293      * @param value
294      *          allowed object is {@link BigInteger }
295      * 
296      */
297     public void setPos3(BigInteger value)
298     {
299       this.pos3 = value;
300     }
301
302   }
303
304 }