src/org/vamsas/objects/core/DataSet.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package org.vamsas.objects.core;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import java.util.Enumeration;\r
  19 import java.util.Vector;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class DataSet.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class DataSet implements java.io.Serializable {\r
  32 \r
  33 \r
  34       //--------------------------/\r
  35      //- Class/Member Variables -/\r
  36     //--------------------------/\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _id\r
  40      */\r
  41     private java.lang.String _id;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * Field _sequenceList\r
  45      */\r
  46     private java.util.Vector _sequenceList;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Field _dataSetAnnotationsList\r
  50      */\r
  51     private java.util.Vector _dataSetAnnotationsList;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Field _alignmentList\r
  55      */\r
  56     private java.util.Vector _alignmentList;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * Field _treeList\r
  60      */\r
  61     private java.util.Vector _treeList;\r
  62 \r
  63     /**\r
  64      * Field _provenance\r
  65      */\r
  66     private org.vamsas.objects.core.Provenance _provenance;\r
  67 \r
  68 \r
  69       //----------------/\r
  70      //- Constructors -/\r
  71     //----------------/\r
  72 \r
  73     public DataSet() {\r
  74         super();\r
  75         _sequenceList = new Vector();\r
  76         _dataSetAnnotationsList = new Vector();\r
  77         _alignmentList = new Vector();\r
  78         _treeList = new Vector();\r
  79     } //-- org.vamsas.objects.core.DataSet()\r
  80 \r
  81 \r
  82       //-----------/\r
  83      //- Methods -/\r
  84     //-----------/\r
  85 \r
  86     /**\r
  87      * Method addAlignment\r
  88      * \r
  89      * \r
  90      * \r
  91      * @param vAlignment\r
  92      */\r
  93     public void addAlignment(org.vamsas.objects.core.Alignment vAlignment)\r
  94         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
  95     {\r
  96         _alignmentList.addElement(vAlignment);\r
  97     } //-- void addAlignment(org.vamsas.objects.core.Alignment) \r
  98 \r
  99     /**\r
 100      * Method addAlignment\r
 101      * \r
 102      * \r
 103      * \r
 104      * @param index\r
 105      * @param vAlignment\r
 106      */\r
 107     public void addAlignment(int index, org.vamsas.objects.core.Alignment vAlignment)\r
 108         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 109     {\r
 110         _alignmentList.insertElementAt(vAlignment, index);\r
 111     } //-- void addAlignment(int, org.vamsas.objects.core.Alignment) \r
 112 \r
 113     /**\r
 114      * Method addDataSetAnnotations\r
 115      * \r
 116      * \r
 117      * \r
 118      * @param vDataSetAnnotations\r
 119      */\r
 120     public void addDataSetAnnotations(org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations vDataSetAnnotations)\r
 121         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 122     {\r
 123         _dataSetAnnotationsList.addElement(vDataSetAnnotations);\r
 124     } //-- void addDataSetAnnotations(org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations) \r
 125 \r
 126     /**\r
 127      * Method addDataSetAnnotations\r
 128      * \r
 129      * \r
 130      * \r
 131      * @param index\r
 132      * @param vDataSetAnnotations\r
 133      */\r
 134     public void addDataSetAnnotations(int index, org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations vDataSetAnnotations)\r
 135         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 136     {\r
 137         _dataSetAnnotationsList.insertElementAt(vDataSetAnnotations, index);\r
 138     } //-- void addDataSetAnnotations(int, org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations) \r
 139 \r
 140     /**\r
 141      * Method addSequence\r
 142      * \r
 143      * \r
 144      * \r
 145      * @param vSequence\r
 146      */\r
 147     public void addSequence(org.vamsas.objects.core.Sequence vSequence)\r
 148         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 149     {\r
 150         _sequenceList.addElement(vSequence);\r
 151     } //-- void addSequence(org.vamsas.objects.core.Sequence) \r
 152 \r
 153     /**\r
 154      * Method addSequence\r
 155      * \r
 156      * \r
 157      * \r
 158      * @param index\r
 159      * @param vSequence\r
 160      */\r
 161     public void addSequence(int index, org.vamsas.objects.core.Sequence vSequence)\r
 162         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 163     {\r
 164         _sequenceList.insertElementAt(vSequence, index);\r
 165     } //-- void addSequence(int, org.vamsas.objects.core.Sequence) \r
 166 \r
 167     /**\r
 168      * Method addTree\r
 169      * \r
 170      * \r
 171      * \r
 172      * @param vTree\r
 173      */\r
 174     public void addTree(org.vamsas.objects.core.Tree vTree)\r
 175         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 176     {\r
 177         _treeList.addElement(vTree);\r
 178     } //-- void addTree(org.vamsas.objects.core.Tree) \r
 179 \r
 180     /**\r
 181      * Method addTree\r
 182      * \r
 183      * \r
 184      * \r
 185      * @param index\r
 186      * @param vTree\r
 187      */\r
 188     public void addTree(int index, org.vamsas.objects.core.Tree vTree)\r
 189         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 190     {\r
 191         _treeList.insertElementAt(vTree, index);\r
 192     } //-- void addTree(int, org.vamsas.objects.core.Tree) \r
 193 \r
 194     /**\r
 195      * Method enumerateAlignment\r
 196      * \r
 197      * \r
 198      * \r
 199      * @return Enumeration\r
 200      */\r
 201     public java.util.Enumeration enumerateAlignment()\r
 202     {\r
 203         return _alignmentList.elements();\r
 204     } //-- java.util.Enumeration enumerateAlignment() \r
 205 \r
 206     /**\r
 207      * Method enumerateDataSetAnnotations\r
 208      * \r
 209      * \r
 210      * \r
 211      * @return Enumeration\r
 212      */\r
 213     public java.util.Enumeration enumerateDataSetAnnotations()\r
 214     {\r
 215         return _dataSetAnnotationsList.elements();\r
 216     } //-- java.util.Enumeration enumerateDataSetAnnotations() \r
 217 \r
 218     /**\r
 219      * Method enumerateSequence\r
 220      * \r
 221      * \r
 222      * \r
 223      * @return Enumeration\r
 224      */\r
 225     public java.util.Enumeration enumerateSequence()\r
 226     {\r
 227         return _sequenceList.elements();\r
 228     } //-- java.util.Enumeration enumerateSequence() \r
 229 \r
 230     /**\r
 231      * Method enumerateTree\r
 232      * \r
 233      * \r
 234      * \r
 235      * @return Enumeration\r
 236      */\r
 237     public java.util.Enumeration enumerateTree()\r
 238     {\r
 239         return _treeList.elements();\r
 240     } //-- java.util.Enumeration enumerateTree() \r
 241 \r
 242     /**\r
 243      * Method getAlignment\r
 244      * \r
 245      * \r
 246      * \r
 247      * @param index\r
 248      * @return Alignment\r
 249      */\r
 250     public org.vamsas.objects.core.Alignment getAlignment(int index)\r
 251         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 252     {\r
 253         //-- check bounds for index\r
 254         if ((index < 0) || (index > _alignmentList.size())) {\r
 255             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 256         }\r
 257         \r
 258         return (org.vamsas.objects.core.Alignment) _alignmentList.elementAt(index);\r
 259     } //-- org.vamsas.objects.core.Alignment getAlignment(int) \r
 260 \r
 261     /**\r
 262      * Method getAlignment\r
 263      * \r
 264      * \r
 265      * \r
 266      * @return Alignment\r
 267      */\r
 268     public org.vamsas.objects.core.Alignment[] getAlignment()\r
 269     {\r
 270         int size = _alignmentList.size();\r
 271         org.vamsas.objects.core.Alignment[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Alignment[size];\r
 272         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 273             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Alignment) _alignmentList.elementAt(index);\r
 274         }\r
 275         return mArray;\r
 276     } //-- org.vamsas.objects.core.Alignment[] getAlignment() \r
 277 \r
 278     /**\r
 279      * Method getAlignmentCount\r
 280      * \r
 281      * \r
 282      * \r
 283      * @return int\r
 284      */\r
 285     public int getAlignmentCount()\r
 286     {\r
 287         return _alignmentList.size();\r
 288     } //-- int getAlignmentCount() \r
 289 \r
 290     /**\r
 291      * Method getDataSetAnnotations\r
 292      * \r
 293      * \r
 294      * \r
 295      * @param index\r
 296      * @return DataSetAnnotations\r
 297      */\r
 298     public org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations getDataSetAnnotations(int index)\r
 299         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 300     {\r
 301         //-- check bounds for index\r
 302         if ((index < 0) || (index > _dataSetAnnotationsList.size())) {\r
 303             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 304         }\r
 305         \r
 306         return (org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations) _dataSetAnnotationsList.elementAt(index);\r
 307     } //-- org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations getDataSetAnnotations(int) \r
 308 \r
 309     /**\r
 310      * Method getDataSetAnnotations\r
 311      * \r
 312      * \r
 313      * \r
 314      * @return DataSetAnnotations\r
 315      */\r
 316     public org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations[] getDataSetAnnotations()\r
 317     {\r
 318         int size = _dataSetAnnotationsList.size();\r
 319         org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations[] mArray = new org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations[size];\r
 320         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 321             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations) _dataSetAnnotationsList.elementAt(index);\r
 322         }\r
 323         return mArray;\r
 324     } //-- org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations[] getDataSetAnnotations() \r
 325 \r
 326     /**\r
 327      * Method getDataSetAnnotationsCount\r
 328      * \r
 329      * \r
 330      * \r
 331      * @return int\r
 332      */\r
 333     public int getDataSetAnnotationsCount()\r
 334     {\r
 335         return _dataSetAnnotationsList.size();\r
 336     } //-- int getDataSetAnnotationsCount() \r
 337 \r
 338     /**\r
 339      * Returns the value of field 'id'.\r
 340      * \r
 341      * @return String\r
 342      * @return the value of field 'id'.\r
 343      */\r
 344     public java.lang.String getId()\r
 345     {\r
 346         return this._id;\r
 347     } //-- java.lang.String getId() \r
 348 \r
 349     /**\r
 350      * Returns the value of field 'provenance'.\r
 351      * \r
 352      * @return Provenance\r
 353      * @return the value of field 'provenance'.\r
 354      */\r
 355     public org.vamsas.objects.core.Provenance getProvenance()\r
 356     {\r
 357         return this._provenance;\r
 358     } //-- org.vamsas.objects.core.Provenance getProvenance() \r
 359 \r
 360     /**\r
 361      * Method getSequence\r
 362      * \r
 363      * \r
 364      * \r
 365      * @param index\r
 366      * @return Sequence\r
 367      */\r
 368     public org.vamsas.objects.core.Sequence getSequence(int index)\r
 369         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 370     {\r
 371         //-- check bounds for index\r
 372         if ((index < 0) || (index > _sequenceList.size())) {\r
 373             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 374         }\r
 375         \r
 376         return (org.vamsas.objects.core.Sequence) _sequenceList.elementAt(index);\r
 377     } //-- org.vamsas.objects.core.Sequence getSequence(int) \r
 378 \r
 379     /**\r
 380      * Method getSequence\r
 381      * \r
 382      * \r
 383      * \r
 384      * @return Sequence\r
 385      */\r
 386     public org.vamsas.objects.core.Sequence[] getSequence()\r
 387     {\r
 388         int size = _sequenceList.size();\r
 389         org.vamsas.objects.core.Sequence[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Sequence[size];\r
 390         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 391             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Sequence) _sequenceList.elementAt(index);\r
 392         }\r
 393         return mArray;\r
 394     } //-- org.vamsas.objects.core.Sequence[] getSequence() \r
 395 \r
 396     /**\r
 397      * Method getSequenceCount\r
 398      * \r
 399      * \r
 400      * \r
 401      * @return int\r
 402      */\r
 403     public int getSequenceCount()\r
 404     {\r
 405         return _sequenceList.size();\r
 406     } //-- int getSequenceCount() \r
 407 \r
 408     /**\r
 409      * Method getTree\r
 410      * \r
 411      * \r
 412      * \r
 413      * @param index\r
 414      * @return Tree\r
 415      */\r
 416     public org.vamsas.objects.core.Tree getTree(int index)\r
 417         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 418     {\r
 419         //-- check bounds for index\r
 420         if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {\r
 421             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 422         }\r
 423         \r
 424         return (org.vamsas.objects.core.Tree) _treeList.elementAt(index);\r
 425     } //-- org.vamsas.objects.core.Tree getTree(int) \r
 426 \r
 427     /**\r
 428      * Method getTree\r
 429      * \r
 430      * \r
 431      * \r
 432      * @return Tree\r
 433      */\r
 434     public org.vamsas.objects.core.Tree[] getTree()\r
 435     {\r
 436         int size = _treeList.size();\r
 437         org.vamsas.objects.core.Tree[] mArray = new org.vamsas.objects.core.Tree[size];\r
 438         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 439             mArray[index] = (org.vamsas.objects.core.Tree) _treeList.elementAt(index);\r
 440         }\r
 441         return mArray;\r
 442     } //-- org.vamsas.objects.core.Tree[] getTree() \r
 443 \r
 444     /**\r
 445      * Method getTreeCount\r
 446      * \r
 447      * \r
 448      * \r
 449      * @return int\r
 450      */\r
 451     public int getTreeCount()\r
 452     {\r
 453         return _treeList.size();\r
 454     } //-- int getTreeCount() \r
 455 \r
 456     /**\r
 457      * Method isValid\r
 458      * \r
 459      * \r
 460      * \r
 461      * @return boolean\r
 462      */\r
 463     public boolean isValid()\r
 464     {\r
 465         try {\r
 466             validate();\r
 467         }\r
 468         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 469             return false;\r
 470         }\r
 471         return true;\r
 472     } //-- boolean isValid() \r
 473 \r
 474     /**\r
 475      * Method marshal\r
 476      * \r
 477      * \r
 478      * \r
 479      * @param out\r
 480      */\r
 481     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 482         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 483     {\r
 484         \r
 485         Marshaller.marshal(this, out);\r
 486     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 487 \r
 488     /**\r
 489      * Method marshal\r
 490      * \r
 491      * \r
 492      * \r
 493      * @param handler\r
 494      */\r
 495     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 496         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 497     {\r
 498         \r
 499         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 500     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 501 \r
 502     /**\r
 503      * Method removeAlignment\r
 504      * \r
 505      * \r
 506      * \r
 507      * @param index\r
 508      * @return Alignment\r
 509      */\r
 510     public org.vamsas.objects.core.Alignment removeAlignment(int index)\r
 511     {\r
 512         java.lang.Object obj = _alignmentList.elementAt(index);\r
 513         _alignmentList.removeElementAt(index);\r
 514         return (org.vamsas.objects.core.Alignment) obj;\r
 515     } //-- org.vamsas.objects.core.Alignment removeAlignment(int) \r
 516 \r
 517     /**\r
 518      * Method removeAllAlignment\r
 519      * \r
 520      */\r
 521     public void removeAllAlignment()\r
 522     {\r
 523         _alignmentList.removeAllElements();\r
 524     } //-- void removeAllAlignment() \r
 525 \r
 526     /**\r
 527      * Method removeAllDataSetAnnotations\r
 528      * \r
 529      */\r
 530     public void removeAllDataSetAnnotations()\r
 531     {\r
 532         _dataSetAnnotationsList.removeAllElements();\r
 533     } //-- void removeAllDataSetAnnotations() \r
 534 \r
 535     /**\r
 536      * Method removeAllSequence\r
 537      * \r
 538      */\r
 539     public void removeAllSequence()\r
 540     {\r
 541         _sequenceList.removeAllElements();\r
 542     } //-- void removeAllSequence() \r
 543 \r
 544     /**\r
 545      * Method removeAllTree\r
 546      * \r
 547      */\r
 548     public void removeAllTree()\r
 549     {\r
 550         _treeList.removeAllElements();\r
 551     } //-- void removeAllTree() \r
 552 \r
 553     /**\r
 554      * Method removeDataSetAnnotations\r
 555      * \r
 556      * \r
 557      * \r
 558      * @param index\r
 559      * @return DataSetAnnotations\r
 560      */\r
 561     public org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations removeDataSetAnnotations(int index)\r
 562     {\r
 563         java.lang.Object obj = _dataSetAnnotationsList.elementAt(index);\r
 564         _dataSetAnnotationsList.removeElementAt(index);\r
 565         return (org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations) obj;\r
 566     } //-- org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations removeDataSetAnnotations(int) \r
 567 \r
 568     /**\r
 569      * Method removeSequence\r
 570      * \r
 571      * \r
 572      * \r
 573      * @param index\r
 574      * @return Sequence\r
 575      */\r
 576     public org.vamsas.objects.core.Sequence removeSequence(int index)\r
 577     {\r
 578         java.lang.Object obj = _sequenceList.elementAt(index);\r
 579         _sequenceList.removeElementAt(index);\r
 580         return (org.vamsas.objects.core.Sequence) obj;\r
 581     } //-- org.vamsas.objects.core.Sequence removeSequence(int) \r
 582 \r
 583     /**\r
 584      * Method removeTree\r
 585      * \r
 586      * \r
 587      * \r
 588      * @param index\r
 589      * @return Tree\r
 590      */\r
 591     public org.vamsas.objects.core.Tree removeTree(int index)\r
 592     {\r
 593         java.lang.Object obj = _treeList.elementAt(index);\r
 594         _treeList.removeElementAt(index);\r
 595         return (org.vamsas.objects.core.Tree) obj;\r
 596     } //-- org.vamsas.objects.core.Tree removeTree(int) \r
 597 \r
 598     /**\r
 599      * Method setAlignment\r
 600      * \r
 601      * \r
 602      * \r
 603      * @param index\r
 604      * @param vAlignment\r
 605      */\r
 606     public void setAlignment(int index, org.vamsas.objects.core.Alignment vAlignment)\r
 607         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 608     {\r
 609         //-- check bounds for index\r
 610         if ((index < 0) || (index > _alignmentList.size())) {\r
 611             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 612         }\r
 613         _alignmentList.setElementAt(vAlignment, index);\r
 614     } //-- void setAlignment(int, org.vamsas.objects.core.Alignment) \r
 615 \r
 616     /**\r
 617      * Method setAlignment\r
 618      * \r
 619      * \r
 620      * \r
 621      * @param alignmentArray\r
 622      */\r
 623     public void setAlignment(org.vamsas.objects.core.Alignment[] alignmentArray)\r
 624     {\r
 625         //-- copy array\r
 626         _alignmentList.removeAllElements();\r
 627         for (int i = 0; i < alignmentArray.length; i++) {\r
 628             _alignmentList.addElement(alignmentArray[i]);\r
 629         }\r
 630     } //-- void setAlignment(org.vamsas.objects.core.Alignment) \r
 631 \r
 632     /**\r
 633      * Method setDataSetAnnotations\r
 634      * \r
 635      * \r
 636      * \r
 637      * @param index\r
 638      * @param vDataSetAnnotations\r
 639      */\r
 640     public void setDataSetAnnotations(int index, org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations vDataSetAnnotations)\r
 641         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 642     {\r
 643         //-- check bounds for index\r
 644         if ((index < 0) || (index > _dataSetAnnotationsList.size())) {\r
 645             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 646         }\r
 647         _dataSetAnnotationsList.setElementAt(vDataSetAnnotations, index);\r
 648     } //-- void setDataSetAnnotations(int, org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations) \r
 649 \r
 650     /**\r
 651      * Method setDataSetAnnotations\r
 652      * \r
 653      * \r
 654      * \r
 655      * @param dataSetAnnotationsArray\r
 656      */\r
 657     public void setDataSetAnnotations(org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations[] dataSetAnnotationsArray)\r
 658     {\r
 659         //-- copy array\r
 660         _dataSetAnnotationsList.removeAllElements();\r
 661         for (int i = 0; i < dataSetAnnotationsArray.length; i++) {\r
 662             _dataSetAnnotationsList.addElement(dataSetAnnotationsArray[i]);\r
 663         }\r
 664     } //-- void setDataSetAnnotations(org.vamsas.objects.core.DataSetAnnotations) \r
 665 \r
 666     /**\r
 667      * Sets the value of field 'id'.\r
 668      * \r
 669      * @param id the value of field 'id'.\r
 670      */\r
 671     public void setId(java.lang.String id)\r
 672     {\r
 673         this._id = id;\r
 674     } //-- void setId(java.lang.String) \r
 675 \r
 676     /**\r
 677      * Sets the value of field 'provenance'.\r
 678      * \r
 679      * @param provenance the value of field 'provenance'.\r
 680      */\r
 681     public void setProvenance(org.vamsas.objects.core.Provenance provenance)\r
 682     {\r
 683         this._provenance = provenance;\r
 684     } //-- void setProvenance(org.vamsas.objects.core.Provenance) \r
 685 \r
 686     /**\r
 687      * Method setSequence\r
 688      * \r
 689      * \r
 690      * \r
 691      * @param index\r
 692      * @param vSequence\r
 693      */\r
 694     public void setSequence(int index, org.vamsas.objects.core.Sequence vSequence)\r
 695         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 696     {\r
 697         //-- check bounds for index\r
 698         if ((index < 0) || (index > _sequenceList.size())) {\r
 699             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 700         }\r
 701         _sequenceList.setElementAt(vSequence, index);\r
 702     } //-- void setSequence(int, org.vamsas.objects.core.Sequence) \r
 703 \r
 704     /**\r
 705      * Method setSequence\r
 706      * \r
 707      * \r
 708      * \r
 709      * @param sequenceArray\r
 710      */\r
 711     public void setSequence(org.vamsas.objects.core.Sequence[] sequenceArray)\r
 712     {\r
 713         //-- copy array\r
 714         _sequenceList.removeAllElements();\r
 715         for (int i = 0; i < sequenceArray.length; i++) {\r
 716             _sequenceList.addElement(sequenceArray[i]);\r
 717         }\r
 718     } //-- void setSequence(org.vamsas.objects.core.Sequence) \r
 719 \r
 720     /**\r
 721      * Method setTree\r
 722      * \r
 723      * \r
 724      * \r
 725      * @param index\r
 726      * @param vTree\r
 727      */\r
 728     public void setTree(int index, org.vamsas.objects.core.Tree vTree)\r
 729         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 730     {\r
 731         //-- check bounds for index\r
 732         if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {\r
 733             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 734         }\r
 735         _treeList.setElementAt(vTree, index);\r
 736     } //-- void setTree(int, org.vamsas.objects.core.Tree) \r
 737 \r
 738     /**\r
 739      * Method setTree\r
 740      * \r
 741      * \r
 742      * \r
 743      * @param treeArray\r
 744      */\r
 745     public void setTree(org.vamsas.objects.core.Tree[] treeArray)\r
 746     {\r
 747         //-- copy array\r
 748         _treeList.removeAllElements();\r
 749         for (int i = 0; i < treeArray.length; i++) {\r
 750             _treeList.addElement(treeArray[i]);\r
 751         }\r
 752     } //-- void setTree(org.vamsas.objects.core.Tree) \r
 753 \r
 754     /**\r
 755      * Method unmarshal\r
 756      * \r
 757      * \r
 758      * \r
 759      * @param reader\r
 760      * @return Object\r
 761      */\r
 762     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 763         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 764     {\r
 765         return (org.vamsas.objects.core.DataSet) Unmarshaller.unmarshal(org.vamsas.objects.core.DataSet.class, reader);\r
 766     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 767 \r
 768     /**\r
 769      * Method validate\r
 770      * \r
 771      */\r
 772     public void validate()\r
 773         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 774     {\r
 775         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 776         validator.validate(this);\r
 777     } //-- void validate() \r
 778 \r
 779 }\r