src/vamsas/objects/simple/SequenceSet.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package vamsas.objects.simple;
  19
  20 public class SequenceSet implements java.io.Serializable
  21 {
  22   private vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs;
  23
  24   public SequenceSet()
  25   {
  26   }
  27
  28   public SequenceSet(vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs)
  29   {
  30     this.seqs = seqs;
  31   }
  32
  33   /**
  34    * Gets the seqs value for this SequenceSet.
  35    *
  36    * @return seqs
  37    */
  38   public vamsas.objects.simple.Sequence[] getSeqs()
  39   {
  40     return seqs;
  41   }
  42
  43   /**
  44    * Sets the seqs value for this SequenceSet.
  45    *
  46    * @param seqs
  47    */
  48   public void setSeqs(vamsas.objects.simple.Sequence[] seqs)
  49   {
  50     this.seqs = seqs;
  51   }
  52
  53   private java.lang.Object __equalsCalc = null;
  54
  55   public synchronized boolean equals(java.lang.Object obj)
  56   {
  57     if (!(obj instanceof SequenceSet))
  58       return false;
  59     SequenceSet other = (SequenceSet) obj;
  60     if (obj == null)
  61       return false;
  62     if (this == obj)
  63       return true;
  64     if (__equalsCalc != null)
  65     {
  66       return (__equalsCalc == obj);
  67     }
  68     __equalsCalc = obj;
  69     boolean _equals;
  70     _equals = true && ((this.seqs == null && other.getSeqs() == null) || (this.seqs != null && java.util.Arrays
  71             .equals(this.seqs, other.getSeqs())));
  72     __equalsCalc = null;
  73     return _equals;
  74   }
  75
  76   private boolean __hashCodeCalc = false;
  77
  78   public synchronized int hashCode()
  79   {
  80     if (__hashCodeCalc)
  81     {
  82       return 0;
  83     }
  84     __hashCodeCalc = true;
  85     int _hashCode = 1;
  86     if (getSeqs() != null)
  87     {
  88       for (int i = 0; i < java.lang.reflect.Array.getLength(getSeqs()); i++)
  89       {
  90         java.lang.Object obj = java.lang.reflect.Array.get(getSeqs(), i);
  91         if (obj != null && !obj.getClass().isArray())
  92         {
  93           _hashCode += obj.hashCode();
  94         }
  95       }
  96     }
  97     __hashCodeCalc = false;
  98     return _hashCode;
  99   }
 100
 101 }