src/org/biojava/dasobert/das/DAS_Feature_Handler.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 19.03.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24 package org.biojava.dasobert.das;
  25
  26 import org.xml.sax.helpers.DefaultHandler;
  27 import org.xml.sax.Attributes;
  28
  29 import java.util.ArrayList ;
  30 import java.util.HashMap ;
  31 import java.util.List;
  32
  33 /**
  34  * a class to parse the response of a DAS - Feature request
  35  * @author Andreas Prlic
  36  *
  37  */
  38 public class DAS_Feature_Handler  extends DefaultHandler{
  39
  40     /**
  41      *
  42      */
  43     List features ;
  44     boolean first_flag ;
  45     HashMap feature ;
  46     String featurefield ;
  47     String characterdata ;
  48     String dasCommand ;
  49
  50     int comeBackLater ;
  51
  52     public DAS_Feature_Handler() {
  53         super();
  54
  55         features= new ArrayList() ;
  56         first_flag = true ;
  57         featurefield = "" ;
  58         characterdata = "";
  59         dasCommand = "" ;
  60         comeBackLater = -1;
  61     }
  62
  63     public void setDASCommand(String cmd) { dasCommand = cmd ;}
  64     public String getDASCommand() { return dasCommand; }
  65
  66     public List get_features() {
  67         return features ;
  68     }
  69
  70     public int getComBackLater(){
  71         return comeBackLater;
  72     }
  73
  74     void start_feature(String uri, String name, String qName, Attributes atts) {
  75         feature = new HashMap() ;
  76         String id       = atts.getValue("id");
  77         feature.put("id",id);
  78         feature.put("dassource",dasCommand);
  79         characterdata = "";
  80     }
  81
  82     void add_featuredata(String uri, String name, String qName) {
  83         //System.out.println("featurefield "+featurefield+ " data "+characterdata);
  84         // NOTE can have multiple lines ..
  85
  86         String data = (String)feature.get(featurefield);
  87         if (data != null){
  88             characterdata = data + " " + characterdata;
  89         }
  90
  91         feature.put(featurefield,characterdata);
  92         featurefield = "";
  93         characterdata = "";
  94     }
  95
  96     private void addLink(String uri, String name, String qName, Attributes atts) {
  97         String href = atts.getValue("href");
  98         feature.put("LINK",href);
  99         characterdata="";
 100         featurefield = "LINK-TEXT";
 101
 102     }
 103
 104     public void startElement (String uri, String name, String qName, Attributes atts){
 105         //System.out.println("new element "+qName);
 106
 107         if (qName.equals("FEATURE"))
 108             start_feature(uri,  name,  qName,  atts);
 109         else if ( qName.equals("LINK"))
 110             addLink(uri,name,qName, atts);
 111         else if ( qName.equals("METHOD") ||
 112                 qName.equals("TYPE") ||
 113                 qName.equals("START") ||
 114                 qName.equals("END") ||
 115                 qName.equals("NOTE") ||
 116                 qName.equals("SCORE")
 117         ){
 118             characterdata ="";
 119             featurefield = qName ;
 120         }
 121
 122     }
 123
 124     public void startDocument() {
 125         //System.out.println("start document");
 126     }
 127
 128     public void endDocument ()  {
 129         //System.out.println("adding feature " + feature);
 130         //features.add(feature);
 131
 132     }
 133     public void endElement(String uri, String name, String qName) {
 134         //System.out.println("end "+name);
 135         if ( qName.equals("METHOD") ||
 136                 qName.equals("TYPE") ||
 137                 qName.equals("START") ||
 138                 qName.equals("END") ||
 139                 qName.equals("NOTE") ||
 140                 qName.equals("LINK") ||
 141                 qName.equals("SCORE")
 142         ) {
 143             add_featuredata(uri,name,qName);
 144         }
 145         else if ( qName.equals("FEATURE")) {
 146             //System.out.println("adding ffeature " + feature);
 147             features.add(feature);
 148         }
 149     }
 150
 151     public void characters (char ch[], int start, int length){
 152         //System.out.println("characters");
 153         for (int i = start; i < start + length; i++) {
 154
 155             characterdata += ch[i];
 156         }
 157
 158     }
 159
 160 }