src/jalview/xml/binding/jalview/Sequence.java

   1 //
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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18
  19 /**
  20  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  21  *
  22  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
  23  * contained within this class.
  24  *
  25  * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  26  * &amp;lt;extension
  27  * base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}SequenceType"&amp;gt;
  28  * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element name="DBRef" maxOccurs="unbounded"
  29  * minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
  30  * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
  31  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  32  * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
  33  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/&amp;gt;
  34  * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="source"
  35  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
  36  * name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  37  * &amp;lt;attribute name="accessionId"
  38  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
  39  * name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false"
  40  * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="canonical"
  41  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
  42  * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  43  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt;
  44  * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="dsseqid"
  45  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
  46  * name="biotype" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  47  * &amp;lt;/extension&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  48  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
  49  *
  50  *
  51  */
  52 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  53 @XmlType(name = "", propOrder = { "dbRef" })
  54 @XmlRootElement(name = "Sequence")
  55 public class Sequence extends SequenceType
  56 {
  57
  58   @XmlElement(name = "DBRef")
  59   protected List<Sequence.DBRef> dbRef;
  60
  61   @XmlAttribute(name = "dsseqid")
  62   protected String dsseqid;
  63
  64   @XmlAttribute(name = "biotype")
  65   protected String biotype;
  66
  67   /**
  68    * Gets the value of the dbRef property.
  69    *
  70    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
  71    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
  72    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
  73    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the dbRef property.
  74    *
  75    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
  76    * getDBRef().add(newItem); &lt;/pre&gt;
  77    *
  78    *
  79    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
  80    * {@link Sequence.DBRef }
  81    *
  82    *
  83    */
  84   public List<Sequence.DBRef> getDBRef()
  85   {
  86     if (dbRef == null)
  87     {
  88       dbRef = new ArrayList<Sequence.DBRef>();
  89     }
  90     return this.dbRef;
  91   }
  92
  93   /**
  94    * Gets the value of the dsseqid property.
  95    *
  96    * @return possible object is {@link String }
  97    *
  98    */
  99   public String getDsseqid()
 100   {
 101     return dsseqid;
 102   }
 103
 104   /**
 105    * Sets the value of the dsseqid property.
 106    *
 107    * @param value
 108    *          allowed object is {@link String }
 109    *
 110    */
 111   public void setDsseqid(String value)
 112   {
 113     this.dsseqid = value;
 114   }
 115
 116   /**
 117    * Gets the value of the biotype property.
 118    *
 119    * @return possible object is {@link String }
 120    *
 121    */
 122   public String getBiotype()
 123   {
 124     return biotype;
 125   }
 126
 127   /**
 128    * Sets the value of the biotype property.
 129    *
 130    * @param value
 131    *          allowed object is {@link String }
 132    *
 133    */
 134   public void setBiotype(String value)
 135   {
 136     this.biotype = value;
 137   }
 138
 139   /**
 140    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 141    *
 142    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
 143    * contained within this class.
 144    *
 145    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 146    * &amp;lt;restriction
 147    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
 148    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
 149    * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/&amp;gt;
 150    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="source"
 151    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
 152    * name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 153    * &amp;lt;attribute name="accessionId"
 154    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
 155    * name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
 156    * default="false" /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="canonical"
 157    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
 158    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 159    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
 160    *
 161    *
 162    */
 163   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 164   @XmlType(name = "", propOrder = { "mapping" })
 165   public static class DBRef
 166   {
 167
 168     @XmlElement(name = "Mapping")
 169     protected Mapping mapping;
 170
 171     @XmlAttribute(name = "source")
 172     protected String source;
 173
 174     @XmlAttribute(name = "version")
 175     protected String version;
 176
 177     @XmlAttribute(name = "accessionId")
 178     protected String accessionId;
 179
 180     @XmlAttribute(name = "locus")
 181     protected Boolean locus;
 182
 183     @XmlAttribute(name = "canonical")
 184     protected Boolean canonical;
 185
 186     /**
 187      * Gets the value of the mapping property.
 188      *
 189      * @return possible object is {@link Mapping }
 190      *
 191      */
 192     public Mapping getMapping()
 193     {
 194       return mapping;
 195     }
 196
 197     /**
 198      * Sets the value of the mapping property.
 199      *
 200      * @param value
 201      *          allowed object is {@link Mapping }
 202      *
 203      */
 204     public void setMapping(Mapping value)
 205     {
 206       this.mapping = value;
 207     }
 208
 209     /**
 210      * Gets the value of the source property.
 211      *
 212      * @return possible object is {@link String }
 213      *
 214      */
 215     public String getSource()
 216     {
 217       return source;
 218     }
 219
 220     /**
 221      * Sets the value of the source property.
 222      *
 223      * @param value
 224      *          allowed object is {@link String }
 225      *
 226      */
 227     public void setSource(String value)
 228     {
 229       this.source = value;
 230     }
 231
 232     /**
 233      * Gets the value of the version property.
 234      *
 235      * @return possible object is {@link String }
 236      *
 237      */
 238     public String getVersion()
 239     {
 240       return version;
 241     }
 242
 243     /**
 244      * Sets the value of the version property.
 245      *
 246      * @param value
 247      *          allowed object is {@link String }
 248      *
 249      */
 250     public void setVersion(String value)
 251     {
 252       this.version = value;
 253     }
 254
 255     /**
 256      * Gets the value of the accessionId property.
 257      *
 258      * @return possible object is {@link String }
 259      *
 260      */
 261     public String getAccessionId()
 262     {
 263       return accessionId;
 264     }
 265
 266     /**
 267      * Sets the value of the accessionId property.
 268      *
 269      * @param value
 270      *          allowed object is {@link String }
 271      *
 272      */
 273     public void setAccessionId(String value)
 274     {
 275       this.accessionId = value;
 276     }
 277
 278     /**
 279      * Gets the value of the locus property.
 280      *
 281      * @return possible object is {@link Boolean }
 282      *
 283      */
 284     public boolean isLocus()
 285     {
 286       if (locus == null)
 287       {
 288         return false;
 289       }
 290       else
 291       {
 292         return locus;
 293       }
 294     }
 295
 296     /**
 297      * Sets the value of the locus property.
 298      *
 299      * @param value
 300      *          allowed object is {@link Boolean }
 301      *
 302      */
 303     public void setLocus(Boolean value)
 304     {
 305       this.locus = value;
 306     }
 307
 308     /**
 309      * Gets the value of the canonical property.
 310      *
 311      * @return possible object is {@link Boolean }
 312      *
 313      */
 314     public boolean isCanonical()
 315     {
 316       if (canonical == null)
 317       {
 318         return false;
 319       }
 320       else
 321       {
 322         return canonical;
 323       }
 324     }
 325
 326     /**
 327      * Sets the value of the canonical property.
 328      *
 329      * @param value
 330      *          allowed object is {@link Boolean }
 331      *
 332      */
 333     public void setCanonical(Boolean value)
 334     {
 335       this.canonical = value;
 336     }
 337
 338   }
 339
 340 }