Jalview-JS/JAL-3253-applet adds AlignFrameI empty interface to allow
[jalview.git] / src / mc_view / Residue.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
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8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package mc_view;
22
23 import java.util.Vector;
24
25 public class Residue
26 {
27   Vector<Atom> atoms;
28
29   int number;
30
31   int count;
32
33   public Residue(Vector<Atom> resAtoms, int number, int count)
34   {
35     this.atoms = resAtoms;
36     this.number = number;
37     this.count = count;
38   }
39
40   public Atom findAtom(String name)
41   {
42     for (Atom atom : atoms)
43     {
44       if (atom.name.equals(name))
45       {
46         return atom;
47       }
48     }
49
50     return null;
51   }
52
53   public Vector<Atom> getAtoms()
54   {
55     return this.atoms;
56   }
57 }