JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / JalviewUserColours.java
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3 // See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
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6 //
7
8 package jalview.xml.binding.jalview;
9
10 import java.util.ArrayList;
11 import java.util.List;
12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
16 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
17
18 /**
19  * <p>Java class for JalviewUserColours complex type.
20  * 
21  * <p>The following schema fragment specifies the expected content
22  * contained within this class.
23  * 
24  * <pre> <complexType name="JalviewUserColours">
25  * <complexContent> <restriction
26  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
27  * <sequence> <element name="Version"
28  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" minOccurs="0"/>
29  * <element name="colour" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
30  * <complexType> <complexContent>
31  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
32  * <sequence> <element name="attributeName"
33  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2"
34  * minOccurs="0"/> </sequence> <attribute
35  * name="Name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
36  * <attribute name="RGB" use="required"
37  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
38  * name="minRGB" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
39  * <attribute name="noValueColour"
40  * type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" />
41  * <attribute name="threshType"
42  * type="{www.jalview.org/colours}ThresholdType" /> <attribute
43  * name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" />
44  * <attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float"
45  * /> <attribute name="min"
46  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /> <attribute
47  * name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
48  * /> <attribute name="autoScale"
49  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" />
50  * </restriction> </complexContent>
51  * </complexType> </element> <element
52  * name="filter" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0">
53  * <complexType> <complexContent>
54  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
55  * <sequence> <element name="matcherSet"
56  * type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet"/>
57  * </sequence> <attribute name="featureType" use="required"
58  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
59  * </restriction> </complexContent>
60  * </complexType> </element>
61  * </sequence> <attribute name="schemeName"
62  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
63  * </restriction> </complexContent>
64  * </complexType> </pre>
65  * 
66  * 
67  */
68 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
69 @XmlType(
70   name = "JalviewUserColours",
71   namespace = "www.jalview.org/colours",
72   propOrder =
73   { "version", "colour", "filter" })
74 public class JalviewUserColours
75 {
76
77   @XmlElement(name = "Version", namespace = "")
78   protected String version;
79
80   @XmlElement(namespace = "")
81   protected List<JalviewUserColours.Colour> colour;
82
83   @XmlElement(namespace = "")
84   protected List<JalviewUserColours.Filter> filter;
85
86   @XmlAttribute(name = "schemeName")
87   protected String schemeName;
88
89   /**
90    * Gets the value of the version property.
91    * 
92    * @return possible object is {@link String }
93    * 
94    */
95   public String getVersion()
96   {
97     return version;
98   }
99
100   /**
101    * Sets the value of the version property.
102    * 
103    * @param value
104    *          allowed object is {@link String }
105    * 
106    */
107   public void setVersion(String value)
108   {
109     this.version = value;
110   }
111
112   /**
113    * Gets the value of the colour property.
114    * 
115    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
116    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
117    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
118    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the colour property.
119    * 
120    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
121    * getColour().add(newItem); &lt;/pre&gt;
122    * 
123    * 
124    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
125    * {@link JalviewUserColours.Colour }
126    * 
127    * 
128    */
129   public List<JalviewUserColours.Colour> getColour()
130   {
131     if (colour == null)
132     {
133       colour = new ArrayList<JalviewUserColours.Colour>();
134     }
135     return this.colour;
136   }
137
138   /**
139    * Gets the value of the filter property.
140    * 
141    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
142    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
143    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
144    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the filter property.
145    * 
146    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
147    * getFilter().add(newItem); &lt;/pre&gt;
148    * 
149    * 
150    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
151    * {@link JalviewUserColours.Filter }
152    * 
153    * 
154    */
155   public List<JalviewUserColours.Filter> getFilter()
156   {
157     if (filter == null)
158     {
159       filter = new ArrayList<JalviewUserColours.Filter>();
160     }
161     return this.filter;
162   }
163
164   /**
165    * Gets the value of the schemeName property.
166    * 
167    * @return possible object is {@link String }
168    * 
169    */
170   public String getSchemeName()
171   {
172     return schemeName;
173   }
174
175   /**
176    * Sets the value of the schemeName property.
177    * 
178    * @param value
179    *          allowed object is {@link String }
180    * 
181    */
182   public void setSchemeName(String value)
183   {
184     this.schemeName = value;
185   }
186
187   /**
188    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
189    * 
190    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
191    * contained within this class.
192    * 
193    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
194    * &amp;lt;restriction
195    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
196    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="attributeName"
197    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="2"
198    * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute
199    * name="Name" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
200    * &amp;lt;attribute name="RGB" use="required"
201    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
202    * name="minRGB" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
203    * &amp;lt;attribute name="noValueColour"
204    * type="{www.jalview.org/colours}NoValueColour" default="Min" /&amp;gt;
205    * &amp;lt;attribute name="threshType"
206    * type="{www.jalview.org/colours}ThresholdType" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
207    * name="threshold" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt;
208    * &amp;lt;attribute name="max" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float"
209    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="min"
210    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}float" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
211    * name="colourByLabel" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
212    * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="autoScale"
213    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" /&amp;gt;
214    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
215    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
216    * 
217    * 
218    */
219   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
220   @XmlType(name = "", propOrder = { "attributeName" })
221   public static class Colour
222   {
223
224     @XmlElement(namespace = "")
225     protected List<String> attributeName;
226
227     @XmlAttribute(name = "Name")
228     protected String name;
229
230     @XmlAttribute(name = "RGB", required = true)
231     protected String rgb;
232
233     @XmlAttribute(name = "minRGB")
234     protected String minRGB;
235
236     @XmlAttribute(name = "noValueColour")
237     protected NoValueColour noValueColour;
238
239     @XmlAttribute(name = "threshType")
240     protected ThresholdType threshType;
241
242     @XmlAttribute(name = "threshold")
243     protected Float threshold;
244
245     @XmlAttribute(name = "max")
246     protected Float max;
247
248     @XmlAttribute(name = "min")
249     protected Float min;
250
251     @XmlAttribute(name = "colourByLabel")
252     protected Boolean colourByLabel;
253
254     @XmlAttribute(name = "autoScale")
255     protected Boolean autoScale;
256
257     /**
258      * Gets the value of the attributeName property.
259      * 
260      * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not
261      * a snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will
262      * be present inside the JAXB object. This is why there is not a
263      * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the attributeName property.
264      * 
265      * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
266      * getAttributeName().add(newItem); &lt;/pre&gt;
267      * 
268      * 
269      * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
270      * {@link String }
271      * 
272      * 
273      */
274     public List<String> getAttributeName()
275     {
276       if (attributeName == null)
277       {
278         attributeName = new ArrayList<String>();
279       }
280       return this.attributeName;
281     }
282
283     /**
284      * Gets the value of the name property.
285      * 
286      * @return possible object is {@link String }
287      * 
288      */
289     public String getName()
290     {
291       return name;
292     }
293
294     /**
295      * Sets the value of the name property.
296      * 
297      * @param value
298      *          allowed object is {@link String }
299      * 
300      */
301     public void setName(String value)
302     {
303       this.name = value;
304     }
305
306     /**
307      * Gets the value of the rgb property.
308      * 
309      * @return possible object is {@link String }
310      * 
311      */
312     public String getRGB()
313     {
314       return rgb;
315     }
316
317     /**
318      * Sets the value of the rgb property.
319      * 
320      * @param value
321      *          allowed object is {@link String }
322      * 
323      */
324     public void setRGB(String value)
325     {
326       this.rgb = value;
327     }
328
329     /**
330      * Gets the value of the minRGB property.
331      * 
332      * @return possible object is {@link String }
333      * 
334      */
335     public String getMinRGB()
336     {
337       return minRGB;
338     }
339
340     /**
341      * Sets the value of the minRGB property.
342      * 
343      * @param value
344      *          allowed object is {@link String }
345      * 
346      */
347     public void setMinRGB(String value)
348     {
349       this.minRGB = value;
350     }
351
352     /**
353      * Gets the value of the noValueColour property.
354      * 
355      * @return possible object is {@link NoValueColour }
356      * 
357      */
358     public NoValueColour getNoValueColour()
359     {
360       if (noValueColour == null)
361       {
362         return NoValueColour.MIN;
363       }
364       else
365       {
366         return noValueColour;
367       }
368     }
369
370     /**
371      * Sets the value of the noValueColour property.
372      * 
373      * @param value
374      *          allowed object is {@link NoValueColour }
375      * 
376      */
377     public void setNoValueColour(NoValueColour value)
378     {
379       this.noValueColour = value;
380     }
381
382     /**
383      * Gets the value of the threshType property.
384      * 
385      * @return possible object is {@link ThresholdType }
386      * 
387      */
388     public ThresholdType getThreshType()
389     {
390       return threshType;
391     }
392
393     /**
394      * Sets the value of the threshType property.
395      * 
396      * @param value
397      *          allowed object is {@link ThresholdType }
398      * 
399      */
400     public void setThreshType(ThresholdType value)
401     {
402       this.threshType = value;
403     }
404
405     /**
406      * Gets the value of the threshold property.
407      * 
408      * @return possible object is {@link Float }
409      * 
410      */
411     public Float getThreshold()
412     {
413       return threshold;
414     }
415
416     /**
417      * Sets the value of the threshold property.
418      * 
419      * @param value
420      *          allowed object is {@link Float }
421      * 
422      */
423     public void setThreshold(Float value)
424     {
425       this.threshold = value;
426     }
427
428     /**
429      * Gets the value of the max property.
430      * 
431      * @return possible object is {@link Float }
432      * 
433      */
434     public Float getMax()
435     {
436       return max;
437     }
438
439     /**
440      * Sets the value of the max property.
441      * 
442      * @param value
443      *          allowed object is {@link Float }
444      * 
445      */
446     public void setMax(Float value)
447     {
448       this.max = value;
449     }
450
451     /**
452      * Gets the value of the min property.
453      * 
454      * @return possible object is {@link Float }
455      * 
456      */
457     public Float getMin()
458     {
459       return min;
460     }
461
462     /**
463      * Sets the value of the min property.
464      * 
465      * @param value
466      *          allowed object is {@link Float }
467      * 
468      */
469     public void setMin(Float value)
470     {
471       this.min = value;
472     }
473
474     /**
475      * Gets the value of the colourByLabel property.
476      * 
477      * @return possible object is {@link Boolean }
478      * 
479      */
480     public Boolean isColourByLabel()
481     {
482       return colourByLabel;
483     }
484
485     /**
486      * Sets the value of the colourByLabel property.
487      * 
488      * @param value
489      *          allowed object is {@link Boolean }
490      * 
491      */
492     public void setColourByLabel(Boolean value)
493     {
494       this.colourByLabel = value;
495     }
496
497     /**
498      * Gets the value of the autoScale property.
499      * 
500      * @return possible object is {@link Boolean }
501      * 
502      */
503     public Boolean isAutoScale()
504     {
505       return autoScale;
506     }
507
508     /**
509      * Sets the value of the autoScale property.
510      * 
511      * @param value
512      *          allowed object is {@link Boolean }
513      * 
514      */
515     public void setAutoScale(Boolean value)
516     {
517       this.autoScale = value;
518     }
519
520   }
521
522   /**
523    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
524    * 
525    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
526    * contained within this class.
527    * 
528    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
529    * &amp;lt;restriction
530    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
531    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="matcherSet"
532    * type="{www.jalview.org/colours}FeatureMatcherSet"/&amp;gt;
533    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="featureType"
534    * use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
535    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
536    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
537    * 
538    * 
539    */
540   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
541   @XmlType(name = "", propOrder = { "matcherSet" })
542   public static class Filter
543   {
544
545     @XmlElement(namespace = "", required = true)
546     protected FeatureMatcherSet matcherSet;
547
548     @XmlAttribute(name = "featureType", required = true)
549     protected String featureType;
550
551     /**
552      * Gets the value of the matcherSet property.
553      * 
554      * @return possible object is {@link FeatureMatcherSet }
555      * 
556      */
557     public FeatureMatcherSet getMatcherSet()
558     {
559       return matcherSet;
560     }
561
562     /**
563      * Sets the value of the matcherSet property.
564      * 
565      * @param value
566      *          allowed object is {@link FeatureMatcherSet }
567      * 
568      */
569     public void setMatcherSet(FeatureMatcherSet value)
570     {
571       this.matcherSet = value;
572     }
573
574     /**
575      * Gets the value of the featureType property.
576      * 
577      * @return possible object is {@link String }
578      * 
579      */
580     public String getFeatureType()
581     {
582       return featureType;
583     }
584
585     /**
586      * Sets the value of the featureType property.
587      * 
588      * @param value
589      *          allowed object is {@link String }
590      * 
591      */
592     public void setFeatureType(String value)
593     {
594       this.featureType = value;
595     }
596
597   }
598
599 }