src/org/biojava/dasobert/das2/DasSourceConverter.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on Mar 23, 2006
  21  *
  22  */
  23 package org.biojava.dasobert.das2;
  24
  25 //import org.biojava.bio.program.das.dasalignment.DASException;
  26 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;
  27
  28 public class DasSourceConverter {
  29
  30     public DasSourceConverter() {
  31         super();
  32
  33     }
  34
  35
  36     /** convert a das2 source to a das 1 source.
  37      * This only will work if is passes the Das2Source.isDas1Source() test
  38      * i.e. this is really a das1 server there
  39      *
  40      * @param das2source a DAS2Source to be converted
  41      * @return a Das1Source
  42      * @throws DASException
  43      */
  44     public static Das1Source toDas1Source (Das2Source das2source) throws Exception{
  45         if ( ! das2source.hasDas1Capabilities())
  46             throw new Exception("this das source does not have das1 capabilitites");
  47
  48         Das1Source ds = new Das1Source();
  49         ds.setAdminemail(das2source.getAdminemail());
  50         ds.setDescription(das2source.getDescription());
  51         ds.setHelperurl(das2source.getHelperurl());
  52         ds.setRegisterDate(das2source.getRegisterDate());
  53         ds.setLeaseDate(das2source.getLeaseDate());
  54         ds.setLabels(das2source.getLabels());
  55         ds.setCoordinateSystem(das2source.getCoordinateSystem());
  56         ds.setNickname(das2source.getNickname());
  57         ds.setId(das2source.getId());
  58         ds.setLabels(das2source.getLabels());
  59
  60         // convert the capabilitites to das1 capabiltities and get the url
  61         Das2Capability[] caps = das2source.getDas2Capabilities();
  62         String[] das1capabilitites = new String[caps.length];
  63         int DASPREFIXLENGTH = Das2CapabilityImpl.DAS1_CAPABILITY_PREFIX.length();
  64
  65         for ( int i = 0 ; i< caps.length;i++){
  66             Das2Capability cap = caps[i];
  67
  68             String c = cap.getCapability();
  69
  70             das1capabilitites[i] = c.substring(DASPREFIXLENGTH,c.length());
  71
  72             String query_uri = cap.getQueryUri();
  73
  74             String url = query_uri.substring(0,(query_uri.length() - c.length() + DASPREFIXLENGTH));
  75             ds.setUrl(url);
  76         }
  77         ds.setCapabilities(das1capabilitites);
  78
  79         return ds ;
  80     }
  81
  82 }