src/org/biojava/dasobert/das/DAS_Stylesheet_Handler.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on Aug 3, 2005
  21  *
  22  */
  23 package org.biojava.dasobert.das;
  24
  25
  26 import org.xml.sax.helpers.DefaultHandler;
  27 import org.xml.sax.Attributes            ;
  28 import java.util.*;
  29 import java.util.logging.Logger;
  30 import java.awt.Color;
  31
  32 /** a class to parse the XML response of a DAS - stylesheet request.
  33  * @author Andreas Prlic
  34  *
  35  */
  36 public class DAS_Stylesheet_Handler extends DefaultHandler {
  37
  38     List typeGlyphMaps;
  39     Map  currentType;
  40     String chars ;
  41     boolean threeDstyle;
  42     List threeDGlyphMaps;
  43     static Logger logger      = Logger.getLogger("org.biojava.spice");
  44
  45     /**
  46      *
  47      */
  48     public DAS_Stylesheet_Handler() {
  49         super();
  50         typeGlyphMaps = new ArrayList();
  51         currentType = new HashMap();
  52         threeDGlyphMaps = new ArrayList();
  53         threeDstyle = false;
  54     }
  55
  56
  57     public Map[] getTypeStyles(){
  58         return (Map[]) typeGlyphMaps.toArray(new Map[typeGlyphMaps.size()]);
  59     }
  60
  61     public Map[] get3DStyles(){
  62         return (Map[]) threeDGlyphMaps.toArray(new Map[threeDGlyphMaps.size()]);
  63     }
  64
  65     public void startElement (String uri, String name, String qName, Attributes atts){
  66         chars = "";
  67
  68         if ( qName.equals("CATEGORY")){
  69             String id = atts.getValue("id");
  70             if ( id.equals("3D")){
  71                 // here follow the 3D styles...
  72                 threeDstyle = true;
  73             } else {
  74                 threeDstyle = false;
  75
  76             }
  77         }
  78
  79         if ( qName.equals("TYPE")){
  80             // this glyph matches to features of type >id<.
  81             String id = atts.getValue("id");
  82             currentType = new HashMap();
  83             currentType.put("type",id);
  84         }
  85
  86         else if ( qName.equals("ARROW")){
  87             currentType.put("style","arrow");
  88         } else if ( qName.equals("ANCHORED_ARROW")){
  89             currentType.put("style","anchored_arrow");
  90         } else if ( qName.equals("BOX")){
  91             currentType.put("style","box");
  92         } else if ( qName.equals("CROSS")){
  93             currentType.put("style","cross");
  94         } else if ( qName.equals("EX")){
  95             currentType.put("style","EX");
  96         } else if ( qName.equals("HELIX")){
  97             currentType.put("style","helix");
  98         } else if ( qName.equals("LINE")){
  99             currentType.put("style","LINE");
 100         }  else if ( qName.equals("SPAN")){
 101             currentType.put("style","span");
 102         } else if ( qName.equals("TRIANGLE")){
 103             currentType.put("style","triangle");
 104         }
 105
 106     }
 107
 108     /**  convert the color provided by the stylesheet to a java Color
 109      *
 110      * @param chars
 111      * @return
 112      */
 113     private Color getColorFromString(String chars){
 114
 115
 116         if (chars.equals("rotate")) {
 117             // use the default SPICE colors ...
 118             return null;
 119         }
 120
 121         try {
 122             Color col = Color.decode(chars);
 123             return col;
 124         } catch ( Exception e) {
 125             logger.finest("could not decode color from stylesheet " + e.getMessage());
 126         }
 127
 128
 129         // map the string to a build in color...
 130         // thanks to the Xpm.java script provided by Phil Brown (under LGPL)
 131         // AP downloaded it from http://www.bolthole.com/java/Xpm.java
 132
 133         // the DAS spec stylesheet only requires 16 VGA colors to be supported, but here we do more... :-)
 134
 135         int[] rgb = Xpm.NameToRGB3(chars);
 136         if ( rgb != null) {
 137             Color col = new Color(rgb[0],rgb[1],rgb[2]);
 138             return col;
 139         }
 140         return null ;
 141     }
 142
 143     public void endElement(String uri, String name, String qName) {
 144         if ( qName.equals("HEIGHT")){
 145             currentType.put("height",chars);
 146         } else if ( qName.equals("COLOR")){
 147             //System.out.println("got color " + chars);
 148             Color col = getColorFromString(chars);
 149             if ( col != null ){
 150                 currentType.put("color",col);
 151             } else {
 152                 if ( chars.equals("cpk")){
 153                     currentType.put("cpkcolor","true");
 154                 }
 155             }
 156
 157         } else if ( qName.equals("OUTLINECOLOR")){
 158             currentType.put("outlinecolor",chars);
 159         } else if ( qName.equals("BACKGROUND")){
 160             currentType.put("background",chars);
 161         } else if ( qName.equals("BUMP")){
 162             if ( chars.equals("no"))
 163                 currentType.put("bump","no");
 164             else
 165                 currentType.put("bump","yes");
 166
 167             // 3D stuff
 168         }  else if ( qName.equals("WIREFRAME")){
 169             currentType.put("display","wireframe");
 170         } else if ( qName.equals("SPACEFILL")){
 171             currentType.put("display","spacefill");
 172         } else if ( qName.equals("BACKBONE")){
 173             currentType.put("display","backbone");
 174         } else if ( qName.equals("CARTOON")){
 175             currentType.put("display","cartoon");
 176         } else if ( qName.equals("RIBBONS")){
 177             currentType.put("display","ribbons");
 178         } else if ( qName.equals("WIDTH")){
 179             currentType.put("width",chars);
 180         }
 181
 182         else if ( qName.equals("TYPE")){
 183             if ( threeDstyle){
 184              threeDGlyphMaps.add(currentType);
 185             } else {
 186                 typeGlyphMaps.add(currentType);
 187             }
 188         }
 189     }
 190
 191     public void characters (char ch[], int start, int length){
 192
 193
 194             for (int i = start; i < start + length; i++) {
 195                chars += ch[i];
 196             }
 197
 198
 199     }
 200
 201 }
 202
 203
 204
 205