src/org/biojava/dasobert/das/DAS_Feature_Handler.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 19.03.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24 package org.biojava.dasobert.das;
  25
  26 import java.util.*;
  27
  28 import org.xml.sax.*;
  29 import org.xml.sax.helpers.*;
  30
  31 /**
  32  * a class to parse the response of a DAS - Feature request
  33  * @author Andreas Prlic
  34  *
  35  */
  36 public class DAS_Feature_Handler
  37     extends DefaultHandler
  38 {
  39
  40   /**
  41    *
  42    */
  43   List features;
  44   boolean first_flag;
  45   HashMap feature;
  46   String featurefield;
  47   String characterdata;
  48   String dasCommand;
  49
  50   int comeBackLater;
  51
  52   int maxFeatures;
  53
  54   public DAS_Feature_Handler()
  55   {
  56     super();
  57
  58     features = new ArrayList();
  59     first_flag = true;
  60     featurefield = "";
  61     characterdata = "";
  62     dasCommand = "";
  63     comeBackLater = -1;
  64     maxFeatures = -1;
  65   }
  66
  67   /** specifies a maximum number of features to be downloaded. if a
  68     server returns more, they will be ignored.  default is to load
  69     all features
  70        @param max the maximium number of features to be downloaded
  71    */
  72
  73   public void setMaxFeatures(int max)
  74   {
  75     maxFeatures = max;
  76   }
  77
  78   public int getMaxFeatures()
  79   {
  80     return maxFeatures;
  81   }
  82
  83   public void setDASCommand(String cmd)
  84   {
  85     dasCommand = cmd;
  86   }
  87
  88   public String getDASCommand()
  89   {
  90     return dasCommand;
  91   }
  92
  93   public List get_features()
  94   {
  95     return features;
  96   }
  97
  98   public int getComBackLater()
  99   {
 100     return comeBackLater;
 101   }
 102
 103   void start_feature(String uri, String name, String qName, Attributes atts)
 104   {
 105
 106     if ( (maxFeatures > 0) && (features.size() > maxFeatures))
 107     {
 108       characterdata = "";
 109       return;
 110     }
 111     feature = new HashMap();
 112     String id = atts.getValue("id");
 113     feature.put("id", id);
 114     feature.put("dassource", dasCommand);
 115     characterdata = "";
 116   }
 117
 118   void add_featuredata(String uri, String name, String qName)
 119   {
 120     //System.out.println("featurefield "+featurefield+ " data "+characterdata);
 121     // NOTE can have multiple lines ..
 122
 123     if ( (maxFeatures > 0) && (features.size() > maxFeatures))
 124     {
 125       return;
 126     }
 127
 128     String data = (String) feature.get(featurefield);
 129     if (data != null)
 130     {
 131       characterdata = data + " " + characterdata;
 132     }
 133
 134     feature.put(featurefield, characterdata);
 135     featurefield = "";
 136     characterdata = "";
 137   }
 138
 139   private void addLink(String uri, String name, String qName, Attributes atts)
 140   {
 141     String href = atts.getValue("href");
 142     feature.put("LINK", href);
 143     characterdata = "";
 144     featurefield = "LINK-TEXT";
 145
 146   }
 147
 148   public void startElement(String uri, String name, String qName,
 149                            Attributes atts)
 150   {
 151     //System.out.println("new element "+qName);
 152
 153     if (qName.equals("FEATURE"))
 154     {
 155       start_feature(uri, name, qName, atts);
 156     }
 157     else if (qName.equals("LINK"))
 158     {
 159       addLink(uri, name, qName, atts);
 160     }
 161     else if (qName.equals("METHOD") ||
 162              qName.equals("TYPE") ||
 163              qName.equals("START") ||
 164              qName.equals("END") ||
 165              qName.equals("NOTE") ||
 166              qName.equals("SCORE")
 167         )
 168     {
 169       characterdata = "";
 170       featurefield = qName;
 171     }
 172
 173   }
 174
 175   public void startDocument()
 176   {
 177   }
 178
 179   public void endDocument()
 180   {
 181   }
 182
 183   public void endElement(String uri, String name, String qName)
 184   {
 185
 186     if (qName.equals("METHOD") ||
 187         qName.equals("TYPE") ||
 188         qName.equals("START") ||
 189         qName.equals("END") ||
 190         qName.equals("NOTE") ||
 191         qName.equals("LINK") ||
 192         qName.equals("SCORE")
 193         )
 194     {
 195       add_featuredata(uri, name, qName);
 196     }
 197     else if (qName.equals("FEATURE"))
 198     {
 199
 200       if (maxFeatures > 0)
 201       {
 202         if (features.size() < maxFeatures)
 203         {
 204           features.add(feature);
 205         }
 206       }
 207       else
 208       {
 209         // no restriction
 210         features.add(feature);
 211       }
 212     }
 213   }
 214
 215   public void characters(char ch[], int start, int length)
 216   {
 217
 218     for (int i = start; i < start + length; i++)
 219     {
 220
 221       characterdata += ch[i];
 222     }
 223
 224   }
 225
 226 }