src/jalview/xml/binding/jalview/SequenceSet.java

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   6 //
   7
   8 package jalview.xml.binding.jalview;
   9
  10 import java.util.ArrayList;
  11 import java.util.List;
  12 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlElement;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlRootElement;
  17 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  18
  19 /**
  20  * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
  21  *
  22  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
  23  * contained within this class.
  24  *
  25  * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  26  * &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  27  * &amp;lt;sequence&amp;gt; &amp;lt;element
  28  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Sequence" maxOccurs="unbounded"
  29  * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element
  30  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}Annotation" maxOccurs="unbounded"
  31  * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;element name="sequenceSetProperties"
  32  * maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"&amp;gt; &amp;lt;complexType&amp;gt;
  33  * &amp;lt;complexContent&amp;gt; &amp;lt;restriction
  34  * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
  35  * name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  36  * &amp;lt;attribute name="value"
  37  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  38  * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  39  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &amp;lt;/element&amp;gt; &amp;lt;element
  40  * ref="{www.vamsas.ac.uk/jalview/version2}AlcodonFrame" maxOccurs="unbounded"
  41  * minOccurs="0"/&amp;gt; &amp;lt;/sequence&amp;gt; &amp;lt;attribute
  42  * name="gapChar" use="required" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"
  43  * /&amp;gt; &amp;lt;attribute name="datasetId"
  44  * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
  45  * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  46  * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
  47  *
  48  *
  49  */
  50 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  51 @XmlType(
  52   name = "",
  53   propOrder =
  54   { "sequence", "annotation", "sequenceSetProperties", "alcodonFrame" })
  55 @XmlRootElement(name = "SequenceSet")
  56 public class SequenceSet
  57 {
  58
  59   @XmlElement(name = "Sequence")
  60   protected List<Sequence> sequence;
  61
  62   @XmlElement(name = "Annotation")
  63   protected List<Annotation> annotation;
  64
  65   protected List<SequenceSet.SequenceSetProperties> sequenceSetProperties;
  66
  67   @XmlElement(name = "AlcodonFrame")
  68   protected List<AlcodonFrame> alcodonFrame;
  69
  70   @XmlAttribute(name = "gapChar", required = true)
  71   protected String gapChar;
  72
  73   @XmlAttribute(name = "datasetId")
  74   protected String datasetId;
  75
  76   /**
  77    * Gets the value of the sequence property.
  78    *
  79    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
  80    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
  81    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
  82    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequence property.
  83    *
  84    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
  85    * getSequence().add(newItem); &lt;/pre&gt;
  86    *
  87    *
  88    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
  89    * {@link Sequence }
  90    *
  91    *
  92    */
  93   public List<Sequence> getSequence()
  94   {
  95     if (sequence == null)
  96     {
  97       sequence = new ArrayList<Sequence>();
  98     }
  99     return this.sequence;
 100   }
 101
 102   /**
 103    * Gets the value of the annotation property.
 104    *
 105    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
 106    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
 107    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
 108    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the annotation property.
 109    *
 110    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
 111    * getAnnotation().add(newItem); &lt;/pre&gt;
 112    *
 113    *
 114    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
 115    * {@link Annotation }
 116    *
 117    *
 118    */
 119   public List<Annotation> getAnnotation()
 120   {
 121     if (annotation == null)
 122     {
 123       annotation = new ArrayList<Annotation>();
 124     }
 125     return this.annotation;
 126   }
 127
 128   /**
 129    * Gets the value of the sequenceSetProperties property.
 130    *
 131    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
 132    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
 133    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
 134    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the sequenceSetProperties property.
 135    *
 136    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
 137    * getSequenceSetProperties().add(newItem); &lt;/pre&gt;
 138    *
 139    *
 140    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
 141    * {@link SequenceSet.SequenceSetProperties }
 142    *
 143    *
 144    */
 145   public List<SequenceSet.SequenceSetProperties> getSequenceSetProperties()
 146   {
 147     if (sequenceSetProperties == null)
 148     {
 149       sequenceSetProperties = new ArrayList<SequenceSet.SequenceSetProperties>();
 150     }
 151     return this.sequenceSetProperties;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * Gets the value of the alcodonFrame property.
 156    *
 157    * &lt;p&gt; This accessor method returns a reference to the live list, not a
 158    * snapshot. Therefore any modification you make to the returned list will be
 159    * present inside the JAXB object. This is why there is not a
 160    * &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the alcodonFrame property.
 161    *
 162    * &lt;p&gt; For example, to add a new item, do as follows: &lt;pre&gt;
 163    * getAlcodonFrame().add(newItem); &lt;/pre&gt;
 164    *
 165    *
 166    * &lt;p&gt; Objects of the following type(s) are allowed in the list
 167    * {@link AlcodonFrame }
 168    *
 169    *
 170    */
 171   public List<AlcodonFrame> getAlcodonFrame()
 172   {
 173     if (alcodonFrame == null)
 174     {
 175       alcodonFrame = new ArrayList<AlcodonFrame>();
 176     }
 177     return this.alcodonFrame;
 178   }
 179
 180   /**
 181    * Gets the value of the gapChar property.
 182    *
 183    * @return possible object is {@link String }
 184    *
 185    */
 186   public String getGapChar()
 187   {
 188     return gapChar;
 189   }
 190
 191   /**
 192    * Sets the value of the gapChar property.
 193    *
 194    * @param value
 195    *          allowed object is {@link String }
 196    *
 197    */
 198   public void setGapChar(String value)
 199   {
 200     this.gapChar = value;
 201   }
 202
 203   /**
 204    * Gets the value of the datasetId property.
 205    *
 206    * @return possible object is {@link String }
 207    *
 208    */
 209   public String getDatasetId()
 210   {
 211     return datasetId;
 212   }
 213
 214   /**
 215    * Sets the value of the datasetId property.
 216    *
 217    * @param value
 218    *          allowed object is {@link String }
 219    *
 220    */
 221   public void setDatasetId(String value)
 222   {
 223     this.datasetId = value;
 224   }
 225
 226   /**
 227    * &lt;p&gt;Java class for anonymous complex type.
 228    *
 229    * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content
 230    * contained within this class.
 231    *
 232    * &lt;pre&gt; &amp;lt;complexType&amp;gt; &amp;lt;complexContent&amp;gt;
 233    * &amp;lt;restriction
 234    * base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt; &amp;lt;attribute
 235    * name="key" type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 236    * &amp;lt;attribute name="value"
 237    * type="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string" /&amp;gt;
 238    * &amp;lt;/restriction&amp;gt; &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
 239    * &amp;lt;/complexType&amp;gt; &lt;/pre&gt;
 240    *
 241    *
 242    */
 243   @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
 244   @XmlType(name = "")
 245   public static class SequenceSetProperties
 246   {
 247
 248     @XmlAttribute(name = "key")
 249     protected String key;
 250
 251     @XmlAttribute(name = "value")
 252     protected String value;
 253
 254     /**
 255      * Gets the value of the key property.
 256      *
 257      * @return possible object is {@link String }
 258      *
 259      */
 260     public String getKey()
 261     {
 262       return key;
 263     }
 264
 265     /**
 266      * Sets the value of the key property.
 267      *
 268      * @param value
 269      *          allowed object is {@link String }
 270      *
 271      */
 272     public void setKey(String value)
 273     {
 274       this.key = value;
 275     }
 276
 277     /**
 278      * Gets the value of the value property.
 279      *
 280      * @return possible object is {@link String }
 281      *
 282      */
 283     public String getValue()
 284     {
 285       return value;
 286     }
 287
 288     /**
 289      * Sets the value of the value property.
 290      *
 291      * @param value
 292      *          allowed object is {@link String }
 293      *
 294      */
 295     public void setValue(String value)
 296     {
 297       this.value = value;
 298     }
 299
 300   }
 301
 302 }