src/org/biojava/dasobert/dasregistry/DasCoordinateSystem.java

   1 /*
   2  *                    BioJava development code
   3  *
   4  * This code may be freely distributed and modified under the
   5  * terms of the GNU Lesser General Public Licence.  This should
   6  * be distributed with the code.  If you do not have a copy,
   7  * see:
   8  *
   9  *      http://www.gnu.org/copyleft/lesser.html
  10  *
  11  * Copyright for this code is held jointly by the individual
  12  * authors.  These should be listed in @author doc comments.
  13  *
  14  * For more information on the BioJava project and its aims,
  15  * or to join the biojava-l mailing list, visit the home page
  16  * at:
  17  *
  18  *      http://www.biojava.org/
  19  *
  20  * Created on 15.04.2004
  21  * @author Andreas Prlic
  22  *
  23  */
  24 package org.biojava.dasobert.dasregistry;
  25
  26
  27 /** a Bean to be returned via SOAP. It takes care of the DAS -  coordinate Systems
  28  * @author Andreas Prlic
  29  */
  30 public class DasCoordinateSystem {
  31
  32     String name;
  33     String category;
  34     String organism_name;
  35     int ncbi_tax_id ;
  36     String uniqueId ;
  37     String version;
  38     String testCode;
  39
  40     public DasCoordinateSystem () {
  41         uniqueId = "";
  42         name = "";
  43         category ="";
  44         organism_name = "";
  45         ncbi_tax_id = 0;
  46         version = "";
  47         testCode = "";
  48     }
  49
  50     public boolean equals(DasCoordinateSystem other){
  51         boolean match = true;
  52         System.out.println("comparing " + this.toString() + " to " + other.toString());
  53         // URI has piority
  54         if ( (! uniqueId.equals("")) && ( uniqueId.equals( other.getUniqueId())))
  55             return true;
  56
  57         if ( ncbi_tax_id != other.getNCBITaxId()) {
  58             System.out.println("mismatch in ncbi tax id " + ncbi_tax_id + " != " + other.getNCBITaxId());
  59             match = false;
  60         }
  61         if ( ! version.equals(other.getVersion() )){
  62             System.out.println("mismatch in version");
  63             match = false;
  64         }
  65         if ( ! category.equals(other.getCategory())  ) {
  66             System.out.println("mismatch in category");
  67             match = false;
  68         }
  69         if ( ! name.equals(other.getName())) {
  70             System.out.println("mismatch in name");
  71             match = false;
  72         }
  73         System.out.println(" match: " + match);
  74
  75         return match;
  76     }
  77
  78     public Object clone() {
  79         DasCoordinateSystem d = new DasCoordinateSystem();
  80         d.setTestCode(testCode);
  81         d.setCategory(category);
  82         d.setName(name);
  83         d.setNCBITaxId(ncbi_tax_id);
  84         d.setUniqueId(getUniqueId());
  85         d.setOrganismName(getOrganismName());
  86         d.setVersion(getVersion());
  87         return d;
  88     }
  89
  90     public String getTestCode() {
  91         return testCode;
  92     }
  93
  94
  95
  96     public void setTestCode(String testCode) {
  97         if ( testCode == null)
  98             testCode = "";
  99         this.testCode = testCode;
 100     }
 101
 102
 103
 104     public void setUniqueId(String id) { uniqueId = id ;   }
 105     public String getUniqueId() { return uniqueId;         }
 106
 107     public void setName(String n) { name = n; }
 108     public String getName() { return name; }
 109
 110     public void setCategory(String c) { category = c;}
 111     public String getCategory() { return category;}
 112
 113     public void setOrganismName(String t) { organism_name  =t;}
 114     public String getOrganismName() { return organism_name;}
 115
 116     public void setNCBITaxId(int id) { ncbi_tax_id = id;}
 117     public int getNCBITaxId(){ return ncbi_tax_id ;}
 118
 119
 120
 121
 122     public String getVersion() {
 123         return version;
 124     }
 125
 126     public void setVersion(String version) {
 127         if ( version == null)
 128             version = "";
 129         this.version = version;
 130     }
 131
 132     public String toString() {
 133         String nam = name;
 134         if ( ! version.equals(""))
 135             nam += "_" + version;
 136
 137         if ( organism_name.equals("") )
 138             return nam+","+category ;
 139         else
 140             return nam+","+category+"," + organism_name ;
 141     }
 142
 143     public static DasCoordinateSystem fromString(String rawString) {
 144         String[] spl = rawString.split(",");
 145         DasCoordinateSystem dcs = new DasCoordinateSystem();
 146         if ( spl.length == 2 ) {
 147             dcs.setName(spl[0]);
 148             dcs.setCategory(spl[1]);
 149         }
 150         if ( spl.length == 3 ) {
 151             dcs.setName(spl[0]);
 152             dcs.setCategory(spl[1]);
 153             dcs.setOrganismName(spl[2]);
 154         }
 155         return dcs;
 156     }
 157
 158
 159 }