JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / Sequence.java
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3 // See https://eclipse-ee4j.github.io/jaxb-ri 
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6 //
7
8 package jalview.xml.binding.jalview;
9
10 import java.util.ArrayList;
11 import java.util.List;
12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
16 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
18
19 /**
20  * <p>Java class for anonymous complex type.
21  * 
22  * <p>The following schema fragment specifies the expected content
23  * contained within this class.
24  * 
25  * <pre> <complexType> <complexContent>
26  * <extension
27  * base="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}SequenceType">
28  * <sequence> <element name="DBRef" maxOccurs="unbounded"
29  * minOccurs="0"> <complexType>
30  * <complexContent> <restriction
31  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
32  * <sequence> <element
33  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/>
34  * </sequence> <attribute name="source"
35  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
36  * name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
37  * <attribute name="accessionId"
38  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
39  * name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false"
40  * /> <attribute name="canonical"
41  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" />
42  * </restriction> </complexContent>
43  * </complexType> </element>
44  * </sequence> <attribute name="dsseqid"
45  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /> <attribute
46  * name="biotype" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
47  * </extension> </complexContent>
48  * </complexType> </pre>
49  * 
50  * 
51  */
52 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
53 @XmlType(name = "", propOrder = { "dbRef" })
54 @XmlRootElement(name = "Sequence")
55 public class Sequence extends SequenceType
56 {
57
58   @XmlElement(name = "DBRef")
59   protected List<Sequence.DBRef> dbRef;
60
61   @XmlAttribute(name = "dsseqid")
62   protected String dsseqid;
63
64   @XmlAttribute(name = "biotype")
65   protected String biotype;
66
67   /**
68    * Gets the value of the dbRef property.
69    * 
70    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
71    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
72    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
73    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the dbRef property.
74    * 
75    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
76    * getDBRef().add(newItem); &lt;/pre&gt;
77    * 
78    * 
79    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
80    * {@link Sequence.DBRef }
81    * 
82    * 
83    */
84   public List<Sequence.DBRef> getDBRef()
85   {
86     if (dbRef == null)
87     {
88       dbRef = new ArrayList<Sequence.DBRef>();
89     }
90     return this.dbRef;
91   }
92
93   /**
94    * Gets the value of the dsseqid property.
95    * 
96    * @return possible object is {@link String }
97    * 
98    */
99   public String getDsseqid()
100   {
101     return dsseqid;
102   }
103
104   /**
105    * Sets the value of the dsseqid property.
106    * 
107    * @param value
108    *          allowed object is {@link String }
109    * 
110    */
111   public void setDsseqid(String value)
112   {
113     this.dsseqid = value;
114   }
115
116   /**
117    * Gets the value of the biotype property.
118    * 
119    * @return possible object is {@link String }
120    * 
121    */
122   public String getBiotype()
123   {
124     return biotype;
125   }
126
127   /**
128    * Sets the value of the biotype property.
129    * 
130    * @param value
131    *          allowed object is {@link String }
132    * 
133    */
134   public void setBiotype(String value)
135   {
136     this.biotype = value;
137   }
138
139   /**
140    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
141    * 
142    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
143    * contained within this class.
144    * 
145    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
146    * &amp;lt;restriction
147    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
148    * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
149    * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Mapping" minOccurs="0"/&amp;gt;
150    * &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute name="source"
151    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
152    * name="version" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
153    * &amp;lt;attribute name="accessionId"
154    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt; &amp;lt;attribute
155    * name="locus" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean"
156    * default="false" /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="canonical"
157    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}boolean" default="false" /&amp;gt;
158    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
159    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
160    * 
161    * 
162    */
163   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
164   @XmlType(name = "", propOrder = { "mapping" })
165   public static class DBRef
166   {
167
168     @XmlElement(name = "Mapping")
169     protected Mapping mapping;
170
171     @XmlAttribute(name = "source")
172     protected String source;
173
174     @XmlAttribute(name = "version")
175     protected String version;
176
177     @XmlAttribute(name = "accessionId")
178     protected String accessionId;
179
180     @XmlAttribute(name = "locus")
181     protected Boolean locus;
182
183     @XmlAttribute(name = "canonical")
184     protected Boolean canonical;
185
186     /**
187      * Gets the value of the mapping property.
188      * 
189      * @return possible object is {@link Mapping }
190      * 
191      */
192     public Mapping getMapping()
193     {
194       return mapping;
195     }
196
197     /**
198      * Sets the value of the mapping property.
199      * 
200      * @param value
201      *          allowed object is {@link Mapping }
202      * 
203      */
204     public void setMapping(Mapping value)
205     {
206       this.mapping = value;
207     }
208
209     /**
210      * Gets the value of the source property.
211      * 
212      * @return possible object is {@link String }
213      * 
214      */
215     public String getSource()
216     {
217       return source;
218     }
219
220     /**
221      * Sets the value of the source property.
222      * 
223      * @param value
224      *          allowed object is {@link String }
225      * 
226      */
227     public void setSource(String value)
228     {
229       this.source = value;
230     }
231
232     /**
233      * Gets the value of the version property.
234      * 
235      * @return possible object is {@link String }
236      * 
237      */
238     public String getVersion()
239     {
240       return version;
241     }
242
243     /**
244      * Sets the value of the version property.
245      * 
246      * @param value
247      *          allowed object is {@link String }
248      * 
249      */
250     public void setVersion(String value)
251     {
252       this.version = value;
253     }
254
255     /**
256      * Gets the value of the accessionId property.
257      * 
258      * @return possible object is {@link String }
259      * 
260      */
261     public String getAccessionId()
262     {
263       return accessionId;
264     }
265
266     /**
267      * Sets the value of the accessionId property.
268      * 
269      * @param value
270      *          allowed object is {@link String }
271      * 
272      */
273     public void setAccessionId(String value)
274     {
275       this.accessionId = value;
276     }
277
278     /**
279      * Gets the value of the locus property.
280      * 
281      * @return possible object is {@link Boolean }
282      * 
283      */
284     public boolean isLocus()
285     {
286       if (locus == null)
287       {
288         return false;
289       }
290       else
291       {
292         return locus;
293       }
294     }
295
296     /**
297      * Sets the value of the locus property.
298      * 
299      * @param value
300      *          allowed object is {@link Boolean }
301      * 
302      */
303     public void setLocus(Boolean value)
304     {
305       this.locus = value;
306     }
307
308     /**
309      * Gets the value of the canonical property.
310      * 
311      * @return possible object is {@link Boolean }
312      * 
313      */
314     public boolean isCanonical()
315     {
316       if (canonical == null)
317       {
318         return false;
319       }
320       else
321       {
322         return canonical;
323       }
324     }
325
326     /**
327      * Sets the value of the canonical property.
328      * 
329      * @param value
330      *          allowed object is {@link Boolean }
331      * 
332      */
333     public void setCanonical(Boolean value)
334     {
335       this.canonical = value;
336     }
337
338   }
339
340 }