JAL-4034 allow a jalview_property to set the threshold level
[jalview.git] / src / jalview / xml / binding / jalview / SequenceSet.java
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6 //
7
8 package jalview.xml.binding.jalview;
9
10 import java.util.ArrayList;
11 import java.util.List;
12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
16 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
18
19 /**
20  * <p>Java class for anonymous complex type.
21  * 
22  * <p>The following schema fragment specifies the expected content
23  * contained within this class.
24  * 
25  * <pre> <complexType> <complexContent>
26  * <restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType">
27  * <sequence> <element
28  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence" maxOccurs="unbounded"
29  * minOccurs="0"/> <element
30  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Annotation" maxOccurs="unbounded"
31  * minOccurs="0"/> <element name="sequenceSetProperties"
32  * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"> <complexType>
33  * <complexContent> <restriction
34  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"> <attribute
35  * name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
36  * <attribute name="value"
37  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
38  * </restriction> </complexContent>
39  * </complexType> </element> <element
40  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}AlcodonFrame" maxOccurs="unbounded"
41  * minOccurs="0"/> </sequence> <attribute
42  * name="gapChar" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
43  * /> <attribute name="datasetId"
44  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" />
45  * </restriction> </complexContent>
46  * </complexType> </pre>
47  * 
48  * 
49  */
50 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
51 @XmlType(
52   name = "",
53   propOrder =
54   { "sequence", "annotation", "sequenceSetProperties", "alcodonFrame" })
55 @XmlRootElement(name = "SequenceSet")
56 public class SequenceSet
57 {
58
59   @XmlElement(name = "Sequence")
60   protected List<Sequence> sequence;
61
62   @XmlElement(name = "Annotation")
63   protected List<Annotation> annotation;
64
65   protected List<SequenceSet.SequenceSetProperties> sequenceSetProperties;
66
67   @XmlElement(name = "AlcodonFrame")
68   protected List<AlcodonFrame> alcodonFrame;
69
70   @XmlAttribute(name = "gapChar", required = true)
71   protected String gapChar;
72
73   @XmlAttribute(name = "datasetId")
74   protected String datasetId;
75
76   /**
77    * Gets the value of the sequence property.
78    * 
79    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
80    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
81    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
82    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequence property.
83    * 
84    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
85    * getSequence().add(newItem); &lt;/pre&gt;
86    * 
87    * 
88    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
89    * {@link Sequence }
90    * 
91    * 
92    */
93   public List<Sequence> getSequence()
94   {
95     if (sequence == null)
96     {
97       sequence = new ArrayList<Sequence>();
98     }
99     return this.sequence;
100   }
101
102   /**
103    * Gets the value of the annotation property.
104    * 
105    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
106    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
107    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
108    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the annotation property.
109    * 
110    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
111    * getAnnotation().add(newItem); &lt;/pre&gt;
112    * 
113    * 
114    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
115    * {@link Annotation }
116    * 
117    * 
118    */
119   public List<Annotation> getAnnotation()
120   {
121     if (annotation == null)
122     {
123       annotation = new ArrayList<Annotation>();
124     }
125     return this.annotation;
126   }
127
128   /**
129    * Gets the value of the sequenceSetProperties property.
130    * 
131    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
132    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
133    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
134    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequenceSetProperties property.
135    * 
136    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
137    * getSequenceSetProperties().add(newItem); &lt;/pre&gt;
138    * 
139    * 
140    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
141    * {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
142    * 
143    * 
144    */
145   public List<SequenceSet.SequenceSetProperties> getSequenceSetProperties()
146   {
147     if (sequenceSetProperties == null)
148     {
149       sequenceSetProperties = new ArrayList<SequenceSet.SequenceSetProperties>();
150     }
151     return this.sequenceSetProperties;
152   }
153
154   /**
155    * Gets the value of the alcodonFrame property.
156    * 
157    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
158    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
159    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
160    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodonFrame property.
161    * 
162    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
163    * getAlcodonFrame().add(newItem); &lt;/pre&gt;
164    * 
165    * 
166    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
167    * {@link AlcodonFrame }
168    * 
169    * 
170    */
171   public List<AlcodonFrame> getAlcodonFrame()
172   {
173     if (alcodonFrame == null)
174     {
175       alcodonFrame = new ArrayList<AlcodonFrame>();
176     }
177     return this.alcodonFrame;
178   }
179
180   /**
181    * Gets the value of the gapChar property.
182    * 
183    * @return possible object is {@link String }
184    * 
185    */
186   public String getGapChar()
187   {
188     return gapChar;
189   }
190
191   /**
192    * Sets the value of the gapChar property.
193    * 
194    * @param value
195    *          allowed object is {@link String }
196    * 
197    */
198   public void setGapChar(String value)
199   {
200     this.gapChar = value;
201   }
202
203   /**
204    * Gets the value of the datasetId property.
205    * 
206    * @return possible object is {@link String }
207    * 
208    */
209   public String getDatasetId()
210   {
211     return datasetId;
212   }
213
214   /**
215    * Sets the value of the datasetId property.
216    * 
217    * @param value
218    *          allowed object is {@link String }
219    * 
220    */
221   public void setDatasetId(String value)
222   {
223     this.datasetId = value;
224   }
225
226   /**
227    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
228    * 
229    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
230    * contained within this class.
231    * 
232    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
233    * &amp;lt;restriction
234    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
235    * name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
236    * &amp;lt;attribute name="value"
237    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
238    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
239    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
240    * 
241    * 
242    */
243   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
244   @XmlType(name = "")
245   public static class SequenceSetProperties
246   {
247
248     @XmlAttribute(name = "key")
249     protected String key;
250
251     @XmlAttribute(name = "value")
252     protected String value;
253
254     /**
255      * Gets the value of the key property.
256      * 
257      * @return possible object is {@link String }
258      * 
259      */
260     public String getKey()
261     {
262       return key;
263     }
264
265     /**
266      * Sets the value of the key property.
267      * 
268      * @param value
269      *          allowed object is {@link String }
270      * 
271      */
272     public void setKey(String value)
273     {
274       this.key = value;
275     }
276
277     /**
278      * Gets the value of the value property.
279      * 
280      * @return possible object is {@link String }
281      * 
282      */
283     public String getValue()
284     {
285       return value;
286     }
287
288     /**
289      * Sets the value of the value property.
290      * 
291      * @param value
292      *          allowed object is {@link String }
293      * 
294      */
295     public void setValue(String value)
296     {
297       this.value = value;
298     }
299
300   }
301
302 }