src/jalview/xml/binding/uniprot/GeneLocationType.java

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   7
   8
   9 package jalview.xml.binding.uniprot;
  10
  11 import java.util.ArrayList;
  12 import java.util.List;
  13 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessType;
  14 import javax.xml.bind.annotation.XmlAccessorType;
  15 import javax.xml.bind.annotation.XmlAttribute;
  16 import javax.xml.bind.annotation.XmlType;
  17
  18
  19 /**
  20  * Describes non-nuclear gene locations (organelles and plasmids).
  21  *             Equivalent to the flat file OG-line.
  22  *
  23  * &lt;p&gt;Java class for geneLocationType complex type.
  24  *
  25  * &lt;p&gt;The following schema fragment specifies the expected content contained within this class.
  26  *
  27  * &lt;pre&gt;
  28  * &amp;lt;complexType name="geneLocationType"&amp;gt;
  29  *   &amp;lt;complexContent&amp;gt;
  30  *     &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}anyType"&amp;gt;
  31  *       &amp;lt;sequence&amp;gt;
  32  *         &amp;lt;element name="name" type="{http://uniprot.org/uniprot}statusType" maxOccurs="unbounded" minOccurs="0"/&amp;gt;
  33  *       &amp;lt;/sequence&amp;gt;
  34  *       &amp;lt;attribute name="type" use="required"&amp;gt;
  35  *         &amp;lt;simpleType&amp;gt;
  36  *           &amp;lt;restriction base="{http://www.w3.org/2001/XMLSchema}string"&amp;gt;
  37  *             &amp;lt;enumeration value="apicoplast"/&amp;gt;
  38  *             &amp;lt;enumeration value="chloroplast"/&amp;gt;
  39  *             &amp;lt;enumeration value="organellar chromatophore"/&amp;gt;
  40  *             &amp;lt;enumeration value="cyanelle"/&amp;gt;
  41  *             &amp;lt;enumeration value="hydrogenosome"/&amp;gt;
  42  *             &amp;lt;enumeration value="mitochondrion"/&amp;gt;
  43  *             &amp;lt;enumeration value="non-photosynthetic plastid"/&amp;gt;
  44  *             &amp;lt;enumeration value="nucleomorph"/&amp;gt;
  45  *             &amp;lt;enumeration value="plasmid"/&amp;gt;
  46  *             &amp;lt;enumeration value="plastid"/&amp;gt;
  47  *           &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  48  *         &amp;lt;/simpleType&amp;gt;
  49  *       &amp;lt;/attribute&amp;gt;
  50  *       &amp;lt;attribute name="evidence" type="{http://uniprot.org/uniprot}intListType" /&amp;gt;
  51  *     &amp;lt;/restriction&amp;gt;
  52  *   &amp;lt;/complexContent&amp;gt;
  53  * &amp;lt;/complexType&amp;gt;
  54  * &lt;/pre&gt;
  55  *
  56  *
  57  */
  58 @XmlAccessorType(XmlAccessType.FIELD)
  59 @XmlType(name = "geneLocationType", propOrder = {
  60     "name"
  61 })
  62 public class GeneLocationType {
  63
  64     protected List<StatusType> name;
  65     @XmlAttribute(name = "type", required = true)
  66     protected String type;
  67     @XmlAttribute(name = "evidence")
  68     protected List<Integer> evidence;
  69
  70     /**
  71      * Gets the value of the name property.
  72      *
  73      * &lt;p&gt;
  74      * This accessor method returns a reference to the live list,
  75      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
  76      * returned list will be present inside the JAXB object.
  77      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the name property.
  78      *
  79      * &lt;p&gt;
  80      * For example, to add a new item, do as follows:
  81      * &lt;pre&gt;
  82      *    getName().add(newItem);
  83      * &lt;/pre&gt;
  84      *
  85      *
  86      * &lt;p&gt;
  87      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
  88      * {@link StatusType }
  89      *
  90      *
  91      */
  92     public List<StatusType> getName() {
  93         if (name == null) {
  94             name = new ArrayList<StatusType>();
  95         }
  96         return this.name;
  97     }
  98
  99     /**
 100      * Gets the value of the type property.
 101      *
 102      * @return
 103      *     possible object is
 104      *     {@link String }
 105      *
 106      */
 107     public String getType() {
 108         return type;
 109     }
 110
 111     /**
 112      * Sets the value of the type property.
 113      *
 114      * @param value
 115      *     allowed object is
 116      *     {@link String }
 117      *
 118      */
 119     public void setType(String value) {
 120         this.type = value;
 121     }
 122
 123     /**
 124      * Gets the value of the evidence property.
 125      *
 126      * &lt;p&gt;
 127      * This accessor method returns a reference to the live list,
 128      * not a snapshot. Therefore any modification you make to the
 129      * returned list will be present inside the JAXB object.
 130      * This is why there is not a &lt;CODE&gt;set&lt;/CODE&gt; method for the evidence property.
 131      *
 132      * &lt;p&gt;
 133      * For example, to add a new item, do as follows:
 134      * &lt;pre&gt;
 135      *    getEvidence().add(newItem);
 136      * &lt;/pre&gt;
 137      *
 138      *
 139      * &lt;p&gt;
 140      * Objects of the following type(s) are allowed in the list
 141      * {@link Integer }
 142      *
 143      *
 144      */
 145     public List<Integer> getEvidence() {
 146         if (evidence == null) {
 147             evidence = new ArrayList<Integer>();
 148         }
 149         return this.evidence;
 150     }
 151
 152 }