src/vamsas/objects/simple/Alignment.java

   1 /**
   2  * Alignment.java
   3  *
   4  * This file was auto-generated from WSDL
   5  * by the Apache Axis 1.2RC2 Nov 16, 2004 (12:19:44 EST) WSDL2Java emitter.
   6  */
   7
   8 package vamsas.objects.simple;
   9
  10 public class Alignment  extends vamsas.objects.simple.Object  implements java.io.Serializable {
  11     private java.lang.String gapchar;
  12     private java.lang.String[] method;
  13     private vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs;
  14     private vamsas.objects.simple.Sequence[] seqsAsArray;
  15
  16     public Alignment() {
  17     }
  18
  19     public Alignment(
  20            java.lang.String gapchar,
  21            java.lang.String[] method,
  22            vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs,
  23            vamsas.objects.simple.Sequence[] seqsAsArray) {
  24            this.gapchar = gapchar;
  25            this.method = method;
  26            this.seqs = seqs;
  27            this.seqsAsArray = seqsAsArray;
  28     }
  29
  30
  31     /**
  32      * Gets the gapchar value for this Alignment.
  33      *
  34      * @return gapchar
  35      */
  36     public java.lang.String getGapchar() {
  37         return gapchar;
  38     }
  39
  40
  41     /**
  42      * Sets the gapchar value for this Alignment.
  43      *
  44      * @param gapchar
  45      */
  46     public void setGapchar(java.lang.String gapchar) {
  47         this.gapchar = gapchar;
  48     }
  49
  50
  51     /**
  52      * Gets the method value for this Alignment.
  53      *
  54      * @return method
  55      */
  56     public java.lang.String[] getMethod() {
  57         return method;
  58     }
  59
  60
  61     /**
  62      * Sets the method value for this Alignment.
  63      *
  64      * @param method
  65      */
  66     public void setMethod(java.lang.String[] method) {
  67         this.method = method;
  68     }
  69
  70
  71     /**
  72      * Gets the seqs value for this Alignment.
  73      *
  74      * @return seqs
  75      */
  76     public vamsas.objects.simple.SequenceSet getSeqs() {
  77         return seqs;
  78     }
  79
  80
  81     /**
  82      * Sets the seqs value for this Alignment.
  83      *
  84      * @param seqs
  85      */
  86     public void setSeqs(vamsas.objects.simple.SequenceSet seqs) {
  87         this.seqs = seqs;
  88     }
  89
  90
  91     /**
  92      * Gets the seqsAsArray value for this Alignment.
  93      *
  94      * @return seqsAsArray
  95      */
  96     public vamsas.objects.simple.Sequence[] getSeqsAsArray() {
  97         return seqsAsArray;
  98     }
  99
 100
 101     /**
 102      * Sets the seqsAsArray value for this Alignment.
 103      *
 104      * @param seqsAsArray
 105      */
 106     public void setSeqsAsArray(vamsas.objects.simple.Sequence[] seqsAsArray) {
 107         this.seqsAsArray = seqsAsArray;
 108     }
 109
 110     private java.lang.Object __equalsCalc = null;
 111     public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj) {
 112         if (!(obj instanceof Alignment)) return false;
 113         Alignment other = (Alignment) obj;
 114         if (obj == null) return false;
 115         if (this == obj) return true;
 116         if (__equalsCalc != null) {
 117             return (__equalsCalc == obj);
 118         }
 119         __equalsCalc = obj;
 120         boolean _equals;
 121         _equals = super.equals(obj) &&
 122             ((this.gapchar==null && other.getGapchar()==null) ||
 123              (this.gapchar!=null &&
 124               this.gapchar.equals(other.getGapchar()))) &&
 125             ((this.method==null && other.getMethod()==null) ||
 126              (this.method!=null &&
 127               java.util.Arrays.equals(this.method, other.getMethod()))) &&
 128             ((this.seqs==null && other.getSeqs()==null) ||
 129              (this.seqs!=null &&
 130               this.seqs.equals(other.getSeqs()))) &&
 131             ((this.seqsAsArray==null && other.getSeqsAsArray()==null) ||
 132              (this.seqsAsArray!=null &&
 133               java.util.Arrays.equals(this.seqsAsArray, other.getSeqsAsArray())));
 134         __equalsCalc = null;
 135         return _equals;
 136     }
 137
 138     private boolean __hashCodeCalc = false;
 139     public synchronized int hashCode() {
 140         if (__hashCodeCalc) {
 141             return 0;
 142         }
 143         __hashCodeCalc = true;
 144         int _hashCode = super.hashCode();
 145         if (getGapchar() != null) {
 146             _hashCode += getGapchar().hashCode();
 147         }
 148         if (getMethod() != null) {
 149             for (int i=0;
 150                  i<java.lang.reflect.Array.getLength(getMethod());
 151                  i++) {
 152                 java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getMethod(), i);
 153                 if (obj != null &&
 154                     !obj.getClass().isArray()) {
 155                     _hashCode += obj.hashCode();
 156                 }
 157             }
 158         }
 159         if (getSeqs() != null) {
 160             _hashCode += getSeqs().hashCode();
 161         }
 162         if (getSeqsAsArray() != null) {
 163             for (int i=0;
 164                  i<java.lang.reflect.Array.getLength(getSeqsAsArray());
 165                  i++) {
 166                 java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getSeqsAsArray(), i);
 167                 if (obj != null &&
 168                     !obj.getClass().isArray()) {
 169                     _hashCode += obj.hashCode();
 170                 }
 171             }
 172         }
 173         __hashCodeCalc = false;
 174         return _hashCode;
 175     }
 176
 177 }