src/jalview/xml/binding/jalview/Mapping.java

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   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  11 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  16
  17 /**
  18  *
  19  * Represent the jalview.datamodel.Mapping object - it also provides a way of
  20  * storing sequences that are mapped 'to' without adding them to the sequence
  21  * set (which will mean they are then added to the alignment too).
  22  *
  23  *
  24  * <p>
  25  * Java class for anonymous complex type.
  26  *
  27  * <p>
  28  * The following schema fragment specifies the expected content contained within
  29  * this class.
  30  *
  31  * <pre>
  32  * &lt;complexType>
  33  *   &lt;complexContent>
  34  *     &lt;extension base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}mapListType">
  35  *       &lt;sequence>
  36  *         &lt;choice minOccurs="0">
  37  *           &lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence"/>
  38  *           &lt;element name="dseqFor">
  39  *             &lt;simpleType>
  40  *               &lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string">
  41  *               &lt;/restriction>
  42  *             &lt;/simpleType>
  43  *           &lt;/element>
  44  *         &lt;/choice>
  45  *       &lt;/sequence>
  46  *       &lt;attribute name="mappingType" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
  47  *     &lt;/extension>
  48  *   &lt;/complexContent>
  49  * &lt;/complexType>
  50  * </pre>
  51  *
  52  *
  53  */
  54 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  55 @XmlType(name = "", propOrder = { "sequence", "dseqFor" })
  56 @XmlRootElement(name = "Mapping")
  57 public class Mapping extends MapListType
  58 {
  59
  60   @XmlElement(name = "Sequence")
  61   protected Sequence sequence;
  62
  63   protected String dseqFor;
  64
  65   @XmlAttribute(name = "mappingType")
  66   protected String mappingType;
  67
  68   /**
  69    * Gets the value of the sequence property.
  70    *
  71    * @return possible object is {@link Sequence }
  72    *
  73    */
  74   public Sequence getSequence()
  75   {
  76     return sequence;
  77   }
  78
  79   /**
  80    * Sets the value of the sequence property.
  81    *
  82    * @param value
  83    *          allowed object is {@link Sequence }
  84    *
  85    */
  86   public void setSequence(Sequence value)
  87   {
  88     this.sequence = value;
  89   }
  90
  91   /**
  92    * Gets the value of the dseqFor property.
  93    *
  94    * @return possible object is {@link String }
  95    *
  96    */
  97   public String getDseqFor()
  98   {
  99     return dseqFor;
 100   }
 101
 102   /**
 103    * Sets the value of the dseqFor property.
 104    *
 105    * @param value
 106    *          allowed object is {@link String }
 107    *
 108    */
 109   public void setDseqFor(String value)
 110   {
 111     this.dseqFor = value;
 112   }
 113
 114   /**
 115    * Gets the value of the mappingType property.
 116    *
 117    * @return possible object is {@link String }
 118    *
 119    */
 120   public String getMappingType()
 121   {
 122     return mappingType;
 123   }
 124
 125   /**
 126    * Sets the value of the mappingType property.
 127    *
 128    * @param value
 129    *          allowed object is {@link String }
 130    *
 131    */
 132   public void setMappingType(String value)
 133   {
 134     this.mappingType = value;
 135   }
 136
 137 }