JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / AnnotationColourScheme.java
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6 //
7
8 package jalview.xml.binding.jalview;
9
10 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
11 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
14
15 /**
16  * <p>Java class for AnnotationColourScheme complex type.
17  * 
18  * <p>The following schema fragment specifies the expected content
19  * contained within this class.
20  * 
21  * <pre> <complexType name="AnnotationColourScheme">
22  * <complexContent> <restriction
23  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attribute
24  * name="aboveThreshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
25  * <attribute name="annotation"
26  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
27  * name="minColour" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" />
28  * <attribute name="maxColour"
29  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
30  * name="colourScheme" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
31  * <attribute name="threshold"
32  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /> <attribute
33  * name="perSequence" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
34  * <attribute name="predefinedColours"
35  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
36  * </restriction> </complexContent>
37  * </complexType> </pre>
38  * 
39  * 
40  */
41 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
42 @XmlType(name = "AnnotationColourScheme", namespace = "www.jalview.org")
43 public class AnnotationColourScheme
44 {
45
46   @XmlAttribute(name = "aboveThreshold")
47   protected Integer aboveThreshold;
48
49   @XmlAttribute(name = "annotation")
50   protected String annotation;
51
52   @XmlAttribute(name = "minColour")
53   protected Integer minColour;
54
55   @XmlAttribute(name = "maxColour")
56   protected Integer maxColour;
57
58   @XmlAttribute(name = "colourScheme")
59   protected String colourScheme;
60
61   @XmlAttribute(name = "threshold")
62   protected Float threshold;
63
64   @XmlAttribute(name = "perSequence")
65   protected Boolean perSequence;
66
67   @XmlAttribute(name = "predefinedColours")
68   protected Boolean predefinedColours;
69
70   /**
71    * Gets the value of the aboveThreshold property.
72    * 
73    * @return possible object is {@link Integer }
74    * 
75    */
76   public Integer getAboveThreshold()
77   {
78     return aboveThreshold;
79   }
80
81   /**
82    * Sets the value of the aboveThreshold property.
83    * 
84    * @param value
85    *          allowed object is {@link Integer }
86    * 
87    */
88   public void setAboveThreshold(Integer value)
89   {
90     this.aboveThreshold = value;
91   }
92
93   /**
94    * Gets the value of the annotation property.
95    * 
96    * @return possible object is {@link String }
97    * 
98    */
99   public String getAnnotation()
100   {
101     return annotation;
102   }
103
104   /**
105    * Sets the value of the annotation property.
106    * 
107    * @param value
108    *          allowed object is {@link String }
109    * 
110    */
111   public void setAnnotation(String value)
112   {
113     this.annotation = value;
114   }
115
116   /**
117    * Gets the value of the minColour property.
118    * 
119    * @return possible object is {@link Integer }
120    * 
121    */
122   public Integer getMinColour()
123   {
124     return minColour;
125   }
126
127   /**
128    * Sets the value of the minColour property.
129    * 
130    * @param value
131    *          allowed object is {@link Integer }
132    * 
133    */
134   public void setMinColour(Integer value)
135   {
136     this.minColour = value;
137   }
138
139   /**
140    * Gets the value of the maxColour property.
141    * 
142    * @return possible object is {@link Integer }
143    * 
144    */
145   public Integer getMaxColour()
146   {
147     return maxColour;
148   }
149
150   /**
151    * Sets the value of the maxColour property.
152    * 
153    * @param value
154    *          allowed object is {@link Integer }
155    * 
156    */
157   public void setMaxColour(Integer value)
158   {
159     this.maxColour = value;
160   }
161
162   /**
163    * Gets the value of the colourScheme property.
164    * 
165    * @return possible object is {@link String }
166    * 
167    */
168   public String getColourScheme()
169   {
170     return colourScheme;
171   }
172
173   /**
174    * Sets the value of the colourScheme property.
175    * 
176    * @param value
177    *          allowed object is {@link String }
178    * 
179    */
180   public void setColourScheme(String value)
181   {
182     this.colourScheme = value;
183   }
184
185   /**
186    * Gets the value of the threshold property.
187    * 
188    * @return possible object is {@link Float }
189    * 
190    */
191   public Float getThreshold()
192   {
193     return threshold;
194   }
195
196   /**
197    * Sets the value of the threshold property.
198    * 
199    * @param value
200    *          allowed object is {@link Float }
201    * 
202    */
203   public void setThreshold(Float value)
204   {
205     this.threshold = value;
206   }
207
208   /**
209    * Gets the value of the perSequence property.
210    * 
211    * @return possible object is {@link Boolean }
212    * 
213    */
214   public Boolean isPerSequence()
215   {
216     return perSequence;
217   }
218
219   /**
220    * Sets the value of the perSequence property.
221    * 
222    * @param value
223    *          allowed object is {@link Boolean }
224    * 
225    */
226   public void setPerSequence(Boolean value)
227   {
228     this.perSequence = value;
229   }
230
231   /**
232    * Gets the value of the predefinedColours property.
233    * 
234    * @return possible object is {@link Boolean }
235    * 
236    */
237   public Boolean isPredefinedColours()
238   {
239     return predefinedColours;
240   }
241
242   /**
243    * Sets the value of the predefinedColours property.
244    * 
245    * @param value
246    *          allowed object is {@link Boolean }
247    * 
248    */
249   public void setPredefinedColours(Boolean value)
250   {
251     this.predefinedColours = value;
252   }
253
254 }