src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java

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   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18
  19 /**
  20  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  21  *
  22  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
  23  * contained within this class.
  24  *
  25  * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  26  * &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  27  * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
  28  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence" maxOccurs="unbounded"
  29  * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element
  30  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Annotation" maxOccurs="unbounded"
  31  * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="sequenceSetProperties"
  32  * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
  33  * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
  34  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
  35  * name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  36  * &amp;lt;attribute name="value"
  37  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  38  * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  39  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
  40  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}AlcodonFrame" maxOccurs="unbounded"
  41  * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="Matrix"
  42  * type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}MatrixType" maxOccurs="unbounded"
  43  * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute
  44  * name="gapChar" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
  45  * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="datasetId"
  46  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  47  * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  48  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
  49  *
  50  *
  51  */
  52 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  53 @XmlType(
  54   name = "",
  55   propOrder =
  56   { "sequence", "annotation", "sequenceSetProperties", "alcodonFrame",
  57       "matrix" })
  58 @XmlRootElement(name = "SequenceSet")
  59 public class SequenceSet
  60 {
  61
  62   @XmlElement(name = "Sequence")
  63   protected List<Sequence> sequence;
  64
  65   @XmlElement(name = "Annotation")
  66   protected List<Annotation> annotation;
  67
  68   protected List<SequenceSet.SequenceSetProperties> sequenceSetProperties;
  69
  70   @XmlElement(name = "AlcodonFrame")
  71   protected List<AlcodonFrame> alcodonFrame;
  72
  73   @XmlElement(name = "Matrix")
  74   protected List<MatrixType> matrix;
  75
  76   @XmlAttribute(name = "gapChar", required = true)
  77   protected String gapChar;
  78
  79   @XmlAttribute(name = "datasetId")
  80   protected String datasetId;
  81
  82   /**
  83    * Gets the value of the sequence property.
  84    *
  85    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
  86    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
  87    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
  88    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequence property.
  89    *
  90    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
  91    * getSequence().add(newItem); &lt;/pre&gt;
  92    *
  93    *
  94    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
  95    * {@link Sequence }
  96    *
  97    *
  98    */
  99   public List<Sequence> getSequence()
 100   {
 101     if (sequence == null)
 102     {
 103       sequence = new ArrayList<Sequence>();
 104     }
 105     return this.sequence;
 106   }
 107
 108   /**
 109    * Gets the value of the annotation property.
 110    *
 111    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
 112    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
 113    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
 114    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the annotation property.
 115    *
 116    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
 117    * getAnnotation().add(newItem); &lt;/pre&gt;
 118    *
 119    *
 120    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
 121    * {@link Annotation }
 122    *
 123    *
 124    */
 125   public List<Annotation> getAnnotation()
 126   {
 127     if (annotation == null)
 128     {
 129       annotation = new ArrayList<Annotation>();
 130     }
 131     return this.annotation;
 132   }
 133
 134   /**
 135    * Gets the value of the sequenceSetProperties property.
 136    *
 137    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
 138    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
 139    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
 140    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequenceSetProperties property.
 141    *
 142    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
 143    * getSequenceSetProperties().add(newItem); &lt;/pre&gt;
 144    *
 145    *
 146    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
 147    * {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
 148    *
 149    *
 150    */
 151   public List<SequenceSet.SequenceSetProperties> getSequenceSetProperties()
 152   {
 153     if (sequenceSetProperties == null)
 154     {
 155       sequenceSetProperties = new ArrayList<SequenceSet.SequenceSetProperties>();
 156     }
 157     return this.sequenceSetProperties;
 158   }
 159
 160   /**
 161    * Gets the value of the alcodonFrame property.
 162    *
 163    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
 164    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
 165    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
 166    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodonFrame property.
 167    *
 168    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
 169    * getAlcodonFrame().add(newItem); &lt;/pre&gt;
 170    *
 171    *
 172    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
 173    * {@link AlcodonFrame }
 174    *
 175    *
 176    */
 177   public List<AlcodonFrame> getAlcodonFrame()
 178   {
 179     if (alcodonFrame == null)
 180     {
 181       alcodonFrame = new ArrayList<AlcodonFrame>();
 182     }
 183     return this.alcodonFrame;
 184   }
 185
 186   /**
 187    * Gets the value of the matrix property.
 188    *
 189    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
 190    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
 191    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
 192    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the matrix property.
 193    *
 194    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
 195    * getMatrix().add(newItem); &lt;/pre&gt;
 196    *
 197    *
 198    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
 199    * {@link MatrixType }
 200    *
 201    *
 202    */
 203   public List<MatrixType> getMatrix()
 204   {
 205     if (matrix == null)
 206     {
 207       matrix = new ArrayList<MatrixType>();
 208     }
 209     return this.matrix;
 210   }
 211
 212   /**
 213    * Gets the value of the gapChar property.
 214    *
 215    * @return possible object is {@link String }
 216    *
 217    */
 218   public String getGapChar()
 219   {
 220     return gapChar;
 221   }
 222
 223   /**
 224    * Sets the value of the gapChar property.
 225    *
 226    * @param value
 227    *          allowed object is {@link String }
 228    *
 229    */
 230   public void setGapChar(String value)
 231   {
 232     this.gapChar = value;
 233   }
 234
 235   /**
 236    * Gets the value of the datasetId property.
 237    *
 238    * @return possible object is {@link String }
 239    *
 240    */
 241   public String getDatasetId()
 242   {
 243     return datasetId;
 244   }
 245
 246   /**
 247    * Sets the value of the datasetId property.
 248    *
 249    * @param value
 250    *          allowed object is {@link String }
 251    *
 252    */
 253   public void setDatasetId(String value)
 254   {
 255     this.datasetId = value;
 256   }
 257
 258   /**
 259    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 260    *
 261    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
 262    * contained within this class.
 263    *
 264    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 265    * &amp;lt;restriction
 266    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
 267    * name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 268    * &amp;lt;attribute name="value"
 269    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 270    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 271    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
 272    *
 273    *
 274    */
 275   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 276   @XmlType(name = "")
 277   public static class SequenceSetProperties
 278   {
 279
 280     @XmlAttribute(name = "key")
 281     protected String key;
 282
 283     @XmlAttribute(name = "value")
 284     protected String value;
 285
 286     /**
 287      * Gets the value of the key property.
 288      *
 289      * @return possible object is {@link String }
 290      *
 291      */
 292     public String getKey()
 293     {
 294       return key;
 295     }
 296
 297     /**
 298      * Sets the value of the key property.
 299      *
 300      * @param value
 301      *          allowed object is {@link String }
 302      *
 303      */
 304     public void setKey(String value)
 305     {
 306       this.key = value;
 307     }
 308
 309     /**
 310      * Gets the value of the value property.
 311      *
 312      * @return possible object is {@link String }
 313      *
 314      */
 315     public String getValue()
 316     {
 317       return value;
 318     }
 319
 320     /**
 321      * Sets the value of the value property.
 322      *
 323      * @param value
 324      *          allowed object is {@link String }
 325      *
 326      */
 327     public void setValue(String value)
 328     {
 329       this.value = value;
 330     }
 331
 332   }
 333
 334 }