src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java

   1 //
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   6 //
   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.jalview;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  18 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  19
  20
  21 /**
  22  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  23  *
  24  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  25  *
  26  * &lt;pre&gt;
  27  * &amp;lt;complexType&amp;gt;
  28  *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  29  *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  30  *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
  31  *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
  32  *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Annotation" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
  33  *         &amp;lt;element name="sequenceSetProperties" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt;
  34  *           &amp;lt;complexType&amp;gt;
  35  *             &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  36  *               &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  37  *                 &amp;lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  38  *                 &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  39  *               &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  40  *             &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  41  *           &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  42  *         &amp;lt;/element&amp;gt;
  43  *         &amp;lt;element ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}AlcodonFrame" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
  44  *         &amp;lt;element name="Matrix" type="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}MatrixType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
  45  *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  46  *       &amp;lt;attribute name="gapChar" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  47  *       &amp;lt;attribute name="datasetId" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  48  *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  49  *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  50  * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  51  * &lt;/pre&gt;
  52  *
  53  *
  54  */
  55 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  56 @XmlType(name = "", propOrder = {
  57     "sequence",
  58     "annotation",
  59     "sequenceSetProperties",
  60     "alcodonFrame",
  61     "matrix"
  62 })
  63 @XmlRootElement(name = "SequenceSet")
  64 public class SequenceSet {
  65
  66     @XmlElement(name = "Sequence")
  67     protected List<Sequence> sequence;
  68     @XmlElement(name = "Annotation")
  69     protected List<Annotation> annotation;
  70     protected List<SequenceSet.SequenceSetProperties> sequenceSetProperties;
  71     @XmlElement(name = "AlcodonFrame")
  72     protected List<AlcodonFrame> alcodonFrame;
  73     @XmlElement(name = "Matrix")
  74     protected List<MatrixType> matrix;
  75     @XmlAttribute(name = "gapChar", required = true)
  76     protected String gapChar;
  77     @XmlAttribute(name = "datasetId")
  78     protected String datasetId;
  79
  80     /**
  81      * Gets the value of the sequence property.
  82      *
  83      * &lt;p&gt;
  84      * This accessor method returns a reference to the live list,
  85      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  86      * returned list will be present inside the JAXB object.
  87      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequence property.
  88      *
  89      * &lt;p&gt;
  90      * For example, to add a new item, do as follows:
  91      * &lt;pre&gt;
  92      *    getSequence().add(newItem);
  93      * &lt;/pre&gt;
  94      *
  95      *
  96      * &lt;p&gt;
  97      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  98      * {@link Sequence }
  99      *
 100      *
 101      */
 102     public List<Sequence> getSequence() {
 103         if (sequence == null) {
 104             sequence = new ArrayList<Sequence>();
 105         }
 106         return this.sequence;
 107     }
 108
 109     /**
 110      * Gets the value of the annotation property.
 111      *
 112      * &lt;p&gt;
 113      * This accessor method returns a reference to the live list,
 114      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 115      * returned list will be present inside the JAXB object.
 116      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the annotation property.
 117      *
 118      * &lt;p&gt;
 119      * For example, to add a new item, do as follows:
 120      * &lt;pre&gt;
 121      *    getAnnotation().add(newItem);
 122      * &lt;/pre&gt;
 123      *
 124      *
 125      * &lt;p&gt;
 126      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 127      * {@link Annotation }
 128      *
 129      *
 130      */
 131     public List<Annotation> getAnnotation() {
 132         if (annotation == null) {
 133             annotation = new ArrayList<Annotation>();
 134         }
 135         return this.annotation;
 136     }
 137
 138     /**
 139      * Gets the value of the sequenceSetProperties property.
 140      *
 141      * &lt;p&gt;
 142      * This accessor method returns a reference to the live list,
 143      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 144      * returned list will be present inside the JAXB object.
 145      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequenceSetProperties property.
 146      *
 147      * &lt;p&gt;
 148      * For example, to add a new item, do as follows:
 149      * &lt;pre&gt;
 150      *    getSequenceSetProperties().add(newItem);
 151      * &lt;/pre&gt;
 152      *
 153      *
 154      * &lt;p&gt;
 155      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 156      * {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
 157      *
 158      *
 159      */
 160     public List<SequenceSet.SequenceSetProperties> getSequenceSetProperties() {
 161         if (sequenceSetProperties == null) {
 162             sequenceSetProperties = new ArrayList<SequenceSet.SequenceSetProperties>();
 163         }
 164         return this.sequenceSetProperties;
 165     }
 166
 167     /**
 168      * Gets the value of the alcodonFrame property.
 169      *
 170      * &lt;p&gt;
 171      * This accessor method returns a reference to the live list,
 172      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 173      * returned list will be present inside the JAXB object.
 174      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodonFrame property.
 175      *
 176      * &lt;p&gt;
 177      * For example, to add a new item, do as follows:
 178      * &lt;pre&gt;
 179      *    getAlcodonFrame().add(newItem);
 180      * &lt;/pre&gt;
 181      *
 182      *
 183      * &lt;p&gt;
 184      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 185      * {@link AlcodonFrame }
 186      *
 187      *
 188      */
 189     public List<AlcodonFrame> getAlcodonFrame() {
 190         if (alcodonFrame == null) {
 191             alcodonFrame = new ArrayList<AlcodonFrame>();
 192         }
 193         return this.alcodonFrame;
 194     }
 195
 196     /**
 197      * Gets the value of the matrix property.
 198      *
 199      * &lt;p&gt;
 200      * This accessor method returns a reference to the live list,
 201      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 202      * returned list will be present inside the JAXB object.
 203      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the matrix property.
 204      *
 205      * &lt;p&gt;
 206      * For example, to add a new item, do as follows:
 207      * &lt;pre&gt;
 208      *    getMatrix().add(newItem);
 209      * &lt;/pre&gt;
 210      *
 211      *
 212      * &lt;p&gt;
 213      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 214      * {@link MatrixType }
 215      *
 216      *
 217      */
 218     public List<MatrixType> getMatrix() {
 219         if (matrix == null) {
 220             matrix = new ArrayList<MatrixType>();
 221         }
 222         return this.matrix;
 223     }
 224
 225     /**
 226      * Gets the value of the gapChar property.
 227      *
 228      * @return
 229      *     possible object is
 230      *     {@link String }
 231      *
 232      */
 233     public String getGapChar() {
 234         return gapChar;
 235     }
 236
 237     /**
 238      * Sets the value of the gapChar property.
 239      *
 240      * @param value
 241      *     allowed object is
 242      *     {@link String }
 243      *
 244      */
 245     public void setGapChar(String value) {
 246         this.gapChar = value;
 247     }
 248
 249     /**
 250      * Gets the value of the datasetId property.
 251      *
 252      * @return
 253      *     possible object is
 254      *     {@link String }
 255      *
 256      */
 257     public String getDatasetId() {
 258         return datasetId;
 259     }
 260
 261     /**
 262      * Sets the value of the datasetId property.
 263      *
 264      * @param value
 265      *     allowed object is
 266      *     {@link String }
 267      *
 268      */
 269     public void setDatasetId(String value) {
 270         this.datasetId = value;
 271     }
 272
 273
 274     /**
 275      * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 276      *
 277      * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
 278      *
 279      * &lt;pre&gt;
 280      * &amp;lt;complexType&amp;gt;
 281      *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 282      *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
 283      *       &amp;lt;attribute name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 284      *       &amp;lt;attribute name="value" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 285      *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
 286      *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 287      * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
 288      * &lt;/pre&gt;
 289      *
 290      *
 291      */
 292     @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 293     @XmlType(name = "")
 294     public static class SequenceSetProperties {
 295
 296         @XmlAttribute(name = "key")
 297         protected String key;
 298         @XmlAttribute(name = "value")
 299         protected String value;
 300
 301         /**
 302          * Gets the value of the key property.
 303          *
 304          * @return
 305          *     possible object is
 306          *     {@link String }
 307          *
 308          */
 309         public String getKey() {
 310             return key;
 311         }
 312
 313         /**
 314          * Sets the value of the key property.
 315          *
 316          * @param value
 317          *     allowed object is
 318          *     {@link String }
 319          *
 320          */
 321         public void setKey(String value) {
 322             this.key = value;
 323         }
 324
 325         /**
 326          * Gets the value of the value property.
 327          *
 328          * @return
 329          *     possible object is
 330          *     {@link String }
 331          *
 332          */
 333         public String getValue() {
 334             return value;
 335         }
 336
 337         /**
 338          * Sets the value of the value property.
 339          *
 340          * @param value
 341          *     allowed object is
 342          *     {@link String }
 343          *
 344          */
 345         public void setValue(String value) {
 346             this.value = value;
 347         }
 348
 349     }
 350
 351 }