JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / ObjectFactory.java
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3 // See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
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5 // Generated on: 2021.08.30 at 11:05:22 AM BST 
6 //
7
8 package jalview.xml.binding.jalview;
9
10 import javax.xml.bind.JAXBElement;
11 import javax.xml.bind.annotation.XmlElementDecl;
12 import javax.xml.bind.annotation.XmlRegistry;
13 import javax.xml.namespace.QName;
14
15 /**
16  * This object contains factory methods for each Java content interface and Java
17  * element interface generated in the jalview.xml.binding.jalview package.
18  * <p>An ObjectFactory allows you to programatically construct new
19  * instances of the Java representation for XML content. The Java representation
20  * of XML content can consist of schema derived interfaces and classes
21  * representing the binding of schema type definitions, element declarations and
22  * model groups. Factory methods for each of these are provided in this class.
23  * 
24  */
25 @XmlRegistry
26 public class ObjectFactory
27 {
28
29   private final static QName _JalviewModel_QNAME = new QName(
30           "www.jalview.org", "JalviewModel");
31
32   private final static QName _JalviewUserColours_QNAME = new QName(
33           "www.jalview.org/colours", "JalviewUserColours");
34
35   private final static QName _WebServiceParameterSet_QNAME = new QName(
36           "www.jalview.org/xml/wsparamset", "WebServiceParameterSet");
37
38   /**
39    * Create a new ObjectFactory that can be used to create new instances of
40    * schema derived classes for package: jalview.xml.binding.jalview
41    * 
42    */
43   public ObjectFactory()
44   {
45   }
46
47   /**
48    * Create an instance of {@link MapListType }
49    * 
50    */
51   public MapListType createMapListType()
52   {
53     return new MapListType();
54   }
55
56   /**
57    * Create an instance of {@link Sequence }
58    * 
59    */
60   public Sequence createSequence()
61   {
62     return new Sequence();
63   }
64
65   /**
66    * Create an instance of {@link AlcodonFrame }
67    * 
68    */
69   public AlcodonFrame createAlcodonFrame()
70   {
71     return new AlcodonFrame();
72   }
73
74   /**
75    * Create an instance of {@link Annotation }
76    * 
77    */
78   public Annotation createAnnotation()
79   {
80     return new Annotation();
81   }
82
83   /**
84    * Create an instance of {@link SequenceSet }
85    * 
86    */
87   public SequenceSet createSequenceSet()
88   {
89     return new SequenceSet();
90   }
91
92   /**
93    * Create an instance of {@link FeatureMatcherSet }
94    * 
95    */
96   public FeatureMatcherSet createFeatureMatcherSet()
97   {
98     return new FeatureMatcherSet();
99   }
100
101   /**
102    * Create an instance of {@link JalviewUserColours }
103    * 
104    */
105   public JalviewUserColours createJalviewUserColours()
106   {
107     return new JalviewUserColours();
108   }
109
110   /**
111    * Create an instance of {@link Pdbentry }
112    * 
113    */
114   public Pdbentry createPdbentry()
115   {
116     return new Pdbentry();
117   }
118
119   /**
120    * Create an instance of {@link Feature }
121    * 
122    */
123   public Feature createFeature()
124   {
125     return new Feature();
126   }
127
128   /**
129    * Create an instance of {@link JalviewModel }
130    * 
131    */
132   public JalviewModel createJalviewModel()
133   {
134     return new JalviewModel();
135   }
136
137   /**
138    * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings }
139    * 
140    */
141   public JalviewModel.FeatureSettings createJalviewModelFeatureSettings()
142   {
143     return new JalviewModel.FeatureSettings();
144   }
145
146   /**
147    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer }
148    * 
149    */
150   public JalviewModel.PcaViewer createJalviewModelPcaViewer()
151   {
152     return new JalviewModel.PcaViewer();
153   }
154
155   /**
156    * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport }
157    * 
158    */
159   public JalviewModel.Viewport createJalviewModelViewport()
160   {
161     return new JalviewModel.Viewport();
162   }
163
164   /**
165    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq }
166    * 
167    */
168   public JalviewModel.JSeq createJalviewModelJSeq()
169   {
170     return new JalviewModel.JSeq();
171   }
172
173   /**
174    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer }
175    * 
176    */
177   public JalviewModel.JSeq.RnaViewer createJalviewModelJSeqRnaViewer()
178   {
179     return new JalviewModel.JSeq.RnaViewer();
180   }
181
182   /**
183    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids }
184    * 
185    */
186   public JalviewModel.JSeq.Pdbids createJalviewModelJSeqPdbids()
187   {
188     return new JalviewModel.JSeq.Pdbids();
189   }
190
191   /**
192    * Create an instance of {@link AnnotationColourScheme }
193    * 
194    */
195   public AnnotationColourScheme createAnnotationColourScheme()
196   {
197     return new AnnotationColourScheme();
198   }
199
200   /**
201    * Create an instance of {@link PcaDataType }
202    * 
203    */
204   public PcaDataType createPcaDataType()
205   {
206     return new PcaDataType();
207   }
208
209   /**
210    * Create an instance of {@link DoubleVector }
211    * 
212    */
213   public DoubleVector createDoubleVector()
214   {
215     return new DoubleVector();
216   }
217
218   /**
219    * Create an instance of {@link DoubleMatrix }
220    * 
221    */
222   public DoubleMatrix createDoubleMatrix()
223   {
224     return new DoubleMatrix();
225   }
226
227   /**
228    * Create an instance of {@link Mapping }
229    * 
230    */
231   public Mapping createMapping()
232   {
233     return new Mapping();
234   }
235
236   /**
237    * Create an instance of {@link MapListType.MapListFrom }
238    * 
239    */
240   public MapListType.MapListFrom createMapListTypeMapListFrom()
241   {
242     return new MapListType.MapListFrom();
243   }
244
245   /**
246    * Create an instance of {@link MapListType.MapListTo }
247    * 
248    */
249   public MapListType.MapListTo createMapListTypeMapListTo()
250   {
251     return new MapListType.MapListTo();
252   }
253
254   /**
255    * Create an instance of {@link SequenceType }
256    * 
257    */
258   public SequenceType createSequenceType()
259   {
260     return new SequenceType();
261   }
262
263   /**
264    * Create an instance of {@link Sequence.DBRef }
265    * 
266    */
267   public Sequence.DBRef createSequenceDBRef()
268   {
269     return new Sequence.DBRef();
270   }
271
272   /**
273    * Create an instance of {@link AlcodonFrame.Alcodon }
274    * 
275    */
276   public AlcodonFrame.Alcodon createAlcodonFrameAlcodon()
277   {
278     return new AlcodonFrame.Alcodon();
279   }
280
281   /**
282    * Create an instance of {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
283    * 
284    */
285   public AlcodonFrame.AlcodMap createAlcodonFrameAlcodMap()
286   {
287     return new AlcodonFrame.AlcodMap();
288   }
289
290   /**
291    * Create an instance of {@link AnnotationElement }
292    * 
293    */
294   public AnnotationElement createAnnotationElement()
295   {
296     return new AnnotationElement();
297   }
298
299   /**
300    * Create an instance of {@link Annotation.ThresholdLine }
301    * 
302    */
303   public Annotation.ThresholdLine createAnnotationThresholdLine()
304   {
305     return new Annotation.ThresholdLine();
306   }
307
308   /**
309    * Create an instance of {@link Annotation.Property }
310    * 
311    */
312   public Annotation.Property createAnnotationProperty()
313   {
314     return new Annotation.Property();
315   }
316
317   /**
318    * Create an instance of {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
319    * 
320    */
321   public SequenceSet.SequenceSetProperties createSequenceSetSequenceSetProperties()
322   {
323     return new SequenceSet.SequenceSetProperties();
324   }
325
326   /**
327    * Create an instance of {@link VAMSAS }
328    * 
329    */
330   public VAMSAS createVAMSAS()
331   {
332     return new VAMSAS();
333   }
334
335   /**
336    * Create an instance of {@link FeatureMatcher }
337    * 
338    */
339   public FeatureMatcher createFeatureMatcher()
340   {
341     return new FeatureMatcher();
342   }
343
344   /**
345    * Create an instance of {@link WebServiceParameterSet }
346    * 
347    */
348   public WebServiceParameterSet createWebServiceParameterSet()
349   {
350     return new WebServiceParameterSet();
351   }
352
353   /**
354    * Create an instance of {@link FeatureMatcherSet.CompoundMatcher }
355    * 
356    */
357   public FeatureMatcherSet.CompoundMatcher createFeatureMatcherSetCompoundMatcher()
358   {
359     return new FeatureMatcherSet.CompoundMatcher();
360   }
361
362   /**
363    * Create an instance of {@link JalviewUserColours.Colour }
364    * 
365    */
366   public JalviewUserColours.Colour createJalviewUserColoursColour()
367   {
368     return new JalviewUserColours.Colour();
369   }
370
371   /**
372    * Create an instance of {@link JalviewUserColours.Filter }
373    * 
374    */
375   public JalviewUserColours.Filter createJalviewUserColoursFilter()
376   {
377     return new JalviewUserColours.Filter();
378   }
379
380   /**
381    * Create an instance of {@link Pdbentry.Property }
382    * 
383    */
384   public Pdbentry.Property createPdbentryProperty()
385   {
386     return new Pdbentry.Property();
387   }
388
389   /**
390    * Create an instance of {@link Feature.OtherData }
391    * 
392    */
393   public Feature.OtherData createFeatureOtherData()
394   {
395     return new Feature.OtherData();
396   }
397
398   /**
399    * Create an instance of {@link JalviewModel.JGroup }
400    * 
401    */
402   public JalviewModel.JGroup createJalviewModelJGroup()
403   {
404     return new JalviewModel.JGroup();
405   }
406
407   /**
408    * Create an instance of {@link JalviewModel.UserColours }
409    * 
410    */
411   public JalviewModel.UserColours createJalviewModelUserColours()
412   {
413     return new JalviewModel.UserColours();
414   }
415
416   /**
417    * Create an instance of {@link JalviewModel.Tree }
418    * 
419    */
420   public JalviewModel.Tree createJalviewModelTree()
421   {
422     return new JalviewModel.Tree();
423   }
424
425   /**
426    * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings.Setting }
427    * 
428    */
429   public JalviewModel.FeatureSettings.Setting createJalviewModelFeatureSettingsSetting()
430   {
431     return new JalviewModel.FeatureSettings.Setting();
432   }
433
434   /**
435    * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings.Group }
436    * 
437    */
438   public JalviewModel.FeatureSettings.Group createJalviewModelFeatureSettingsGroup()
439   {
440     return new JalviewModel.FeatureSettings.Group();
441   }
442
443   /**
444    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint }
445    * 
446    */
447   public JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint createJalviewModelPcaViewerSequencePoint()
448   {
449     return new JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint();
450   }
451
452   /**
453    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.Axis }
454    * 
455    */
456   public JalviewModel.PcaViewer.Axis createJalviewModelPcaViewerAxis()
457   {
458     return new JalviewModel.PcaViewer.Axis();
459   }
460
461   /**
462    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin }
463    * 
464    */
465   public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin createJalviewModelPcaViewerSeqPointMin()
466   {
467     return new JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin();
468   }
469
470   /**
471    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax }
472    * 
473    */
474   public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax createJalviewModelPcaViewerSeqPointMax()
475   {
476     return new JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax();
477   }
478
479   /**
480    * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.HiddenColumns }
481    * 
482    */
483   public JalviewModel.Viewport.HiddenColumns createJalviewModelViewportHiddenColumns()
484   {
485     return new JalviewModel.Viewport.HiddenColumns();
486   }
487
488   /**
489    * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.CalcIdParam }
490    * 
491    */
492   public JalviewModel.Viewport.CalcIdParam createJalviewModelViewportCalcIdParam()
493   {
494     return new JalviewModel.Viewport.CalcIdParam();
495   }
496
497   /**
498    * Create an instance of
499    * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure }
500    * 
501    */
502   public JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure createJalviewModelJSeqRnaViewerSecondaryStructure()
503   {
504     return new JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure();
505   }
506
507   /**
508    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState }
509    * 
510    */
511   public JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState createJalviewModelJSeqPdbidsStructureState()
512   {
513     return new JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState();
514   }
515
516   /**
517    * Create an instance of {@link JAXBElement }{@code <}{@link JalviewModel
518    * }{@code >}
519    * 
520    * @param value
521    *          Java instance representing xml element's value.
522    * @return the new instance of {@link JAXBElement
523    *         }{@code <}{@link JalviewModel }{@code >}
524    */
525   @XmlElementDecl(namespace = "www.jalview.org", name = "JalviewModel")
526   public JAXBElement<JalviewModel> createJalviewModel(JalviewModel value)
527   {
528     return new JAXBElement<JalviewModel>(_JalviewModel_QNAME,
529             JalviewModel.class, null, value);
530   }
531
532   /**
533    * Create an instance of {@link JAXBElement
534    * }{@code <}{@link JalviewUserColours }{@code >}
535    * 
536    * @param value
537    *          Java instance representing xml element's value.
538    * @return the new instance of {@link JAXBElement
539    *         }{@code <}{@link JalviewUserColours }{@code >}
540    */
541   @XmlElementDecl(
542     namespace = "www.jalview.org/colours",
543     name = "JalviewUserColours")
544   public JAXBElement<JalviewUserColours> createJalviewUserColours(
545           JalviewUserColours value)
546   {
547     return new JAXBElement<JalviewUserColours>(_JalviewUserColours_QNAME,
548             JalviewUserColours.class, null, value);
549   }
550
551   /**
552    * Create an instance of {@link JAXBElement
553    * }{@code <}{@link WebServiceParameterSet }{@code >}
554    * 
555    * @param value
556    *          Java instance representing xml element's value.
557    * @return the new instance of {@link JAXBElement
558    *         }{@code <}{@link WebServiceParameterSet }{@code >}
559    */
560   @XmlElementDecl(
561     namespace = "www.jalview.org/xml/wsparamset",
562     name = "WebServiceParameterSet")
563   public JAXBElement<WebServiceParameterSet> createWebServiceParameterSet(
564           WebServiceParameterSet value)
565   {
566     return new JAXBElement<WebServiceParameterSet>(
567             _WebServiceParameterSet_QNAME, WebServiceParameterSet.class,
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570
571 }