JAL-2629 fix expected length error for hmmbuild by uniquifying sequences
[jalview.git] / test / MCview / BondTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package MCview;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24
25 import jalview.gui.JvOptionPane;
26
27 import org.testng.annotations.BeforeClass;
28 import org.testng.annotations.Test;
29
30 public class BondTest
31 {
32
33   @BeforeClass(alwaysRun = true)
34   public void setUpJvOptionPane()
35   {
36     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
37     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
38   }
39
40   @Test(groups = { "Functional" })
41   public void testTranslate()
42   {
43     Atom a1 = new Atom(1f, 2f, 3f);
44     Atom a2 = new Atom(7f, 6f, 5f);
45     Bond b = new Bond(a1, a2);
46     b.translate(8f, 9f, 10f);
47     assertEquals(9f, b.start[0], 0.0001f);
48     assertEquals(11f, b.start[1], 0.0001f);
49     assertEquals(13f, b.start[2], 0.0001f);
50     assertEquals(15f, b.end[0], 0.0001f);
51     assertEquals(15f, b.end[1], 0.0001f);
52     assertEquals(15f, b.end[2], 0.0001f);
53   }
54 }