JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / Annotation.java
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3 // See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
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6 //
7
8 package jalview.xml.binding.jalview;
9
10 import java.util.ArrayList;
11 import java.util.List;
12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
16 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
18
19 /**
20  * <p>Java class for anonymous complex type.
21  * 
22  * <p>The following schema fragment specifies the expected content
23  * contained within this class.
24  * 
25  * <pre> <complexType> <complexContent>
26  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
27  * <sequence> <element
28  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}annotationElement"
29  * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/> <element name="label"
30  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/> <element
31  * name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
32  * minOccurs="0"/> <element name="thresholdLine"
33  * minOccurs="0"> <complexType>
34  * <complexContent> <restriction
35  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attribute
36  * name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
37  * <attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float"
38  * /> <attribute name="colour"
39  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
40  * </restriction> </complexContent>
41  * </complexType> </element> <element
42  * name="property" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
43  * <complexType> <complexContent>
44  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
45  * <attribute name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
46  * /> <attribute name="value"
47  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
48  * </restriction> </complexContent>
49  * </complexType> </element>
50  * </sequence> <attribute name="graph" use="required"
51  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
52  * name="graphType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
53  * <attribute name="sequenceRef"
54  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
55  * name="groupRef" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
56  * <attribute name="graphColour"
57  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
58  * name="graphGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
59  * <attribute name="graphHeight"
60  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
61  * name="id" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
62  * <attribute name="scoreOnly"
63  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
64  * <attribute name="score"
65  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" /> <attribute
66  * name="visible" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
67  * <attribute name="centreColLabels"
68  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
69  * name="scaleColLabels" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
70  * /> <attribute name="showAllColLabels"
71  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /> <attribute
72  * name="autoCalculated" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
73  * default="false" /> <attribute name="belowAlignment"
74  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="true" />
75  * <attribute name="calcId"
76  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
77  * </restriction> </complexContent>
78  * </complexType> </pre>
79  * 
80  * 
81  */
82 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
83 @XmlType(
84   name = "",
85   propOrder =
86   { "annotationElement", "label", "description", "thresholdLine",
87       "property" })
88 @XmlRootElement(name = "Annotation")
89 public class Annotation
90 {
91
92   protected List<AnnotationElement> annotationElement;
93
94   @XmlElement(required = true)
95   protected String label;
96
97   protected String description;
98
99   protected Annotation.ThresholdLine thresholdLine;
100
101   protected List<Annotation.Property> property;
102
103   @XmlAttribute(name = "graph", required = true)
104   protected boolean graph;
105
106   @XmlAttribute(name = "graphType")
107   protected Integer graphType;
108
109   @XmlAttribute(name = "sequenceRef")
110   protected String sequenceRef;
111
112   @XmlAttribute(name = "groupRef")
113   protected String groupRef;
114
115   @XmlAttribute(name = "graphColour")
116   protected Integer graphColour;
117
118   @XmlAttribute(name = "graphGroup")
119   protected Integer graphGroup;
120
121   @XmlAttribute(name = "graphHeight")
122   protected Integer graphHeight;
123
124   @XmlAttribute(name = "id")
125   protected String id;
126
127   @XmlAttribute(name = "scoreOnly")
128   protected Boolean scoreOnly;
129
130   @XmlAttribute(name = "score")
131   protected Double score;
132
133   @XmlAttribute(name = "visible")
134   protected Boolean visible;
135
136   @XmlAttribute(name = "centreColLabels")
137   protected Boolean centreColLabels;
138
139   @XmlAttribute(name = "scaleColLabels")
140   protected Boolean scaleColLabels;
141
142   @XmlAttribute(name = "showAllColLabels")
143   protected Boolean showAllColLabels;
144
145   @XmlAttribute(name = "autoCalculated")
146   protected Boolean autoCalculated;
147
148   @XmlAttribute(name = "belowAlignment")
149   protected Boolean belowAlignment;
150
151   @XmlAttribute(name = "calcId")
152   protected String calcId;
153
154   /**
155    * Gets the value of the annotationElement property.
156    * 
157    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
158    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
159    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
160    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the annotationElement property.
161    * 
162    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
163    * getAnnotationElement().add(newItem); &lt;/pre&gt;
164    * 
165    * 
166    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
167    * {@link AnnotationElement }
168    * 
169    * 
170    */
171   public List<AnnotationElement> getAnnotationElement()
172   {
173     if (annotationElement == null)
174     {
175       annotationElement = new ArrayList<AnnotationElement>();
176     }
177     return this.annotationElement;
178   }
179
180   /**
181    * Gets the value of the label property.
182    * 
183    * @return possible object is {@link String }
184    * 
185    */
186   public String getLabel()
187   {
188     return label;
189   }
190
191   /**
192    * Sets the value of the label property.
193    * 
194    * @param value
195    *          allowed object is {@link String }
196    * 
197    */
198   public void setLabel(String value)
199   {
200     this.label = value;
201   }
202
203   /**
204    * Gets the value of the description property.
205    * 
206    * @return possible object is {@link String }
207    * 
208    */
209   public String getDescription()
210   {
211     return description;
212   }
213
214   /**
215    * Sets the value of the description property.
216    * 
217    * @param value
218    *          allowed object is {@link String }
219    * 
220    */
221   public void setDescription(String value)
222   {
223     this.description = value;
224   }
225
226   /**
227    * Gets the value of the thresholdLine property.
228    * 
229    * @return possible object is {@link Annotation.ThresholdLine }
230    * 
231    */
232   public Annotation.ThresholdLine getThresholdLine()
233   {
234     return thresholdLine;
235   }
236
237   /**
238    * Sets the value of the thresholdLine property.
239    * 
240    * @param value
241    *          allowed object is {@link Annotation.ThresholdLine }
242    * 
243    */
244   public void setThresholdLine(Annotation.ThresholdLine value)
245   {
246     this.thresholdLine = value;
247   }
248
249   /**
250    * Gets the value of the property property.
251    * 
252    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
253    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
254    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
255    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the property property.
256    * 
257    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
258    * getProperty().add(newItem); &lt;/pre&gt;
259    * 
260    * 
261    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
262    * {@link Annotation.Property }
263    * 
264    * 
265    */
266   public List<Annotation.Property> getProperty()
267   {
268     if (property == null)
269     {
270       property = new ArrayList<Annotation.Property>();
271     }
272     return this.property;
273   }
274
275   /**
276    * Gets the value of the graph property.
277    * 
278    */
279   public boolean isGraph()
280   {
281     return graph;
282   }
283
284   /**
285    * Sets the value of the graph property.
286    * 
287    */
288   public void setGraph(boolean value)
289   {
290     this.graph = value;
291   }
292
293   /**
294    * Gets the value of the graphType property.
295    * 
296    * @return possible object is {@link Integer }
297    * 
298    */
299   public Integer getGraphType()
300   {
301     return graphType;
302   }
303
304   /**
305    * Sets the value of the graphType property.
306    * 
307    * @param value
308    *          allowed object is {@link Integer }
309    * 
310    */
311   public void setGraphType(Integer value)
312   {
313     this.graphType = value;
314   }
315
316   /**
317    * Gets the value of the sequenceRef property.
318    * 
319    * @return possible object is {@link String }
320    * 
321    */
322   public String getSequenceRef()
323   {
324     return sequenceRef;
325   }
326
327   /**
328    * Sets the value of the sequenceRef property.
329    * 
330    * @param value
331    *          allowed object is {@link String }
332    * 
333    */
334   public void setSequenceRef(String value)
335   {
336     this.sequenceRef = value;
337   }
338
339   /**
340    * Gets the value of the groupRef property.
341    * 
342    * @return possible object is {@link String }
343    * 
344    */
345   public String getGroupRef()
346   {
347     return groupRef;
348   }
349
350   /**
351    * Sets the value of the groupRef property.
352    * 
353    * @param value
354    *          allowed object is {@link String }
355    * 
356    */
357   public void setGroupRef(String value)
358   {
359     this.groupRef = value;
360   }
361
362   /**
363    * Gets the value of the graphColour property.
364    * 
365    * @return possible object is {@link Integer }
366    * 
367    */
368   public Integer getGraphColour()
369   {
370     return graphColour;
371   }
372
373   /**
374    * Sets the value of the graphColour property.
375    * 
376    * @param value
377    *          allowed object is {@link Integer }
378    * 
379    */
380   public void setGraphColour(Integer value)
381   {
382     this.graphColour = value;
383   }
384
385   /**
386    * Gets the value of the graphGroup property.
387    * 
388    * @return possible object is {@link Integer }
389    * 
390    */
391   public Integer getGraphGroup()
392   {
393     return graphGroup;
394   }
395
396   /**
397    * Sets the value of the graphGroup property.
398    * 
399    * @param value
400    *          allowed object is {@link Integer }
401    * 
402    */
403   public void setGraphGroup(Integer value)
404   {
405     this.graphGroup = value;
406   }
407
408   /**
409    * Gets the value of the graphHeight property.
410    * 
411    * @return possible object is {@link Integer }
412    * 
413    */
414   public Integer getGraphHeight()
415   {
416     return graphHeight;
417   }
418
419   /**
420    * Sets the value of the graphHeight property.
421    * 
422    * @param value
423    *          allowed object is {@link Integer }
424    * 
425    */
426   public void setGraphHeight(Integer value)
427   {
428     this.graphHeight = value;
429   }
430
431   /**
432    * Gets the value of the id property.
433    * 
434    * @return possible object is {@link String }
435    * 
436    */
437   public String getId()
438   {
439     return id;
440   }
441
442   /**
443    * Sets the value of the id property.
444    * 
445    * @param value
446    *          allowed object is {@link String }
447    * 
448    */
449   public void setId(String value)
450   {
451     this.id = value;
452   }
453
454   /**
455    * Gets the value of the scoreOnly property.
456    * 
457    * @return possible object is {@link Boolean }
458    * 
459    */
460   public boolean isScoreOnly()
461   {
462     if (scoreOnly == null)
463     {
464       return false;
465     }
466     else
467     {
468       return scoreOnly;
469     }
470   }
471
472   /**
473    * Sets the value of the scoreOnly property.
474    * 
475    * @param value
476    *          allowed object is {@link Boolean }
477    * 
478    */
479   public void setScoreOnly(Boolean value)
480   {
481     this.scoreOnly = value;
482   }
483
484   /**
485    * Gets the value of the score property.
486    * 
487    * @return possible object is {@link Double }
488    * 
489    */
490   public Double getScore()
491   {
492     return score;
493   }
494
495   /**
496    * Sets the value of the score property.
497    * 
498    * @param value
499    *          allowed object is {@link Double }
500    * 
501    */
502   public void setScore(Double value)
503   {
504     this.score = value;
505   }
506
507   /**
508    * Gets the value of the visible property.
509    * 
510    * @return possible object is {@link Boolean }
511    * 
512    */
513   public Boolean isVisible()
514   {
515     return visible;
516   }
517
518   /**
519    * Sets the value of the visible property.
520    * 
521    * @param value
522    *          allowed object is {@link Boolean }
523    * 
524    */
525   public void setVisible(Boolean value)
526   {
527     this.visible = value;
528   }
529
530   /**
531    * Gets the value of the centreColLabels property.
532    * 
533    * @return possible object is {@link Boolean }
534    * 
535    */
536   public Boolean isCentreColLabels()
537   {
538     return centreColLabels;
539   }
540
541   /**
542    * Sets the value of the centreColLabels property.
543    * 
544    * @param value
545    *          allowed object is {@link Boolean }
546    * 
547    */
548   public void setCentreColLabels(Boolean value)
549   {
550     this.centreColLabels = value;
551   }
552
553   /**
554    * Gets the value of the scaleColLabels property.
555    * 
556    * @return possible object is {@link Boolean }
557    * 
558    */
559   public Boolean isScaleColLabels()
560   {
561     return scaleColLabels;
562   }
563
564   /**
565    * Sets the value of the scaleColLabels property.
566    * 
567    * @param value
568    *          allowed object is {@link Boolean }
569    * 
570    */
571   public void setScaleColLabels(Boolean value)
572   {
573     this.scaleColLabels = value;
574   }
575
576   /**
577    * Gets the value of the showAllColLabels property.
578    * 
579    * @return possible object is {@link Boolean }
580    * 
581    */
582   public Boolean isShowAllColLabels()
583   {
584     return showAllColLabels;
585   }
586
587   /**
588    * Sets the value of the showAllColLabels property.
589    * 
590    * @param value
591    *          allowed object is {@link Boolean }
592    * 
593    */
594   public void setShowAllColLabels(Boolean value)
595   {
596     this.showAllColLabels = value;
597   }
598
599   /**
600    * Gets the value of the autoCalculated property.
601    * 
602    * @return possible object is {@link Boolean }
603    * 
604    */
605   public boolean isAutoCalculated()
606   {
607     if (autoCalculated == null)
608     {
609       return false;
610     }
611     else
612     {
613       return autoCalculated;
614     }
615   }
616
617   /**
618    * Sets the value of the autoCalculated property.
619    * 
620    * @param value
621    *          allowed object is {@link Boolean }
622    * 
623    */
624   public void setAutoCalculated(Boolean value)
625   {
626     this.autoCalculated = value;
627   }
628
629   /**
630    * Gets the value of the belowAlignment property.
631    * 
632    * @return possible object is {@link Boolean }
633    * 
634    */
635   public boolean isBelowAlignment()
636   {
637     if (belowAlignment == null)
638     {
639       return true;
640     }
641     else
642     {
643       return belowAlignment;
644     }
645   }
646
647   /**
648    * Sets the value of the belowAlignment property.
649    * 
650    * @param value
651    *          allowed object is {@link Boolean }
652    * 
653    */
654   public void setBelowAlignment(Boolean value)
655   {
656     this.belowAlignment = value;
657   }
658
659   /**
660    * Gets the value of the calcId property.
661    * 
662    * @return possible object is {@link String }
663    * 
664    */
665   public String getCalcId()
666   {
667     return calcId;
668   }
669
670   /**
671    * Sets the value of the calcId property.
672    * 
673    * @param value
674    *          allowed object is {@link String }
675    * 
676    */
677   public void setCalcId(String value)
678   {
679     this.calcId = value;
680   }
681
682   /**
683    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
684    * 
685    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
686    * contained within this class.
687    * 
688    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
689    * &amp;lt;restriction
690    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
691    * name="name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
692    * &amp;lt;attribute name="value"
693    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
694    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
695    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
696    * 
697    * 
698    */
699   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
700   @XmlType(name = "")
701   public static class Property
702   {
703
704     @XmlAttribute(name = "name")
705     protected String name;
706
707     @XmlAttribute(name = "value")
708     protected String value;
709
710     /**
711      * Gets the value of the name property.
712      * 
713      * @return possible object is {@link String }
714      * 
715      */
716     public String getName()
717     {
718       return name;
719     }
720
721     /**
722      * Sets the value of the name property.
723      * 
724      * @param value
725      *          allowed object is {@link String }
726      * 
727      */
728     public void setName(String value)
729     {
730       this.name = value;
731     }
732
733     /**
734      * Gets the value of the value property.
735      * 
736      * @return possible object is {@link String }
737      * 
738      */
739     public String getValue()
740     {
741       return value;
742     }
743
744     /**
745      * Sets the value of the value property.
746      * 
747      * @param value
748      *          allowed object is {@link String }
749      * 
750      */
751     public void setValue(String value)
752     {
753       this.value = value;
754     }
755
756   }
757
758   /**
759    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
760    * 
761    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
762    * contained within this class.
763    * 
764    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
765    * &amp;lt;restriction
766    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
767    * name="label" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
768    * &amp;lt;attribute name="value"
769    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
770    * name="colour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt;
771    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
772    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
773    * 
774    * 
775    */
776   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
777   @XmlType(name = "")
778   public static class ThresholdLine
779   {
780
781     @XmlAttribute(name = "label")
782     protected String label;
783
784     @XmlAttribute(name = "value")
785     protected Float value;
786
787     @XmlAttribute(name = "colour")
788     protected Integer colour;
789
790     /**
791      * Gets the value of the label property.
792      * 
793      * @return possible object is {@link String }
794      * 
795      */
796     public String getLabel()
797     {
798       return label;
799     }
800
801     /**
802      * Sets the value of the label property.
803      * 
804      * @param value
805      *          allowed object is {@link String }
806      * 
807      */
808     public void setLabel(String value)
809     {
810       this.label = value;
811     }
812
813     /**
814      * Gets the value of the value property.
815      * 
816      * @return possible object is {@link Float }
817      * 
818      */
819     public Float getValue()
820     {
821       return value;
822     }
823
824     /**
825      * Sets the value of the value property.
826      * 
827      * @param value
828      *          allowed object is {@link Float }
829      * 
830      */
831     public void setValue(Float value)
832     {
833       this.value = value;
834     }
835
836     /**
837      * Gets the value of the colour property.
838      * 
839      * @return possible object is {@link Integer }
840      * 
841      */
842     public Integer getColour()
843     {
844       return colour;
845     }
846
847     /**
848      * Sets the value of the colour property.
849      * 
850      * @param value
851      *          allowed object is {@link Integer }
852      * 
853      */
854     public void setColour(Integer value)
855     {
856       this.colour = value;
857     }
858
859   }
860
861 }