src/jalview/xml/binding/jalview/MatrixType.java

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   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.math.BigInteger;
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18
  19 /**
  20  * Represents matrix data imported to Jalview, and the results of any derived
  21  * calculations (independent of a particular view on the matrix).
  22  *
  23  *
  24  * &lt;p&gt;Java class for MatrixType complex type.
  25  *
  26  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
  27  * contained within this class.
  28  *
  29  * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType name="MatrixType"&amp;gt;
  30  * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
  31  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  32  * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="elements"
  33  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"/&amp;gt; &amp;lt;element
  34  * name="groups" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
  35  * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="newick"
  36  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" maxOccurs="unbounded"
  37  * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="property"
  38  * type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}property" maxOccurs="unbounded"
  39  * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute
  40  * name="type" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
  41  * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="rows" use="required"
  42  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
  43  * name="cols" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}integer"
  44  * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="treeMethod"
  45  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
  46  * name="cutHeight" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}double" /&amp;gt;
  47  * &amp;lt;attribute name="id" use="required"
  48  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  49  * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  50  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
  51  *
  52  *
  53  */
  54 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  55 @XmlType(
  56   name = "MatrixType",
  57   propOrder =
  58   { "elements", "groups", "newick", "property" })
  59 public class MatrixType
  60 {
  61
  62   @XmlElement(required = true)
  63   protected String elements;
  64
  65   protected List<String> groups;
  66
  67   protected List<String> newick;
  68
  69   protected List<Property> property;
  70
  71   @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  72   protected String type;
  73
  74   @XmlAttribute(name = "rows", required = true)
  75   protected BigInteger rows;
  76
  77   @XmlAttribute(name = "cols", required = true)
  78   protected BigInteger cols;
  79
  80   @XmlAttribute(name = "treeMethod")
  81   protected String treeMethod;
  82
  83   @XmlAttribute(name = "cutHeight")
  84   protected Double cutHeight;
  85
  86   @XmlAttribute(name = "id", required = true)
  87   protected String id;
  88
  89   /**
  90    * Gets the value of the elements property.
  91    *
  92    * @return possible object is {@link String }
  93    *
  94    */
  95   public String getElements()
  96   {
  97     return elements;
  98   }
  99
 100   /**
 101    * Sets the value of the elements property.
 102    *
 103    * @param value
 104    *          allowed object is {@link String }
 105    *
 106    */
 107   public void setElements(String value)
 108   {
 109     this.elements = value;
 110   }
 111
 112   /**
 113    * Gets the value of the groups property.
 114    *
 115    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
 116    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
 117    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
 118    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the groups property.
 119    *
 120    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
 121    * getGroups().add(newItem); &lt;/pre&gt;
 122    *
 123    *
 124    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
 125    * {@link String }
 126    *
 127    *
 128    */
 129   public List<String> getGroups()
 130   {
 131     if (groups == null)
 132     {
 133       groups = new ArrayList<String>();
 134     }
 135     return this.groups;
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Gets the value of the newick property.
 140    *
 141    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
 142    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
 143    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
 144    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the newick property.
 145    *
 146    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
 147    * getNewick().add(newItem); &lt;/pre&gt;
 148    *
 149    *
 150    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
 151    * {@link String }
 152    *
 153    *
 154    */
 155   public List<String> getNewick()
 156   {
 157     if (newick == null)
 158     {
 159       newick = new ArrayList<String>();
 160     }
 161     return this.newick;
 162   }
 163
 164   /**
 165    * Gets the value of the property property.
 166    *
 167    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
 168    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
 169    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
 170    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the property property.
 171    *
 172    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
 173    * getProperty().add(newItem); &lt;/pre&gt;
 174    *
 175    *
 176    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
 177    * {@link Property }
 178    *
 179    *
 180    */
 181   public List<Property> getProperty()
 182   {
 183     if (property == null)
 184     {
 185       property = new ArrayList<Property>();
 186     }
 187     return this.property;
 188   }
 189
 190   /**
 191    * Gets the value of the type property.
 192    *
 193    * @return possible object is {@link String }
 194    *
 195    */
 196   public String getType()
 197   {
 198     return type;
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Sets the value of the type property.
 203    *
 204    * @param value
 205    *          allowed object is {@link String }
 206    *
 207    */
 208   public void setType(String value)
 209   {
 210     this.type = value;
 211   }
 212
 213   /**
 214    * Gets the value of the rows property.
 215    *
 216    * @return possible object is {@link BigInteger }
 217    *
 218    */
 219   public BigInteger getRows()
 220   {
 221     return rows;
 222   }
 223
 224   /**
 225    * Sets the value of the rows property.
 226    *
 227    * @param value
 228    *          allowed object is {@link BigInteger }
 229    *
 230    */
 231   public void setRows(BigInteger value)
 232   {
 233     this.rows = value;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Gets the value of the cols property.
 238    *
 239    * @return possible object is {@link BigInteger }
 240    *
 241    */
 242   public BigInteger getCols()
 243   {
 244     return cols;
 245   }
 246
 247   /**
 248    * Sets the value of the cols property.
 249    *
 250    * @param value
 251    *          allowed object is {@link BigInteger }
 252    *
 253    */
 254   public void setCols(BigInteger value)
 255   {
 256     this.cols = value;
 257   }
 258
 259   /**
 260    * Gets the value of the treeMethod property.
 261    *
 262    * @return possible object is {@link String }
 263    *
 264    */
 265   public String getTreeMethod()
 266   {
 267     return treeMethod;
 268   }
 269
 270   /**
 271    * Sets the value of the treeMethod property.
 272    *
 273    * @param value
 274    *          allowed object is {@link String }
 275    *
 276    */
 277   public void setTreeMethod(String value)
 278   {
 279     this.treeMethod = value;
 280   }
 281
 282   /**
 283    * Gets the value of the cutHeight property.
 284    *
 285    * @return possible object is {@link Double }
 286    *
 287    */
 288   public Double getCutHeight()
 289   {
 290     return cutHeight;
 291   }
 292
 293   /**
 294    * Sets the value of the cutHeight property.
 295    *
 296    * @param value
 297    *          allowed object is {@link Double }
 298    *
 299    */
 300   public void setCutHeight(Double value)
 301   {
 302     this.cutHeight = value;
 303   }
 304
 305   /**
 306    * Gets the value of the id property.
 307    *
 308    * @return possible object is {@link String }
 309    *
 310    */
 311   public String getId()
 312   {
 313     return id;
 314   }
 315
 316   /**
 317    * Sets the value of the id property.
 318    *
 319    * @param value
 320    *          allowed object is {@link String }
 321    *
 322    */
 323   public void setId(String value)
 324   {
 325     this.id = value;
 326   }
 327
 328 }