src/org/biojava/dasobert/das2/DasSourceConverter.java

   1 /*
   2  *                  BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on Mar 23, 2006
  21  *
  22  */
  23 package org.biojava.dasobert.das2;
  24
  25 //import org.biojava.bio.program.das.dasalignment.DASException;
  26 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;
  27
  28 public class DasSourceConverter
  29 {
  30
  31   public DasSourceConverter()
  32   {
  33     super();
  34
  35   }
  36
  37   /** convert a das2 source to a das 1 source.
  38    * This only will work if is passes the Das2Source.isDas1Source() test
  39    * i.e. this is really a das1 server there
  40    *
  41    * @param das2source a DAS2Source to be converted
  42    * @return a Das1Source
  43    * @throws DASException
  44    */
  45   public static Das1Source toDas1Source(Das2Source das2source)
  46       throws Exception
  47   {
  48     if (!das2source.hasDas1Capabilities())
  49     {
  50       throw new Exception("this das source does not have das1 capabilitites");
  51     }
  52
  53     Das1Source ds = new Das1Source();
  54     ds.setAdminemail(das2source.getAdminemail());
  55     ds.setDescription(das2source.getDescription());
  56     ds.setHelperurl(das2source.getHelperurl());
  57     ds.setRegisterDate(das2source.getRegisterDate());
  58     ds.setLeaseDate(das2source.getLeaseDate());
  59     ds.setLabels(das2source.getLabels());
  60     ds.setCoordinateSystem(das2source.getCoordinateSystem());
  61     ds.setNickname(das2source.getNickname());
  62     ds.setId(das2source.getId());
  63     ds.setLabels(das2source.getLabels());
  64
  65     // convert the capabilitites to das1 capabiltities and get the url
  66     Das2Capability[] caps = das2source.getDas2Capabilities();
  67     String[] das1capabilitites = new String[caps.length];
  68     int DASPREFIXLENGTH = Das2CapabilityImpl.DAS1_CAPABILITY_PREFIX.length();
  69
  70     for (int i = 0; i < caps.length; i++)
  71     {
  72       Das2Capability cap = caps[i];
  73
  74       String c = cap.getCapability();
  75
  76       das1capabilitites[i] = c.substring(DASPREFIXLENGTH, c.length());
  77
  78       String query_uri = cap.getQueryUri();
  79
  80       String url = query_uri.substring(0,
  81                                        (query_uri.length() - c.length() + DASPREFIXLENGTH));
  82       ds.setUrl(url);
  83     }
  84     ds.setCapabilities(das1capabilitites);
  85
  86     return ds;
  87   }
  88
  89 }