src/org/biojava/dasobert/dasregistry/DasCoordSysComparator.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 15.04.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24
  25
  26 package org.biojava.dasobert.dasregistry ;
  27
  28 import java.util.Comparator ;
  29 import java.util.Map ;
  30 import java.util.HashMap ;
  31
  32 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasCoordinateSystem;
  33
  34 /** a comparator to sort DasSources
  35  * @author Andreas Prlic
  36  */
  37
  38
  39 public abstract class DasCoordSysComparator
  40     implements Comparator
  41 {
  42
  43     private final String name ;
  44     private static final Map COMPS_BY_NAME;
  45
  46
  47     public DasCoordSysComparator(String str) {
  48         //System.out.println("new dasSourceComparator " + str);
  49         name = str ;
  50     }
  51
  52     public static final Comparator BY_NAME = new DasCoordSysComparator("name") {
  53         protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds) {
  54             return ds.getName();
  55         }
  56     };
  57
  58     public static final Comparator BY_ID = new DasCoordSysComparator("id") {
  59         protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds) {
  60             return ds.getUniqueId();
  61         }
  62     };
  63     public static final Comparator BY_CATEGORY = new DasCoordSysComparator("category") {
  64         protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds) {
  65             return ds.getCategory();
  66         }
  67     };
  68     public static final Comparator BY_ORGANISM = new DasCoordSysComparator("organism") {
  69         protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds) {
  70             return ds.getOrganismName();
  71         }
  72     };
  73     public static final Comparator BY_TAXID = new DasCoordSysComparator("taxid") {
  74         protected Comparable getField(DasCoordinateSystem ds) {
  75             return ds.getNCBITaxId()+"";
  76         }
  77     };
  78
  79
  80
  81     static {
  82         COMPS_BY_NAME = new HashMap();
  83         COMPS_BY_NAME.put(BY_ID.toString(),           BY_ID);
  84         COMPS_BY_NAME.put(BY_NAME.toString(),         BY_NAME);
  85         COMPS_BY_NAME.put(BY_CATEGORY.toString(),     BY_CATEGORY);
  86         COMPS_BY_NAME.put(BY_ORGANISM.toString(),     BY_ORGANISM);
  87         COMPS_BY_NAME.put(BY_TAXID.toString(),        BY_TAXID);
  88     }
  89
  90
  91
  92     public static Comparator fromString(String name) {
  93         if (COMPS_BY_NAME.containsKey(name)) {
  94             return (Comparator) COMPS_BY_NAME.get(name);
  95         } else {
  96             throw new IllegalArgumentException("Can't compare by key " + name);
  97         }
  98     }
  99
 100     protected abstract Comparable getField(DasCoordinateSystem ds);
 101
 102     /** compare two DasCoordSys objects */
 103     public int compare( Object a, Object b) {
 104         DasCoordinateSystem x = (DasCoordinateSystem) a ;
 105         DasCoordinateSystem y = (DasCoordinateSystem) b ;
 106         return getField(x).compareTo(getField(y));
 107     }
 108
 109     public String toString() {
 110         return name;
 111     }
 112
 113
 114 }
 115
 116