src2/fr/orsay/lri/varna/applications/VARNAGUI.java

   1 /*
   2  VARNA is a tool for the automated drawing, visualization and annotation of the secondary structure of RNA, designed as a companion software for web servers and databases.
   3  Copyright (C) 2008  Kevin Darty, Alain Denise and Yann Ponty.
   4  electronic mail : Yann.Ponty@lri.fr
   5  paper mail : LRI, bat 490 Universit� Paris-Sud 91405 Orsay Cedex France
   6
   7  This file is part of VARNA version 3.1.
   8  VARNA version 3.1 is free software: you can redistribute it and/or modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10
  11  VARNA version 3.1 is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT ANY WARRANTY;
  12  without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
  13  See the GNU General Public License for more details.
  14
  15  You should have received a copy of the GNU General Public License along with VARNA version 3.1.
  16  If not, see http://www.gnu.org/licenses.
  17  */
  18 package fr.orsay.lri.varna.applications;
  19
  20 import java.awt.BorderLayout;
  21 import java.awt.Color;
  22 import java.awt.Component;
  23 import java.awt.Dimension;
  24 import java.awt.Font;
  25 import java.awt.GridLayout;
  26 import java.awt.Image;
  27 import java.awt.Point;
  28 import java.awt.Rectangle;
  29 import java.awt.Toolkit;
  30 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  31 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  32 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  33 import java.awt.dnd.DropTarget;
  34 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  35 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  36 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  37 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.event.ActionListener;
  40 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  41 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  42 import java.awt.event.MouseEvent;
  43 import java.awt.event.MouseListener;
  44 import java.awt.geom.Point2D.Double;
  45 import java.io.File;
  46 import java.text.DateFormat;
  47 import java.util.ArrayList;
  48 import java.util.Collection;
  49 import java.util.Date;
  50 import java.util.Hashtable;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Set;
  53
  54 import javax.swing.DefaultListModel;
  55 import javax.swing.DefaultListSelectionModel;
  56 import javax.swing.Icon;
  57 import javax.swing.JButton;
  58 import javax.swing.JFrame;
  59 import javax.swing.JLabel;
  60 import javax.swing.JList;
  61 import javax.swing.JOptionPane;
  62 import javax.swing.JPanel;
  63 import javax.swing.JScrollBar;
  64 import javax.swing.JScrollPane;
  65 import javax.swing.JSplitPane;
  66 import javax.swing.JTextField;
  67 import javax.swing.ListModel;
  68 import javax.swing.ListSelectionModel;
  69 import javax.swing.UIManager;
  70 import javax.swing.UnsupportedLookAndFeelException;
  71 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  72 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  73 import javax.swing.text.BadLocationException;
  74 import javax.swing.text.DefaultHighlighter;
  75
  76 import fr.orsay.lri.varna.VARNAPanel;
  77 import fr.orsay.lri.varna.components.ReorderableJList;
  78 import fr.orsay.lri.varna.components.ZoomWindow;
  79 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionFileFormatOrSyntax;
  80 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionLoadingFailed;
  81 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionNonEqualLength;
  82 import fr.orsay.lri.varna.exceptions.ExceptionUnmatchedClosingParentheses;
  83 import fr.orsay.lri.varna.factories.RNAFactory;
  84 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNAListener;
  85 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNARNAListener;
  86 import fr.orsay.lri.varna.interfaces.InterfaceVARNASelectionListener;
  87 import fr.orsay.lri.varna.models.BaseList;
  88 import fr.orsay.lri.varna.models.FullBackup;
  89 import fr.orsay.lri.varna.models.VARNAConfig;
  90 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.Mapping;
  91 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleBP;
  92 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.ModeleBase;
  93 import fr.orsay.lri.varna.models.rna.RNA;
  94
  95 public class VARNAGUI extends JFrame implements DropTargetListener, InterfaceVARNAListener, MouseListener, AdjustmentListener {
  96
  97   /**
  98    *
  99    */
 100   private static final long serialVersionUID = -790155708306987257L;
 101
 102   private static final String DEFAULT_SEQUENCE = "CAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIACAGCACGACACUAGCAGUCAGUGUCAGACUGCAIA";
 103
 104   private static final String DEFAULT_STRUCTURE1 = "..(((((...(((((...(((((...(((((.....)))))...))))).....(((((...(((((.....)))))...))))).....)))))...)))))..";
 105   private static final String DEFAULT_STRUCTURE2 = "..(((((...(((((...(((((........(((((...(((((.....)))))...)))))..................))))).....)))))...)))))..";
 106   // private static final String DEFAULT_STRUCTURE1 = "((((....))))";
 107   // private static final String DEFAULT_STRUCTURE2 =
 108   // "((((..(((....)))..))))";
 109
 110   private VARNAPanel _vp;
 111
 112   private JPanel _tools = new JPanel();
 113   private JPanel _input = new JPanel();
 114
 115   private JPanel _seqPanel = new JPanel();
 116   private JPanel _strPanel = new JPanel();
 117   private JLabel _info = new JLabel();
 118
 119   private JTextField _str = new JTextField(DEFAULT_STRUCTURE1);
 120   Object _hoverHighlightStr = null;
 121   ArrayList<Object> _selectionHighlightStr = new ArrayList<Object>();
 122
 123   private JTextField _seq = new JTextField(DEFAULT_SEQUENCE);
 124   Object _hoverHighlightSeq = null;
 125   ArrayList<Object> _selectionHighlightSeq = new ArrayList<Object>();
 126
 127
 128   private ZoomWindow _zoomWindow;
 129   private JLabel _strLabel = new JLabel(" Str:");
 130   private JLabel _seqLabel = new JLabel(" Seq:");
 131   private JButton _createButton = new JButton("Create");
 132   private JButton _deleteButton = new JButton("Delete");
 133   private JButton _duplicateButton = new JButton("Snapshot");
 134
 135   private JPanel _listPanel = new JPanel();
 136   private ReorderableJList _sideList = null;
 137
 138
 139   private static String errorOpt = "error";
 140   @SuppressWarnings("unused")
 141   private boolean _error;
 142
 143   private Color _backgroundColor = Color.white;
 144
 145   private JScrollBar _vert = new JScrollBar(JScrollBar.VERTICAL);
 146   private JScrollBar _horiz = new JScrollBar(JScrollBar.HORIZONTAL);
 147
 148   private static int _nextID = 1;
 149   @SuppressWarnings("unused")
 150   private int _algoCode;
 151
 152   private BackupHolder _rnaList;
 153
 154
 155   public VARNAGUI() {
 156     super("VARNA GUI");
 157     RNAPanelDemoInit();
 158   }
 159
 160   private void RNAPanelDemoInit()
 161   {
 162       DefaultListModel dlm = new DefaultListModel();
 163
 164
 165     int marginTools = 40;
 166
 167       DefaultListSelectionModel m = new DefaultListSelectionModel();
 168       m.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 169       m.setLeadAnchorNotificationEnabled(false);
 170
 171
 172     _sideList = new ReorderableJList();
 173     _sideList.setModel(dlm);
 174     _sideList.addMouseListener(this);
 175       _sideList.setSelectionModel(m);
 176       _sideList.setPreferredSize(null);
 177
 178       _sideList.addListSelectionListener( new ListSelectionListener(){
 179       public void valueChanged(ListSelectionEvent arg0) {
 180         //System.out.println(arg0);
 181         if (!_sideList.isSelectionEmpty() && !arg0.getValueIsAdjusting())
 182         {
 183           FullBackup  sel = (FullBackup) _sideList.getSelectedValue();
 184           _vp.setConfig(sel.config);
 185           showRNA(sel.rna);
 186           _seq.setText(sel.rna.getSeq());
 187           _str.setText(sel.rna.getStructDBN(true));
 188         }
 189       }
 190       });
 191
 192       _rnaList = new BackupHolder(dlm,_sideList);
 193     RNA _RNA1 = new RNA("User defined 1");
 194     RNA _RNA2 = new RNA("User defined 2");
 195     try {
 196       _vp = new VARNAPanel("0",".");
 197       _zoomWindow = new ZoomWindow(_vp);
 198       _RNA1.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE1);
 199       _RNA1.drawRNARadiate(_vp.getConfig());
 200       _RNA2.setRNA(DEFAULT_SEQUENCE, DEFAULT_STRUCTURE2);
 201       _RNA2.drawRNARadiate(_vp.getConfig());
 202     } catch (ExceptionNonEqualLength e) {
 203       _vp.errorDialog(e);
 204     } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e2) {
 205     e2.printStackTrace();
 206     } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e3) {
 207     e3.printStackTrace();
 208     }
 209     _vp.setPreferredSize(new Dimension(400, 400));
 210       _rnaList.add(_vp.getConfig().clone(),_RNA2,generateDefaultName());
 211       _rnaList.add(_vp.getConfig().clone(),_RNA1,generateDefaultName(),true);
 212
 213
 214       JScrollPane listScroller = new JScrollPane(_sideList);//,JScrollPane.VERTICAL_SCROLLBAR_ALWAYS,JScrollPane.HORIZONTAL_SCROLLBAR_AS_NEEDED);
 215       listScroller.setPreferredSize(new Dimension(150, 0));
 216
 217     setBackground(_backgroundColor);
 218     _vp.setBackground(_backgroundColor);
 219
 220
 221     Font textFieldsFont = Font.decode("MonoSpaced-PLAIN-12");
 222
 223     _seqLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 224     _seqLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 225     _seq.setFont(textFieldsFont);
 226     _seq.setText(DEFAULT_SEQUENCE);
 227
 228     _createButton.addActionListener(new ActionListener() {
 229       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 230         try {
 231         RNA nRNA = new RNA(generateDefaultName());
 232         nRNA.setRNA(_seq.getText(), _str.getText());
 233         nRNA.drawRNARadiate(_vp.getConfig());
 234         _rnaList.add(new VARNAConfig(),nRNA,true);
 235         } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1) {
 236           JOptionPane.showMessageDialog(_vp, e1.getMessage(),"Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 237         } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 238           JOptionPane.showMessageDialog(_vp, e1.getMessage(),"Error", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 239         }
 240       }
 241     });
 242
 243
 244     _seqPanel.setLayout(new BorderLayout());
 245     _seqPanel.add(_seqLabel, BorderLayout.WEST);
 246     _seqPanel.add(_seq, BorderLayout.CENTER);
 247
 248     _strLabel.setPreferredSize(new Dimension(marginTools, 15));
 249     _strLabel.setHorizontalTextPosition(JLabel.LEFT);
 250     _str.setFont(textFieldsFont);
 251     _strPanel.setLayout(new BorderLayout());
 252     _strPanel.add(_strLabel, BorderLayout.WEST);
 253     _strPanel.add(_str, BorderLayout.CENTER);
 254
 255     _input.setLayout(new GridLayout(2, 0));
 256     _input.add(_seqPanel);
 257     _input.add(_strPanel);
 258
 259     JPanel goPanel = new JPanel();
 260     goPanel.setLayout(new BorderLayout());
 261
 262     _tools.setLayout(new BorderLayout());
 263     _tools.add(_input, BorderLayout.CENTER);
 264     _tools.add(_info, BorderLayout.SOUTH);
 265     _tools.add(goPanel, BorderLayout.EAST);
 266
 267     _deleteButton.addActionListener(new ActionListener() {
 268       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 269         _rnaList.removeSelected();
 270       }
 271     });
 272     // BH 2018 SwingJS can't clone, as it does not implement serialization
 273     if (/** @j2sNative false && */ true)
 274       _duplicateButton.addActionListener(new ActionListener() {
 275       public void actionPerformed(ActionEvent e) {
 276           _rnaList.add((VARNAConfig)_vp.getConfig().clone(),_vp.getRNA().clone(),_vp.getRNA().getName()+"-"+DateFormat.getTimeInstance(DateFormat.LONG).format(new Date()),true);
 277       }});
 278
 279     JPanel ops = new JPanel();
 280     ops.setLayout(new GridLayout(1,2));
 281     ops.add(_deleteButton);
 282                 if (/** @j2sNative false && */ true)
 283                   ops.add(_duplicateButton);
 284
 285     JPanel opspanel = new JPanel(new BorderLayout());
 286     opspanel.add(ops,BorderLayout.NORTH);
 287     opspanel.add(_zoomWindow,BorderLayout.SOUTH);
 288
 289     _zoomWindow.setPreferredSize(new Dimension(-1,200));
 290
 291
 292     JLabel j = new JLabel("Structure Manager",JLabel.CENTER);
 293     _listPanel.setLayout(new BorderLayout());
 294
 295     _listPanel.add(opspanel,BorderLayout.SOUTH);
 296     _listPanel.add(j,BorderLayout.NORTH);
 297     _listPanel.add(listScroller,BorderLayout.CENTER);
 298
 299     goPanel.add(_createButton, BorderLayout.CENTER);
 300
 301     JPanel vpScroll = new JPanel();
 302     vpScroll.setLayout(new BorderLayout());
 303     _horiz.setVisible(false);
 304     _horiz.addAdjustmentListener(this);
 305     _vert.setVisible(false);
 306     _vert.addAdjustmentListener(this);
 307     vpScroll.add(_horiz,BorderLayout.SOUTH);
 308     vpScroll.add(_vert,BorderLayout.EAST);
 309     vpScroll.add(_vp,BorderLayout.CENTER);
 310     JSplitPane split = new JSplitPane(JSplitPane.HORIZONTAL_SPLIT,true,_listPanel,vpScroll);
 311     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 312     getContentPane().add(split, BorderLayout.CENTER);
 313     getContentPane().add(_tools, BorderLayout.NORTH);
 314
 315
 316     setVisible(true);
 317     DropTarget dt = new DropTarget(_vp, this);
 318
 319     _vp.addRNAListener(new InterfaceVARNARNAListener(){
 320       public void onSequenceModified(int index, String oldseq, String newseq) {
 321         //System.out.println("Sequence changed: Index:"+index+" ["+oldseq+"]=>["+newseq+"]");
 322       }
 323
 324       public void onStructureModified(Set<ModeleBP> current,
 325           Set<ModeleBP> addedBasePairs, Set<ModeleBP> removedBasePairs) {
 326         String result = "";
 327         //System.out.println("Structure changed: ");
 328         for (ModeleBP s:addedBasePairs)
 329         {  result +=s;  }
 330         //System.out.println("     Added: "+result);
 331         result = "";
 332         for (ModeleBP s:removedBasePairs)
 333         {  result +=s;  }
 334         //System.out.println("   Removed: "+result);
 335       }
 336
 337       public void onRNALayoutChanged(Hashtable<Integer, Double> previousPositions) {
 338         //System.out.print("Layout changed, bases#: ");
 339         String result = "";
 340         for (Integer s:previousPositions.keySet())
 341         {  result +=s+" ";  }
 342         //System.out.println(result);
 343       }
 344
 345     });
 346
 347     _vp.addSelectionListener(new InterfaceVARNASelectionListener(){
 348
 349       public void onHoverChanged(ModeleBase oldbase, ModeleBase newBase) {
 350         if (_hoverHighlightSeq!=null)
 351         {
 352           _seq.getHighlighter().removeHighlight(_hoverHighlightSeq);
 353           _hoverHighlightSeq = null;
 354         }
 355         if (_hoverHighlightStr!=null)
 356         {
 357           _str.getHighlighter().removeHighlight(_hoverHighlightStr);
 358           _hoverHighlightStr = null;
 359         }
 360         if (newBase!=null)
 361         {
 362           try {
 363             int i = newBase.getIndex();
 364             int[] shifts = _vp.getRNA().getStrandShifts();
 365             _hoverHighlightSeq = _seq.getHighlighter().addHighlight(i+shifts[i], i+shifts[i]+1, new DefaultHighlighter.DefaultHighlightPainter(Color.green) );
 366             _hoverHighlightStr = _str.getHighlighter().addHighlight(i+shifts[i], i+shifts[i]+1, new DefaultHighlighter.DefaultHighlightPainter(Color.green) );
 367           } catch (BadLocationException e) {
 368             e.printStackTrace();
 369           }
 370         }
 371       }
 372
 373       public void onSelectionChanged(BaseList selection,
 374           BaseList addedBases, BaseList removedBases) {
 375         for(Object tag: _selectionHighlightSeq)
 376         {
 377           _seq.getHighlighter().removeHighlight(tag);
 378         }
 379         _selectionHighlightSeq.clear();
 380         for(Object tag: _selectionHighlightStr)
 381         {
 382           _str.getHighlighter().removeHighlight(tag);
 383         }
 384         _selectionHighlightStr.clear();
 385         int[] shifts = _vp.getRNA().getStrandShifts();
 386         for (ModeleBase m: selection.getBases())
 387         {
 388           try {
 389             int i = m.getIndex();
 390             _selectionHighlightSeq.add(_seq.getHighlighter().addHighlight(i+shifts[i], i+shifts[i]+1, new DefaultHighlighter.DefaultHighlightPainter(Color.orange) ));
 391             _selectionHighlightStr.add(_str.getHighlighter().addHighlight(i+shifts[i], i+shifts[i]+1, new DefaultHighlighter.DefaultHighlightPainter(Color.orange) ));
 392           } catch (BadLocationException e) {
 393             e.printStackTrace();
 394           }
 395         }
 396       }
 397
 398     });
 399
 400     _vp.addVARNAListener(this);
 401
 402     new Thread(_zoomWindow).start();
 403   }
 404
 405   protected void showRNA(RNA rna) {
 406     _vp.showRNAInterpolated(rna);
 407     _zoomWindow.repaint();
 408   }
 409
 410
 411   public void addRNA(RNA r, VARNAConfig cfg)
 412   {
 413     _rnaList.add(cfg,r);
 414   }
 415
 416   public static String generateDefaultName()
 417   {
 418     return "User file #"+_nextID++;
 419   }
 420
 421   public RNA getRNA() {
 422     return (RNA)_sideList.getSelectedValue();
 423   }
 424
 425
 426
 427   public String[][] getParameterInfo() {
 428     String[][] info = {
 429         // Parameter Name Kind of Value Description,
 430         { "sequenceDBN", "String", "A raw RNA sequence" },
 431         { "structureDBN", "String",
 432             "An RNA structure in dot bracket notation (DBN)" },
 433         { errorOpt, "boolean", "To show errors" }, };
 434     return info;
 435   }
 436
 437   public void init() {
 438     _vp.setBackground(_backgroundColor);
 439     _error = true;
 440   }
 441
 442   @SuppressWarnings("unused")
 443   private Color getSafeColor(String col, Color def) {
 444     Color result;
 445     try {
 446       result = Color.decode(col);
 447     } catch (Exception e) {
 448       try {
 449         result = Color.getColor(col, def);
 450       } catch (Exception e2) {
 451         return def;
 452       }
 453     }
 454     return result;
 455   }
 456
 457   public VARNAPanel get_varnaPanel() {
 458     return _vp;
 459   }
 460
 461   public void set_varnaPanel(VARNAPanel surface) {
 462     _vp = surface;
 463   }
 464
 465
 466   public JTextField get_seq() {
 467     return _seq;
 468   }
 469
 470   public void set_seq(JTextField _seq) {
 471     this._seq = _seq;
 472   }
 473
 474   public JLabel get_info() {
 475     return _info;
 476   }
 477
 478   public void set_info(JLabel _info) {
 479     this._info = _info;
 480   }
 481
 482   public static void main(String[] args) {
 483     List<Image> icons = new ArrayList<Image>();
 484     //JOptionPane.showMessageDialog(null, ""+Toolkit.getDefaultToolkit().getImage("./VARNA16x16.png"), "Check", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 485     icons.add(Toolkit.getDefaultToolkit().getImage("./VARNA16x16.png"));
 486     icons.add(Toolkit.getDefaultToolkit().getImage("./VARNA32x32.png"));
 487     icons.add(Toolkit.getDefaultToolkit().getImage("./VARNA64x64.png"));
 488     VARNAGUI d = new VARNAGUI();
 489     d.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 490     d.pack();
 491     d.setIconImages(icons);
 492     d.setVisible(true);
 493   }
 494
 495
 496   public void dragEnter(DropTargetDragEvent arg0) {
 497     // TODO Auto-generated method stub
 498
 499   }
 500
 501   public void dragExit(DropTargetEvent arg0) {
 502     // TODO Auto-generated method stub
 503
 504   }
 505
 506   public void dragOver(DropTargetDragEvent arg0) {
 507     // TODO Auto-generated method stub
 508
 509   }
 510
 511   public void drop(DropTargetDropEvent dtde) {
 512       try {
 513           Transferable tr = dtde.getTransferable();
 514           DataFlavor[] flavors = tr.getTransferDataFlavors();
 515           for (int i = 0; i < flavors.length; i++) {
 516       if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType()) {
 517         dtde.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 518         Object ob = tr.getTransferData(flavors[i]);
 519         if (ob instanceof List)
 520         {
 521           List list = (List) ob;
 522           for (int j = 0; j < list.size(); j++) {
 523           Object o = list.get(j);
 524
 525           if (dtde.getSource() instanceof DropTarget)
 526           {
 527             DropTarget dt = (DropTarget) dtde.getSource();
 528             Component c = dt.getComponent();
 529             if (c instanceof VARNAPanel)
 530             {
 531             String path = o.toString();
 532               VARNAPanel vp = (VARNAPanel) c;
 533             try{
 534               FullBackup bck =  VARNAPanel.importSession((File) o);  // BH SwingJS
 535               _rnaList.add(bck.config, bck.rna,bck.name,true);
 536             }
 537             catch (ExceptionLoadingFailed e3)
 538             {
 539               ArrayList<RNA> rnas = RNAFactory.loadSecStr((File) o); // BH SwingJS
 540               if (rnas.isEmpty())
 541               {
 542                 throw new ExceptionFileFormatOrSyntax("No RNA could be parsed from that source.");
 543               }
 544
 545                 dtde.dropComplete(true);
 546               _vp.getVARNAUI().UIChooseRNAs(rnas);
 547                 return;
 548               /*
 549               for(RNA r: rnas)
 550               {
 551                 r.drawRNA(vp.getConfig());
 552                 String name = r.getName();
 553                 if (name.equals(""))
 554                 {
 555                   name = path.substring(path.lastIndexOf(File.separatorChar)+1);
 556                 }
 557                 if (rnas.size()>1)
 558                 {
 559                   name += " - Molecule# "+id++;
 560                 }
 561                 _rnaList.add(vp.getConfig().clone(),r,name,true);
 562               }*/
 563             }
 564             }
 565           }
 566           }
 567         }
 568         // If we made it this far, everything worked.
 569         dtde.dropComplete(true);
 570         return;
 571       }
 572           }
 573           // Hmm, the user must not have dropped a file list
 574           dtde.rejectDrop();
 575         } catch (Exception e) {
 576           e.printStackTrace();
 577           dtde.rejectDrop();
 578         }
 579
 580   }
 581
 582   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent arg0) {
 583   }
 584
 585   private class BackupHolder{
 586     private DefaultListModel _rnaList;
 587     private ArrayList<RNA> _rnas = new ArrayList<RNA>();
 588     JList _l;
 589
 590     public BackupHolder(DefaultListModel rnaList, JList l)
 591     {
 592       _rnaList = rnaList;
 593       _l = l;
 594     }
 595
 596     public void add(VARNAConfig c, RNA r)
 597     {
 598       add(c, r, r.getName(),false);
 599     }
 600
 601     public void add(VARNAConfig c, RNA r,boolean select)
 602     {
 603       add(c, r, r.getName(),select);
 604     }
 605
 606     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name)
 607     {
 608       add(c, r, name,false);
 609     }
 610     public void add(VARNAConfig c, RNA r, String name, boolean select)
 611     {
 612       if (!_rnas.contains(r))
 613       {
 614       if (select){
 615         _l.removeSelectionInterval(0, _rnaList.size());
 616       }
 617       if (name.equals(""))
 618       {
 619         name = generateDefaultName();
 620       }
 621       FullBackup bck = new FullBackup(c,r,name);
 622       _rnas.add(0, r);
 623       _rnaList.add(0,bck);
 624       _l.doLayout();
 625       if (select){
 626         _l.setSelectedIndex(0);
 627       }
 628       }
 629     }
 630
 631     public void remove(int i)
 632     {
 633       _rnas.remove(i);
 634       _rnaList.remove(i);
 635
 636     }
 637     public DefaultListModel getModel()
 638     {
 639       return _rnaList;
 640     }
 641     public boolean contains(RNA r)
 642     {
 643       return _rnas.contains(r);
 644     }
 645     /*public int getSize()
 646     {
 647       return _rnaList.getSize();
 648     }*/
 649     public FullBackup getElementAt(int i)
 650     {
 651       return (FullBackup) _rnaList.getElementAt(i);
 652     }
 653
 654     public void removeSelected()
 655     {
 656       int i = _l.getSelectedIndex();
 657       if (i!=-1)
 658       {
 659         if (_rnaList.getSize()==1)
 660         {
 661           RNA r = new RNA();
 662           try {
 663           r.setRNA(" ", ".");
 664           } catch (ExceptionUnmatchedClosingParentheses e1) {
 665           } catch (ExceptionFileFormatOrSyntax e1) {
 666           }
 667           showRNA(r);
 668         }
 669         else
 670         {
 671          int newi = i+1;
 672          if (newi==_rnaList.getSize())
 673          {
 674            newi = _rnaList.getSize()-2;
 675          }
 676          FullBackup bck = (FullBackup) _rnaList.getElementAt(newi);
 677          _l.setSelectedValue(bck,true);
 678         }
 679         _rnaList.remove(i);
 680       }
 681
 682     }
 683   }
 684
 685   public void onStructureRedrawn() {
 686     // TODO Auto-generated method stub
 687
 688   }
 689
 690   public void onUINewStructure(VARNAConfig v, RNA r) {
 691     _rnaList.add(v, r,r.getName(),true);
 692     onZoomLevelChanged();
 693   }
 694
 695   public void onWarningEmitted(String s) {
 696     // TODO Auto-generated method stub
 697
 698   }
 699
 700   public void mouseClicked(MouseEvent e) {
 701          if(e.getClickCount() == 2){
 702            int index = _sideList.locationToIndex(e.getPoint());
 703            ListModel dlm = _sideList.getModel();
 704            FullBackup item = (FullBackup) dlm.getElementAt(index);;
 705            _sideList.ensureIndexIsVisible(index);
 706            Object newName = JOptionPane.showInputDialog(
 707                   this,
 708                   "Specify a new name for this RNA",
 709                   "Rename RNA",
 710                   JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 711                   (Icon)null,
 712                   null,
 713                   item.toString());
 714            if (newName!=null)
 715            {
 716              item.name = newName.toString();
 717              this._sideList.repaint();
 718            }
 719            }
 720   }
 721
 722   public void mouseEntered(MouseEvent arg0) {
 723     // TODO Auto-generated method stub
 724
 725   }
 726
 727   public void mouseExited(MouseEvent arg0) {
 728     // TODO Auto-generated method stub
 729
 730   }
 731
 732   public void mousePressed(MouseEvent arg0) {
 733     // TODO Auto-generated method stub
 734
 735   }
 736
 737   public void mouseReleased(MouseEvent arg0) {
 738     // TODO Auto-generated method stub
 739
 740   }
 741
 742   public void onZoomLevelChanged() {
 743     if (_vp.getZoom()>1.02)
 744     {
 745       Rectangle r = _vp.getZoomedInTranslationBox();
 746       _horiz.setMinimum(r.x);
 747       _horiz.setMaximum(r.x+r.width+_vp.getWidth());
 748       _horiz.getModel().setExtent(_vp.getWidth());
 749       _horiz.getModel().setValue(_vp.getTranslation().x);
 750       _horiz.doLayout();
 751       _horiz.setVisible(true);
 752
 753       _vert.setMinimum(r.y);
 754       _vert.setMaximum(r.y+r.height+_vp.getHeight());
 755       _vert.getModel().setExtent(_vp.getHeight());
 756       _vert.getModel().setValue(_vp.getTranslation().y);
 757       _vert.doLayout();
 758       _vert.setVisible(true);
 759     }
 760     else
 761     {
 762       _horiz.setVisible(false);
 763       _vert.setVisible(false);
 764     }
 765   }
 766
 767   public void onTranslationChanged() {
 768     if (_vp.getZoom()>1.02)
 769     {
 770       int nx = _horiz.getMaximum()-(_vp.getTranslation().x-_horiz.getMinimum())-_vp.getWidth();
 771       int ny = _vert.getMaximum()-(_vp.getTranslation().y-_vert.getMinimum())-_vp.getHeight();
 772       _horiz.getModel().setValue(nx);
 773       _horiz.doLayout();
 774       _vert.getModel().setValue(ny);
 775       _vert.doLayout();
 776     }
 777   }
 778
 779   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent arg0) {
 780     if (arg0.getSource()==_horiz)
 781     {
 782       _vp.setTranslation(new Point(_horiz.getMaximum()-(arg0.getValue()-_horiz.getMinimum())-_vp.getWidth(),_vp.getTranslation().y));
 783       _vp.repaint();
 784     }
 785     else if (arg0.getSource()==_vert)
 786     {
 787       _vp.setTranslation(new Point(_vp.getTranslation().x,_vert.getMaximum()-(arg0.getValue()-_vert.getMinimum())-_vp.getHeight()));
 788       _vp.repaint();
 789     }
 790   }
 791 }