src/jalview/xml/binding/jalview/Feature.java

   1 //
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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  16
  17 /**
  18  * &lt;p&gt;Java class for feature complex type.
  19  *
  20  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
  21  * contained within this class.
  22  *
  23  * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType name="feature"&amp;gt;
  24  * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
  25  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  26  * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="otherData"
  27  * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
  28  * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
  29  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
  30  * name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
  31  * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="key2"
  32  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
  33  * name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
  34  * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  35  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
  36  * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="begin" use="required"
  37  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
  38  * name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
  39  * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="type" use="required"
  40  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
  41  * name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  42  * &amp;lt;attribute name="status"
  43  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
  44  * name="featureGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  45  * &amp;lt;attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float"
  46  * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  47  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
  48  *
  49  *
  50  */
  51 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  52 @XmlType(
  53   name = "feature",
  54   namespace = "www.jalview.org",
  55   propOrder =
  56   { "otherData" })
  57 public class Feature
  58 {
  59
  60   protected List<Feature.OtherData> otherData;
  61
  62   @XmlAttribute(name = "begin", required = true)
  63   protected int begin;
  64
  65   @XmlAttribute(name = "end", required = true)
  66   protected int end;
  67
  68   @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  69   protected String type;
  70
  71   @XmlAttribute(name = "description")
  72   protected String description;
  73
  74   @XmlAttribute(name = "status")
  75   protected String status;
  76
  77   @XmlAttribute(name = "featureGroup")
  78   protected String featureGroup;
  79
  80   @XmlAttribute(name = "score")
  81   protected Float score;
  82
  83   /**
  84    * Gets the value of the otherData property.
  85    *
  86    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
  87    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
  88    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
  89    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the otherData property.
  90    *
  91    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
  92    * getOtherData().add(newItem); &lt;/pre&gt;
  93    *
  94    *
  95    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
  96    * {@link Feature.OtherData }
  97    *
  98    *
  99    */
 100   public List<Feature.OtherData> getOtherData()
 101   {
 102     if (otherData == null)
 103     {
 104       otherData = new ArrayList<Feature.OtherData>();
 105     }
 106     return this.otherData;
 107   }
 108
 109   /**
 110    * Gets the value of the begin property.
 111    *
 112    */
 113   public int getBegin()
 114   {
 115     return begin;
 116   }
 117
 118   /**
 119    * Sets the value of the begin property.
 120    *
 121    */
 122   public void setBegin(int value)
 123   {
 124     this.begin = value;
 125   }
 126
 127   /**
 128    * Gets the value of the end property.
 129    *
 130    */
 131   public int getEnd()
 132   {
 133     return end;
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Sets the value of the end property.
 138    *
 139    */
 140   public void setEnd(int value)
 141   {
 142     this.end = value;
 143   }
 144
 145   /**
 146    * Gets the value of the type property.
 147    *
 148    * @return possible object is {@link String }
 149    *
 150    */
 151   public String getType()
 152   {
 153     return type;
 154   }
 155
 156   /**
 157    * Sets the value of the type property.
 158    *
 159    * @param value
 160    *          allowed object is {@link String }
 161    *
 162    */
 163   public void setType(String value)
 164   {
 165     this.type = value;
 166   }
 167
 168   /**
 169    * Gets the value of the description property.
 170    *
 171    * @return possible object is {@link String }
 172    *
 173    */
 174   public String getDescription()
 175   {
 176     return description;
 177   }
 178
 179   /**
 180    * Sets the value of the description property.
 181    *
 182    * @param value
 183    *          allowed object is {@link String }
 184    *
 185    */
 186   public void setDescription(String value)
 187   {
 188     this.description = value;
 189   }
 190
 191   /**
 192    * Gets the value of the status property.
 193    *
 194    * @return possible object is {@link String }
 195    *
 196    */
 197   public String getStatus()
 198   {
 199     return status;
 200   }
 201
 202   /**
 203    * Sets the value of the status property.
 204    *
 205    * @param value
 206    *          allowed object is {@link String }
 207    *
 208    */
 209   public void setStatus(String value)
 210   {
 211     this.status = value;
 212   }
 213
 214   /**
 215    * Gets the value of the featureGroup property.
 216    *
 217    * @return possible object is {@link String }
 218    *
 219    */
 220   public String getFeatureGroup()
 221   {
 222     return featureGroup;
 223   }
 224
 225   /**
 226    * Sets the value of the featureGroup property.
 227    *
 228    * @param value
 229    *          allowed object is {@link String }
 230    *
 231    */
 232   public void setFeatureGroup(String value)
 233   {
 234     this.featureGroup = value;
 235   }
 236
 237   /**
 238    * Gets the value of the score property.
 239    *
 240    * @return possible object is {@link Float }
 241    *
 242    */
 243   public Float getScore()
 244   {
 245     return score;
 246   }
 247
 248   /**
 249    * Sets the value of the score property.
 250    *
 251    * @param value
 252    *          allowed object is {@link Float }
 253    *
 254    */
 255   public void setScore(Float value)
 256   {
 257     this.score = value;
 258   }
 259
 260   /**
 261    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 262    *
 263    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
 264    * contained within this class.
 265    *
 266    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 267    * &amp;lt;restriction
 268    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
 269    * name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
 270    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="key2"
 271    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
 272    * name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
 273    * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 274    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
 275    *
 276    *
 277    */
 278   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 279   @XmlType(name = "")
 280   public static class OtherData
 281   {
 282
 283     @XmlAttribute(name = "key", required = true)
 284     protected String key;
 285
 286     @XmlAttribute(name = "key2")
 287     protected String key2;
 288
 289     @XmlAttribute(name = "value", required = true)
 290     protected String value;
 291
 292     /**
 293      * Gets the value of the key property.
 294      *
 295      * @return possible object is {@link String }
 296      *
 297      */
 298     public String getKey()
 299     {
 300       return key;
 301     }
 302
 303     /**
 304      * Sets the value of the key property.
 305      *
 306      * @param value
 307      *          allowed object is {@link String }
 308      *
 309      */
 310     public void setKey(String value)
 311     {
 312       this.key = value;
 313     }
 314
 315     /**
 316      * Gets the value of the key2 property.
 317      *
 318      * @return possible object is {@link String }
 319      *
 320      */
 321     public String getKey2()
 322     {
 323       return key2;
 324     }
 325
 326     /**
 327      * Sets the value of the key2 property.
 328      *
 329      * @param value
 330      *          allowed object is {@link String }
 331      *
 332      */
 333     public void setKey2(String value)
 334     {
 335       this.key2 = value;
 336     }
 337
 338     /**
 339      * Gets the value of the value property.
 340      *
 341      * @return possible object is {@link String }
 342      *
 343      */
 344     public String getValue()
 345     {
 346       return value;
 347     }
 348
 349     /**
 350      * Sets the value of the value property.
 351      *
 352      * @param value
 353      *          allowed object is {@link String }
 354      *
 355      */
 356     public void setValue(String value)
 357     {
 358       this.value = value;
 359     }
 360
 361   }
 362
 363 }