JAL-1136 give pre-existing custom settings a special name when job parameter settings...
[jalview.git] / src / vamsas / objects / simple / MsaResult.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
10  * 
11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
15  * 
16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
17  */
18 /*
19  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
20  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
21  *
22  * This program is free software; you can redistribute it and/or
23  * modify it under the terms of the GNU General Public License
24  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
25  * of the License, or (at your option) any later version.
26  *
27  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
28  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
29  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
30  * GNU General Public License for more details.
31  *
32  * You should have received a copy of the GNU General Public License
33  * along with this program; if not, write to the Free Software
34  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
35  */
36 package vamsas.objects.simple;
37
38 public class MsaResult extends vamsas.objects.simple.Result implements
39         java.io.Serializable
40 {
41   private vamsas.objects.simple.Alignment msa;
42
43   private java.lang.Object __equalsCalc = null;
44
45   private boolean __hashCodeCalc = false;
46
47   public MsaResult()
48   {
49   }
50
51   public MsaResult(vamsas.objects.simple.Alignment msa)
52   {
53     this.msa = msa;
54   }
55
56   /**
57    * Gets the msa value for this MsaResult.
58    * 
59    * @return msa
60    */
61   public vamsas.objects.simple.Alignment getMsa()
62   {
63     return msa;
64   }
65
66   /**
67    * Sets the msa value for this MsaResult.
68    * 
69    * @param msa
70    */
71   public void setMsa(vamsas.objects.simple.Alignment msa)
72   {
73     this.msa = msa;
74   }
75
76   public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj)
77   {
78     if (!(obj instanceof MsaResult))
79     {
80       return false;
81     }
82
83     MsaResult other = (MsaResult) obj;
84
85     if (obj == null)
86     {
87       return false;
88     }
89
90     if (this == obj)
91     {
92       return true;
93     }
94
95     if (__equalsCalc != null)
96     {
97       return (__equalsCalc == obj);
98     }
99
100     __equalsCalc = obj;
101
102     boolean _equals;
103     _equals = super.equals(obj)
104             && (((this.msa == null) && (other.getMsa() == null)) || ((this.msa != null) && this.msa
105                     .equals(other.getMsa())));
106     __equalsCalc = null;
107
108     return _equals;
109   }
110
111   public synchronized int hashCode()
112   {
113     if (__hashCodeCalc)
114     {
115       return 0;
116     }
117
118     __hashCodeCalc = true;
119
120     int _hashCode = super.hashCode();
121
122     if (getMsa() != null)
123     {
124       _hashCode += getMsa().hashCode();
125     }
126
127     __hashCodeCalc = false;
128
129     return _hashCode;
130   }
131 }