JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / Feature.java
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3 // See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
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6 //
7
8 package jalview.xml.binding.jalview;
9
10 import java.util.ArrayList;
11 import java.util.List;
12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
16
17 /**
18  * <p>Java class for feature complex type.
19  * 
20  * <p>The following schema fragment specifies the expected content
21  * contained within this class.
22  * 
23  * <pre> <complexType name="feature">
24  * <complexContent> <restriction
25  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
26  * <sequence> <element name="otherData"
27  * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"> <complexType>
28  * <complexContent> <restriction
29  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attribute
30  * name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
31  * /> <attribute name="key2"
32  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
33  * name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
34  * /> </restriction> </complexContent>
35  * </complexType> </element>
36  * </sequence> <attribute name="begin" use="required"
37  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int" /> <attribute
38  * name="end" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}int"
39  * /> <attribute name="type" use="required"
40  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
41  * name="description" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
42  * <attribute name="status"
43  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
44  * name="featureGroup" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
45  * <attribute name="score" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float"
46  * /> </restriction> </complexContent>
47  * </complexType> </pre>
48  * 
49  * 
50  */
51 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
52 @XmlType(
53   name = "feature",
54   namespace = "www.jalview.org",
55   propOrder =
56   { "otherData" })
57 public class Feature
58 {
59
60   protected List<Feature.OtherData> otherData;
61
62   @XmlAttribute(name = "begin", required = true)
63   protected int begin;
64
65   @XmlAttribute(name = "end", required = true)
66   protected int end;
67
68   @XmlAttribute(name = "type", required = true)
69   protected String type;
70
71   @XmlAttribute(name = "description")
72   protected String description;
73
74   @XmlAttribute(name = "status")
75   protected String status;
76
77   @XmlAttribute(name = "featureGroup")
78   protected String featureGroup;
79
80   @XmlAttribute(name = "score")
81   protected Float score;
82
83   /**
84    * Gets the value of the otherData property.
85    * 
86    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
87    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
88    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
89    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the otherData property.
90    * 
91    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
92    * getOtherData().add(newItem); &lt;/pre&gt;
93    * 
94    * 
95    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
96    * {@link Feature.OtherData }
97    * 
98    * 
99    */
100   public List<Feature.OtherData> getOtherData()
101   {
102     if (otherData == null)
103     {
104       otherData = new ArrayList<Feature.OtherData>();
105     }
106     return this.otherData;
107   }
108
109   /**
110    * Gets the value of the begin property.
111    * 
112    */
113   public int getBegin()
114   {
115     return begin;
116   }
117
118   /**
119    * Sets the value of the begin property.
120    * 
121    */
122   public void setBegin(int value)
123   {
124     this.begin = value;
125   }
126
127   /**
128    * Gets the value of the end property.
129    * 
130    */
131   public int getEnd()
132   {
133     return end;
134   }
135
136   /**
137    * Sets the value of the end property.
138    * 
139    */
140   public void setEnd(int value)
141   {
142     this.end = value;
143   }
144
145   /**
146    * Gets the value of the type property.
147    * 
148    * @return possible object is {@link String }
149    * 
150    */
151   public String getType()
152   {
153     return type;
154   }
155
156   /**
157    * Sets the value of the type property.
158    * 
159    * @param value
160    *          allowed object is {@link String }
161    * 
162    */
163   public void setType(String value)
164   {
165     this.type = value;
166   }
167
168   /**
169    * Gets the value of the description property.
170    * 
171    * @return possible object is {@link String }
172    * 
173    */
174   public String getDescription()
175   {
176     return description;
177   }
178
179   /**
180    * Sets the value of the description property.
181    * 
182    * @param value
183    *          allowed object is {@link String }
184    * 
185    */
186   public void setDescription(String value)
187   {
188     this.description = value;
189   }
190
191   /**
192    * Gets the value of the status property.
193    * 
194    * @return possible object is {@link String }
195    * 
196    */
197   public String getStatus()
198   {
199     return status;
200   }
201
202   /**
203    * Sets the value of the status property.
204    * 
205    * @param value
206    *          allowed object is {@link String }
207    * 
208    */
209   public void setStatus(String value)
210   {
211     this.status = value;
212   }
213
214   /**
215    * Gets the value of the featureGroup property.
216    * 
217    * @return possible object is {@link String }
218    * 
219    */
220   public String getFeatureGroup()
221   {
222     return featureGroup;
223   }
224
225   /**
226    * Sets the value of the featureGroup property.
227    * 
228    * @param value
229    *          allowed object is {@link String }
230    * 
231    */
232   public void setFeatureGroup(String value)
233   {
234     this.featureGroup = value;
235   }
236
237   /**
238    * Gets the value of the score property.
239    * 
240    * @return possible object is {@link Float }
241    * 
242    */
243   public Float getScore()
244   {
245     return score;
246   }
247
248   /**
249    * Sets the value of the score property.
250    * 
251    * @param value
252    *          allowed object is {@link Float }
253    * 
254    */
255   public void setScore(Float value)
256   {
257     this.score = value;
258   }
259
260   /**
261    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
262    * 
263    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
264    * contained within this class.
265    * 
266    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
267    * &amp;lt;restriction
268    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
269    * name="key" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
270    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="key2"
271    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
272    * name="value" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
273    * /&amp;gt; &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
274    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
275    * 
276    * 
277    */
278   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
279   @XmlType(name = "")
280   public static class OtherData
281   {
282
283     @XmlAttribute(name = "key", required = true)
284     protected String key;
285
286     @XmlAttribute(name = "key2")
287     protected String key2;
288
289     @XmlAttribute(name = "value", required = true)
290     protected String value;
291
292     /**
293      * Gets the value of the key property.
294      * 
295      * @return possible object is {@link String }
296      * 
297      */
298     public String getKey()
299     {
300       return key;
301     }
302
303     /**
304      * Sets the value of the key property.
305      * 
306      * @param value
307      *          allowed object is {@link String }
308      * 
309      */
310     public void setKey(String value)
311     {
312       this.key = value;
313     }
314
315     /**
316      * Gets the value of the key2 property.
317      * 
318      * @return possible object is {@link String }
319      * 
320      */
321     public String getKey2()
322     {
323       return key2;
324     }
325
326     /**
327      * Sets the value of the key2 property.
328      * 
329      * @param value
330      *          allowed object is {@link String }
331      * 
332      */
333     public void setKey2(String value)
334     {
335       this.key2 = value;
336     }
337
338     /**
339      * Gets the value of the value property.
340      * 
341      * @return possible object is {@link String }
342      * 
343      */
344     public String getValue()
345     {
346       return value;
347     }
348
349     /**
350      * Sets the value of the value property.
351      * 
352      * @param value
353      *          allowed object is {@link String }
354      * 
355      */
356     public void setValue(String value)
357     {
358       this.value = value;
359     }
360
361   }
362
363 }