JAL-2738 use GeneLocus extends DBRefEntry to hold chromosomal mappings
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / Annotation.java
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5 // Generated on: 2018.12.20 at 11:47:26 AM GMT 
6 //
7
8
9 package jalview.xml.binding.jalview;
10
11 import java.util.ArrayList;
12 import java.util.List;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
19
20
21 /**
22  * <p>Java class for anonymous complex type.
23  * 
24  * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
25  * 
26  * <pre>
27  * &lt;complexType>
28  *   &lt;complexContent>
29  *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
30  *       &lt;sequence>
31  *         &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}annotationElement" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/>
32  *         &lt;element name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/>
33  *         &lt;element name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
34  *         &lt;element name="thresholdLine" minOccurs="0">
35  *           &lt;complexType>
36  *             &lt;complexContent>
37  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
38  *                 &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
39  *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
40  *                 &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
41  *               &lt;/restriction>
42  *             &lt;/complexContent>
43  *           &lt;/complexType>
44  *         &lt;/element>
45  *         &lt;element name="property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
46  *           &lt;complexType>
47  *             &lt;complexContent>
48  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
49  *                 &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
50  *                 &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
51  *               &lt;/restriction>
52  *             &lt;/complexContent>
53  *           &lt;/complexType>
54  *         &lt;/element>
55  *       &lt;/sequence>
56  *       &lt;attribute name="graph" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
57  *       &lt;attribute name="graphType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
58  *       &lt;attribute name="sequenceRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
59  *       &lt;attribute name="groupRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
60  *       &lt;attribute name="graphColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
61  *       &lt;attribute name="graphGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
62  *       &lt;attribute name="graphHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
63  *       &lt;attribute name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
64  *       &lt;attribute name="scoreOnly" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
65  *       &lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" />
66  *       &lt;attribute name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
67  *       &lt;attribute name="centreColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
68  *       &lt;attribute name="scaleColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
69  *       &lt;attribute name="showAllColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
70  *       &lt;attribute name="autoCalculated" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
71  *       &lt;attribute name="belowAlignment" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
72  *       &lt;attribute name="calcId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
73  *     &lt;/restriction>
74  *   &lt;/complexContent>
75  * &lt;/complexType>
76  * </pre>
77  * 
78  * 
79  */
80 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
81 @XmlType(name = "", propOrder = {
82     "annotationElement",
83     "label",
84     "description",
85     "thresholdLine",
86     "property"
87 })
88 @XmlRootElement(name = "Annotation")
89 public class Annotation {
90
91     protected List<AnnotationElement> annotationElement;
92     @XmlElement(required = true)
93     protected String label;
94     protected String description;
95     protected Annotation.ThresholdLine thresholdLine;
96     protected List<Annotation.Property> property;
97     @XmlAttribute(name = "graph", required = true)
98     protected boolean graph;
99     @XmlAttribute(name = "graphType")
100     protected Integer graphType;
101     @XmlAttribute(name = "sequenceRef")
102     protected String sequenceRef;
103     @XmlAttribute(name = "groupRef")
104     protected String groupRef;
105     @XmlAttribute(name = "graphColour")
106     protected Integer graphColour;
107     @XmlAttribute(name = "graphGroup")
108     protected Integer graphGroup;
109     @XmlAttribute(name = "graphHeight")
110     protected Integer graphHeight;
111     @XmlAttribute(name = "id")
112     protected String id;
113     @XmlAttribute(name = "scoreOnly")
114     protected Boolean scoreOnly;
115     @XmlAttribute(name = "score")
116     protected Double score;
117     @XmlAttribute(name = "visible")
118     protected Boolean visible;
119     @XmlAttribute(name = "centreColLabels")
120     protected Boolean centreColLabels;
121     @XmlAttribute(name = "scaleColLabels")
122     protected Boolean scaleColLabels;
123     @XmlAttribute(name = "showAllColLabels")
124     protected Boolean showAllColLabels;
125     @XmlAttribute(name = "autoCalculated")
126     protected Boolean autoCalculated;
127     @XmlAttribute(name = "belowAlignment")
128     protected Boolean belowAlignment;
129     @XmlAttribute(name = "calcId")
130     protected String calcId;
131
132     /**
133      * Gets the value of the annotationElement property.
134      * 
135      * <p>
136      * This accessor method returns a reference to the live list,
137      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
138      * returned list will be present inside the JAXB object.
139      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the annotationElement property.
140      * 
141      * <p>
142      * For example, to add a new item, do as follows:
143      * <pre>
144      *    getAnnotationElement().add(newItem);
145      * </pre>
146      * 
147      * 
148      * <p>
149      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
150      * {@link AnnotationElement }
151      * 
152      * 
153      */
154     public List<AnnotationElement> getAnnotationElement() {
155         if (annotationElement == null) {
156             annotationElement = new ArrayList<AnnotationElement>();
157         }
158         return this.annotationElement;
159     }
160
161     /**
162      * Gets the value of the label property.
163      * 
164      * @return
165      *     possible object is
166      *     {@link String }
167      *     
168      */
169     public String getLabel() {
170         return label;
171     }
172
173     /**
174      * Sets the value of the label property.
175      * 
176      * @param value
177      *     allowed object is
178      *     {@link String }
179      *     
180      */
181     public void setLabel(String value) {
182         this.label = value;
183     }
184
185     /**
186      * Gets the value of the description property.
187      * 
188      * @return
189      *     possible object is
190      *     {@link String }
191      *     
192      */
193     public String getDescription() {
194         return description;
195     }
196
197     /**
198      * Sets the value of the description property.
199      * 
200      * @param value
201      *     allowed object is
202      *     {@link String }
203      *     
204      */
205     public void setDescription(String value) {
206         this.description = value;
207     }
208
209     /**
210      * Gets the value of the thresholdLine property.
211      * 
212      * @return
213      *     possible object is
214      *     {@link Annotation.ThresholdLine }
215      *     
216      */
217     public Annotation.ThresholdLine getThresholdLine() {
218         return thresholdLine;
219     }
220
221     /**
222      * Sets the value of the thresholdLine property.
223      * 
224      * @param value
225      *     allowed object is
226      *     {@link Annotation.ThresholdLine }
227      *     
228      */
229     public void setThresholdLine(Annotation.ThresholdLine value) {
230         this.thresholdLine = value;
231     }
232
233     /**
234      * Gets the value of the property property.
235      * 
236      * <p>
237      * This accessor method returns a reference to the live list,
238      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
239      * returned list will be present inside the JAXB object.
240      * This is why there is not a <CODE>set</CODE> method for the property property.
241      * 
242      * <p>
243      * For example, to add a new item, do as follows:
244      * <pre>
245      *    getProperty().add(newItem);
246      * </pre>
247      * 
248      * 
249      * <p>
250      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
251      * {@link Annotation.Property }
252      * 
253      * 
254      */
255     public List<Annotation.Property> getProperty() {
256         if (property == null) {
257             property = new ArrayList<Annotation.Property>();
258         }
259         return this.property;
260     }
261
262     /**
263      * Gets the value of the graph property.
264      * 
265      */
266     public boolean isGraph() {
267         return graph;
268     }
269
270     /**
271      * Sets the value of the graph property.
272      * 
273      */
274     public void setGraph(boolean value) {
275         this.graph = value;
276     }
277
278     /**
279      * Gets the value of the graphType property.
280      * 
281      * @return
282      *     possible object is
283      *     {@link Integer }
284      *     
285      */
286     public Integer getGraphType() {
287         return graphType;
288     }
289
290     /**
291      * Sets the value of the graphType property.
292      * 
293      * @param value
294      *     allowed object is
295      *     {@link Integer }
296      *     
297      */
298     public void setGraphType(Integer value) {
299         this.graphType = value;
300     }
301
302     /**
303      * Gets the value of the sequenceRef property.
304      * 
305      * @return
306      *     possible object is
307      *     {@link String }
308      *     
309      */
310     public String getSequenceRef() {
311         return sequenceRef;
312     }
313
314     /**
315      * Sets the value of the sequenceRef property.
316      * 
317      * @param value
318      *     allowed object is
319      *     {@link String }
320      *     
321      */
322     public void setSequenceRef(String value) {
323         this.sequenceRef = value;
324     }
325
326     /**
327      * Gets the value of the groupRef property.
328      * 
329      * @return
330      *     possible object is
331      *     {@link String }
332      *     
333      */
334     public String getGroupRef() {
335         return groupRef;
336     }
337
338     /**
339      * Sets the value of the groupRef property.
340      * 
341      * @param value
342      *     allowed object is
343      *     {@link String }
344      *     
345      */
346     public void setGroupRef(String value) {
347         this.groupRef = value;
348     }
349
350     /**
351      * Gets the value of the graphColour property.
352      * 
353      * @return
354      *     possible object is
355      *     {@link Integer }
356      *     
357      */
358     public Integer getGraphColour() {
359         return graphColour;
360     }
361
362     /**
363      * Sets the value of the graphColour property.
364      * 
365      * @param value
366      *     allowed object is
367      *     {@link Integer }
368      *     
369      */
370     public void setGraphColour(Integer value) {
371         this.graphColour = value;
372     }
373
374     /**
375      * Gets the value of the graphGroup property.
376      * 
377      * @return
378      *     possible object is
379      *     {@link Integer }
380      *     
381      */
382     public Integer getGraphGroup() {
383         return graphGroup;
384     }
385
386     /**
387      * Sets the value of the graphGroup property.
388      * 
389      * @param value
390      *     allowed object is
391      *     {@link Integer }
392      *     
393      */
394     public void setGraphGroup(Integer value) {
395         this.graphGroup = value;
396     }
397
398     /**
399      * Gets the value of the graphHeight property.
400      * 
401      * @return
402      *     possible object is
403      *     {@link Integer }
404      *     
405      */
406     public Integer getGraphHeight() {
407         return graphHeight;
408     }
409
410     /**
411      * Sets the value of the graphHeight property.
412      * 
413      * @param value
414      *     allowed object is
415      *     {@link Integer }
416      *     
417      */
418     public void setGraphHeight(Integer value) {
419         this.graphHeight = value;
420     }
421
422     /**
423      * Gets the value of the id property.
424      * 
425      * @return
426      *     possible object is
427      *     {@link String }
428      *     
429      */
430     public String getId() {
431         return id;
432     }
433
434     /**
435      * Sets the value of the id property.
436      * 
437      * @param value
438      *     allowed object is
439      *     {@link String }
440      *     
441      */
442     public void setId(String value) {
443         this.id = value;
444     }
445
446     /**
447      * Gets the value of the scoreOnly property.
448      * 
449      * @return
450      *     possible object is
451      *     {@link Boolean }
452      *     
453      */
454     public boolean isScoreOnly() {
455         if (scoreOnly == null) {
456             return false;
457         } else {
458             return scoreOnly;
459         }
460     }
461
462     /**
463      * Sets the value of the scoreOnly property.
464      * 
465      * @param value
466      *     allowed object is
467      *     {@link Boolean }
468      *     
469      */
470     public void setScoreOnly(Boolean value) {
471         this.scoreOnly = value;
472     }
473
474     /**
475      * Gets the value of the score property.
476      * 
477      * @return
478      *     possible object is
479      *     {@link Double }
480      *     
481      */
482     public Double getScore() {
483         return score;
484     }
485
486     /**
487      * Sets the value of the score property.
488      * 
489      * @param value
490      *     allowed object is
491      *     {@link Double }
492      *     
493      */
494     public void setScore(Double value) {
495         this.score = value;
496     }
497
498     /**
499      * Gets the value of the visible property.
500      * 
501      * @return
502      *     possible object is
503      *     {@link Boolean }
504      *     
505      */
506     public Boolean isVisible() {
507         return visible;
508     }
509
510     /**
511      * Sets the value of the visible property.
512      * 
513      * @param value
514      *     allowed object is
515      *     {@link Boolean }
516      *     
517      */
518     public void setVisible(Boolean value) {
519         this.visible = value;
520     }
521
522     /**
523      * Gets the value of the centreColLabels property.
524      * 
525      * @return
526      *     possible object is
527      *     {@link Boolean }
528      *     
529      */
530     public Boolean isCentreColLabels() {
531         return centreColLabels;
532     }
533
534     /**
535      * Sets the value of the centreColLabels property.
536      * 
537      * @param value
538      *     allowed object is
539      *     {@link Boolean }
540      *     
541      */
542     public void setCentreColLabels(Boolean value) {
543         this.centreColLabels = value;
544     }
545
546     /**
547      * Gets the value of the scaleColLabels property.
548      * 
549      * @return
550      *     possible object is
551      *     {@link Boolean }
552      *     
553      */
554     public Boolean isScaleColLabels() {
555         return scaleColLabels;
556     }
557
558     /**
559      * Sets the value of the scaleColLabels property.
560      * 
561      * @param value
562      *     allowed object is
563      *     {@link Boolean }
564      *     
565      */
566     public void setScaleColLabels(Boolean value) {
567         this.scaleColLabels = value;
568     }
569
570     /**
571      * Gets the value of the showAllColLabels property.
572      * 
573      * @return
574      *     possible object is
575      *     {@link Boolean }
576      *     
577      */
578     public Boolean isShowAllColLabels() {
579         return showAllColLabels;
580     }
581
582     /**
583      * Sets the value of the showAllColLabels property.
584      * 
585      * @param value
586      *     allowed object is
587      *     {@link Boolean }
588      *     
589      */
590     public void setShowAllColLabels(Boolean value) {
591         this.showAllColLabels = value;
592     }
593
594     /**
595      * Gets the value of the autoCalculated property.
596      * 
597      * @return
598      *     possible object is
599      *     {@link Boolean }
600      *     
601      */
602     public boolean isAutoCalculated() {
603         if (autoCalculated == null) {
604             return false;
605         } else {
606             return autoCalculated;
607         }
608     }
609
610     /**
611      * Sets the value of the autoCalculated property.
612      * 
613      * @param value
614      *     allowed object is
615      *     {@link Boolean }
616      *     
617      */
618     public void setAutoCalculated(Boolean value) {
619         this.autoCalculated = value;
620     }
621
622     /**
623      * Gets the value of the belowAlignment property.
624      * 
625      * @return
626      *     possible object is
627      *     {@link Boolean }
628      *     
629      */
630     public boolean isBelowAlignment() {
631         if (belowAlignment == null) {
632             return true;
633         } else {
634             return belowAlignment;
635         }
636     }
637
638     /**
639      * Sets the value of the belowAlignment property.
640      * 
641      * @param value
642      *     allowed object is
643      *     {@link Boolean }
644      *     
645      */
646     public void setBelowAlignment(Boolean value) {
647         this.belowAlignment = value;
648     }
649
650     /**
651      * Gets the value of the calcId property.
652      * 
653      * @return
654      *     possible object is
655      *     {@link String }
656      *     
657      */
658     public String getCalcId() {
659         return calcId;
660     }
661
662     /**
663      * Sets the value of the calcId property.
664      * 
665      * @param value
666      *     allowed object is
667      *     {@link String }
668      *     
669      */
670     public void setCalcId(String value) {
671         this.calcId = value;
672     }
673
674
675     /**
676      * <p>Java class for anonymous complex type.
677      * 
678      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
679      * 
680      * <pre>
681      * &lt;complexType>
682      *   &lt;complexContent>
683      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
684      *       &lt;attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
685      *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
686      *     &lt;/restriction>
687      *   &lt;/complexContent>
688      * &lt;/complexType>
689      * </pre>
690      * 
691      * 
692      */
693     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
694     @XmlType(name = "")
695     public static class Property {
696
697         @XmlAttribute(name = "name")
698         protected String name;
699         @XmlAttribute(name = "value")
700         protected String value;
701
702         /**
703          * Gets the value of the name property.
704          * 
705          * @return
706          *     possible object is
707          *     {@link String }
708          *     
709          */
710         public String getName() {
711             return name;
712         }
713
714         /**
715          * Sets the value of the name property.
716          * 
717          * @param value
718          *     allowed object is
719          *     {@link String }
720          *     
721          */
722         public void setName(String value) {
723             this.name = value;
724         }
725
726         /**
727          * Gets the value of the value property.
728          * 
729          * @return
730          *     possible object is
731          *     {@link String }
732          *     
733          */
734         public String getValue() {
735             return value;
736         }
737
738         /**
739          * Sets the value of the value property.
740          * 
741          * @param value
742          *     allowed object is
743          *     {@link String }
744          *     
745          */
746         public void setValue(String value) {
747             this.value = value;
748         }
749
750     }
751
752
753     /**
754      * <p>Java class for anonymous complex type.
755      * 
756      * <p>The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
757      * 
758      * <pre>
759      * &lt;complexType>
760      *   &lt;complexContent>
761      *     &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
762      *       &lt;attribute name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
763      *       &lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
764      *       &lt;attribute name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
765      *     &lt;/restriction>
766      *   &lt;/complexContent>
767      * &lt;/complexType>
768      * </pre>
769      * 
770      * 
771      */
772     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
773     @XmlType(name = "")
774     public static class ThresholdLine {
775
776         @XmlAttribute(name = "label")
777         protected String label;
778         @XmlAttribute(name = "value")
779         protected Float value;
780         @XmlAttribute(name = "colour")
781         protected Integer colour;
782
783         /**
784          * Gets the value of the label property.
785          * 
786          * @return
787          *     possible object is
788          *     {@link String }
789          *     
790          */
791         public String getLabel() {
792             return label;
793         }
794
795         /**
796          * Sets the value of the label property.
797          * 
798          * @param value
799          *     allowed object is
800          *     {@link String }
801          *     
802          */
803         public void setLabel(String value) {
804             this.label = value;
805         }
806
807         /**
808          * Gets the value of the value property.
809          * 
810          * @return
811          *     possible object is
812          *     {@link Float }
813          *     
814          */
815         public Float getValue() {
816             return value;
817         }
818
819         /**
820          * Sets the value of the value property.
821          * 
822          * @param value
823          *     allowed object is
824          *     {@link Float }
825          *     
826          */
827         public void setValue(Float value) {
828             this.value = value;
829         }
830
831         /**
832          * Gets the value of the colour property.
833          * 
834          * @return
835          *     possible object is
836          *     {@link Integer }
837          *     
838          */
839         public Integer getColour() {
840             return colour;
841         }
842
843         /**
844          * Sets the value of the colour property.
845          * 
846          * @param value
847          *     allowed object is
848          *     {@link Integer }
849          *     
850          */
851         public void setColour(Integer value) {
852             this.colour = value;
853         }
854
855     }
856
857 }