src/jalview/xml/binding/jalview/ObjectFactory.java

   1 //
   2 // This file was generated by the JavaTM Architecture for XML Binding(JAXB) Reference Implementation, v2.2.8-b130911.1802
   3 // See <a href="http://java.sun.com/xml/jaxb">http://java.sun.com/xml/jaxb</a>
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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import javax.xml.bind.JAXBElement;
  11 import javax.xml.bind.annotation.XmlElementDecl;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlRegistry;
  13 import javax.xml.namespace.QName;
  14
  15 /**
  16  * This object contains factory methods for each Java content interface and Java
  17  * element interface generated in the jalview.xml.binding.jalview package.
  18  * <p>
  19  * An ObjectFactory allows you to programatically construct new instances of the
  20  * Java representation for XML content. The Java representation of XML content
  21  * can consist of schema derived interfaces and classes representing the binding
  22  * of schema type definitions, element declarations and model groups. Factory
  23  * methods for each of these are provided in this class.
  24  *
  25  */
  26 @XmlRegistry
  27 public class ObjectFactory
  28 {
  29
  30   private final static QName _WebServiceParameterSet_QNAME = new QName(
  31           "www.jalview.org/xml/wsparamset", "WebServiceParameterSet");
  32
  33   private final static QName _JalviewModel_QNAME = new QName(
  34           "www.jalview.org", "JalviewModel");
  35
  36   private final static QName _JalviewUserColours_QNAME = new QName(
  37           "www.jalview.org/colours", "JalviewUserColours");
  38
  39   /**
  40    * Create a new ObjectFactory that can be used to create new instances of
  41    * schema derived classes for package: jalview.xml.binding.jalview
  42    *
  43    */
  44   public ObjectFactory()
  45   {
  46   }
  47
  48   /**
  49    * Create an instance of {@link AlcodonFrame }
  50    *
  51    */
  52   public AlcodonFrame createAlcodonFrame()
  53   {
  54     return new AlcodonFrame();
  55   }
  56
  57   /**
  58    * Create an instance of {@link MapListType }
  59    *
  60    */
  61   public MapListType createMapListType()
  62   {
  63     return new MapListType();
  64   }
  65
  66   /**
  67    * Create an instance of {@link Sequence }
  68    *
  69    */
  70   public Sequence createSequence()
  71   {
  72     return new Sequence();
  73   }
  74
  75   /**
  76    * Create an instance of {@link Annotation }
  77    *
  78    */
  79   public Annotation createAnnotation()
  80   {
  81     return new Annotation();
  82   }
  83
  84   /**
  85    * Create an instance of {@link SequenceSet }
  86    *
  87    */
  88   public SequenceSet createSequenceSet()
  89   {
  90     return new SequenceSet();
  91   }
  92
  93   /**
  94    * Create an instance of {@link FeatureMatcherSet }
  95    *
  96    */
  97   public FeatureMatcherSet createFeatureMatcherSet()
  98   {
  99     return new FeatureMatcherSet();
 100   }
 101
 102   /**
 103    * Create an instance of {@link JalviewUserColours }
 104    *
 105    */
 106   public JalviewUserColours createJalviewUserColours()
 107   {
 108     return new JalviewUserColours();
 109   }
 110
 111   /**
 112    * Create an instance of {@link Pdbentry }
 113    *
 114    */
 115   public Pdbentry createPdbentry()
 116   {
 117     return new Pdbentry();
 118   }
 119
 120   /**
 121    * Create an instance of {@link Feature }
 122    *
 123    */
 124   public Feature createFeature()
 125   {
 126     return new Feature();
 127   }
 128
 129   /**
 130    * Create an instance of {@link JalviewModel }
 131    *
 132    */
 133   public JalviewModel createJalviewModel()
 134   {
 135     return new JalviewModel();
 136   }
 137
 138   /**
 139    * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings }
 140    *
 141    */
 142   public JalviewModel.FeatureSettings createJalviewModelFeatureSettings()
 143   {
 144     return new JalviewModel.FeatureSettings();
 145   }
 146
 147   /**
 148    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer }
 149    *
 150    */
 151   public JalviewModel.PcaViewer createJalviewModelPcaViewer()
 152   {
 153     return new JalviewModel.PcaViewer();
 154   }
 155
 156   /**
 157    * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport }
 158    *
 159    */
 160   public JalviewModel.Viewport createJalviewModelViewport()
 161   {
 162     return new JalviewModel.Viewport();
 163   }
 164
 165   /**
 166    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq }
 167    *
 168    */
 169   public JalviewModel.JSeq createJalviewModelJSeq()
 170   {
 171     return new JalviewModel.JSeq();
 172   }
 173
 174   /**
 175    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer }
 176    *
 177    */
 178   public JalviewModel.JSeq.RnaViewer createJalviewModelJSeqRnaViewer()
 179   {
 180     return new JalviewModel.JSeq.RnaViewer();
 181   }
 182
 183   /**
 184    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids }
 185    *
 186    */
 187   public JalviewModel.JSeq.Pdbids createJalviewModelJSeqPdbids()
 188   {
 189     return new JalviewModel.JSeq.Pdbids();
 190   }
 191
 192   /**
 193    * Create an instance of {@link DoubleMatrix }
 194    *
 195    */
 196   public DoubleMatrix createDoubleMatrix()
 197   {
 198     return new DoubleMatrix();
 199   }
 200
 201   /**
 202    * Create an instance of {@link AnnotationColourScheme }
 203    *
 204    */
 205   public AnnotationColourScheme createAnnotationColourScheme()
 206   {
 207     return new AnnotationColourScheme();
 208   }
 209
 210   /**
 211    * Create an instance of {@link PcaDataType }
 212    *
 213    */
 214   public PcaDataType createPcaDataType()
 215   {
 216     return new PcaDataType();
 217   }
 218
 219   /**
 220    * Create an instance of {@link DoubleVector }
 221    *
 222    */
 223   public DoubleVector createDoubleVector()
 224   {
 225     return new DoubleVector();
 226   }
 227
 228   /**
 229    * Create an instance of {@link AlcodonFrame.Alcodon }
 230    *
 231    */
 232   public AlcodonFrame.Alcodon createAlcodonFrameAlcodon()
 233   {
 234     return new AlcodonFrame.Alcodon();
 235   }
 236
 237   /**
 238    * Create an instance of {@link AlcodonFrame.AlcodMap }
 239    *
 240    */
 241   public AlcodonFrame.AlcodMap createAlcodonFrameAlcodMap()
 242   {
 243     return new AlcodonFrame.AlcodMap();
 244   }
 245
 246   /**
 247    * Create an instance of {@link AnnotationElement }
 248    *
 249    */
 250   public AnnotationElement createAnnotationElement()
 251   {
 252     return new AnnotationElement();
 253   }
 254
 255   /**
 256    * Create an instance of {@link Mapping }
 257    *
 258    */
 259   public Mapping createMapping()
 260   {
 261     return new Mapping();
 262   }
 263
 264   /**
 265    * Create an instance of {@link MapListType.MapListFrom }
 266    *
 267    */
 268   public MapListType.MapListFrom createMapListTypeMapListFrom()
 269   {
 270     return new MapListType.MapListFrom();
 271   }
 272
 273   /**
 274    * Create an instance of {@link MapListType.MapListTo }
 275    *
 276    */
 277   public MapListType.MapListTo createMapListTypeMapListTo()
 278   {
 279     return new MapListType.MapListTo();
 280   }
 281
 282   /**
 283    * Create an instance of {@link SequenceType }
 284    *
 285    */
 286   public SequenceType createSequenceType()
 287   {
 288     return new SequenceType();
 289   }
 290
 291   /**
 292    * Create an instance of {@link Sequence.DBRef }
 293    *
 294    */
 295   public Sequence.DBRef createSequenceDBRef()
 296   {
 297     return new Sequence.DBRef();
 298   }
 299
 300   /**
 301    * Create an instance of {@link Annotation.ThresholdLine }
 302    *
 303    */
 304   public Annotation.ThresholdLine createAnnotationThresholdLine()
 305   {
 306     return new Annotation.ThresholdLine();
 307   }
 308
 309   /**
 310    * Create an instance of {@link MatrixType }
 311    *
 312    */
 313   public MatrixType createMatrixType()
 314   {
 315     return new MatrixType();
 316   }
 317
 318   /**
 319    * Create an instance of {@link jalview.xml.binding.jalview.Property }
 320    *
 321    */
 322   public jalview.xml.binding.jalview.Property createProperty()
 323   {
 324     return new jalview.xml.binding.jalview.Property();
 325   }
 326
 327   /**
 328    * Create an instance of {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
 329    *
 330    */
 331   public SequenceSet.SequenceSetProperties createSequenceSetSequenceSetProperties()
 332   {
 333     return new SequenceSet.SequenceSetProperties();
 334   }
 335
 336   /**
 337    * Create an instance of {@link VAMSAS }
 338    *
 339    */
 340   public VAMSAS createVAMSAS()
 341   {
 342     return new VAMSAS();
 343   }
 344
 345   /**
 346    * Create an instance of {@link FeatureMatcher }
 347    *
 348    */
 349   public FeatureMatcher createFeatureMatcher()
 350   {
 351     return new FeatureMatcher();
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Create an instance of {@link WebServiceParameterSet }
 356    *
 357    */
 358   public WebServiceParameterSet createWebServiceParameterSet()
 359   {
 360     return new WebServiceParameterSet();
 361   }
 362
 363   /**
 364    * Create an instance of {@link FeatureMatcherSet.CompoundMatcher }
 365    *
 366    */
 367   public FeatureMatcherSet.CompoundMatcher createFeatureMatcherSetCompoundMatcher()
 368   {
 369     return new FeatureMatcherSet.CompoundMatcher();
 370   }
 371
 372   /**
 373    * Create an instance of {@link JalviewUserColours.Colour }
 374    *
 375    */
 376   public JalviewUserColours.Colour createJalviewUserColoursColour()
 377   {
 378     return new JalviewUserColours.Colour();
 379   }
 380
 381   /**
 382    * Create an instance of {@link JalviewUserColours.Filter }
 383    *
 384    */
 385   public JalviewUserColours.Filter createJalviewUserColoursFilter()
 386   {
 387     return new JalviewUserColours.Filter();
 388   }
 389
 390   /**
 391    * Create an instance of {@link Pdbentry.Property }
 392    *
 393    */
 394   public Pdbentry.Property createPdbentryProperty()
 395   {
 396     return new Pdbentry.Property();
 397   }
 398
 399   /**
 400    * Create an instance of {@link Feature.OtherData }
 401    *
 402    */
 403   public Feature.OtherData createFeatureOtherData()
 404   {
 405     return new Feature.OtherData();
 406   }
 407
 408   /**
 409    * Create an instance of {@link JalviewModel.JGroup }
 410    *
 411    */
 412   public JalviewModel.JGroup createJalviewModelJGroup()
 413   {
 414     return new JalviewModel.JGroup();
 415   }
 416
 417   /**
 418    * Create an instance of {@link JalviewModel.UserColours }
 419    *
 420    */
 421   public JalviewModel.UserColours createJalviewModelUserColours()
 422   {
 423     return new JalviewModel.UserColours();
 424   }
 425
 426   /**
 427    * Create an instance of {@link JalviewModel.Tree }
 428    *
 429    */
 430   public JalviewModel.Tree createJalviewModelTree()
 431   {
 432     return new JalviewModel.Tree();
 433   }
 434
 435   /**
 436    * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings.Setting }
 437    *
 438    */
 439   public JalviewModel.FeatureSettings.Setting createJalviewModelFeatureSettingsSetting()
 440   {
 441     return new JalviewModel.FeatureSettings.Setting();
 442   }
 443
 444   /**
 445    * Create an instance of {@link JalviewModel.FeatureSettings.Group }
 446    *
 447    */
 448   public JalviewModel.FeatureSettings.Group createJalviewModelFeatureSettingsGroup()
 449   {
 450     return new JalviewModel.FeatureSettings.Group();
 451   }
 452
 453   /**
 454    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint }
 455    *
 456    */
 457   public JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint createJalviewModelPcaViewerSequencePoint()
 458   {
 459     return new JalviewModel.PcaViewer.SequencePoint();
 460   }
 461
 462   /**
 463    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.Axis }
 464    *
 465    */
 466   public JalviewModel.PcaViewer.Axis createJalviewModelPcaViewerAxis()
 467   {
 468     return new JalviewModel.PcaViewer.Axis();
 469   }
 470
 471   /**
 472    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin }
 473    *
 474    */
 475   public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin createJalviewModelPcaViewerSeqPointMin()
 476   {
 477     return new JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMin();
 478   }
 479
 480   /**
 481    * Create an instance of {@link JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax }
 482    *
 483    */
 484   public JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax createJalviewModelPcaViewerSeqPointMax()
 485   {
 486     return new JalviewModel.PcaViewer.SeqPointMax();
 487   }
 488
 489   /**
 490    * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.HiddenColumns }
 491    *
 492    */
 493   public JalviewModel.Viewport.HiddenColumns createJalviewModelViewportHiddenColumns()
 494   {
 495     return new JalviewModel.Viewport.HiddenColumns();
 496   }
 497
 498   /**
 499    * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.CalcIdParam }
 500    *
 501    */
 502   public JalviewModel.Viewport.CalcIdParam createJalviewModelViewportCalcIdParam()
 503   {
 504     return new JalviewModel.Viewport.CalcIdParam();
 505   }
 506
 507   /**
 508    * Create an instance of {@link JalviewModel.Viewport.Overview }
 509    *
 510    */
 511   public JalviewModel.Viewport.Overview createJalviewModelViewportOverview()
 512   {
 513     return new JalviewModel.Viewport.Overview();
 514   }
 515
 516   /**
 517    * Create an instance of
 518    * {@link JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure }
 519    *
 520    */
 521   public JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure createJalviewModelJSeqRnaViewerSecondaryStructure()
 522   {
 523     return new JalviewModel.JSeq.RnaViewer.SecondaryStructure();
 524   }
 525
 526   /**
 527    * Create an instance of {@link JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState }
 528    *
 529    */
 530   public JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState createJalviewModelJSeqPdbidsStructureState()
 531   {
 532     return new JalviewModel.JSeq.Pdbids.StructureState();
 533   }
 534
 535   /**
 536    * Create an instance of {@link JAXBElement
 537    * }{@code <}{@link WebServiceParameterSet }{@code >}}
 538    *
 539    */
 540   @XmlElementDecl(
 541     namespace = "www.jalview.org/xml/wsparamset",
 542     name = "WebServiceParameterSet")
 543   public JAXBElement<WebServiceParameterSet> createWebServiceParameterSet(
 544           WebServiceParameterSet value)
 545   {
 546     return new JAXBElement<WebServiceParameterSet>(
 547             _WebServiceParameterSet_QNAME, WebServiceParameterSet.class,
 548             null, value);
 549   }
 550
 551   /**
 552    * Create an instance of {@link JAXBElement }{@code <}{@link JalviewModel
 553    * }{@code >}}
 554    *
 555    */
 556   @XmlElementDecl(namespace = "www.jalview.org", name = "JalviewModel")
 557   public JAXBElement<JalviewModel> createJalviewModel(JalviewModel value)
 558   {
 559     return new JAXBElement<JalviewModel>(_JalviewModel_QNAME,
 560             JalviewModel.class, null, value);
 561   }
 562
 563   /**
 564    * Create an instance of {@link JAXBElement
 565    * }{@code <}{@link JalviewUserColours }{@code >}}
 566    *
 567    */
 568   @XmlElementDecl(
 569     namespace = "www.jalview.org/colours",
 570     name = "JalviewUserColours")
 571   public JAXBElement<JalviewUserColours> createJalviewUserColours(
 572           JalviewUserColours value)
 573   {
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