test/MCview/PDBfileTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
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  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertFalse;
  25 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  26 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  27 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  28
  29 import jalview.datamodel.Alignment;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  32 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  33 import jalview.datamodel.Sequence;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  36
  37 import java.io.IOException;
  38 import java.util.List;
  39
  40 import org.testng.annotations.Test;
  41
  42 public class PDBfileTest
  43 {
  44   @Test(groups = { "Functional" })
  45   public void testIsRna()
  46   {
  47     SequenceI seq = new Sequence("Seq1", "CGAU");
  48     assertTrue(PDBfile.isRNA(seq));
  49
  50     seq.setSequence("CGAu");
  51     assertFalse(PDBfile.isRNA(seq));
  52
  53     seq.setSequence("CGAT");
  54     assertFalse(PDBfile.isRNA(seq));
  55
  56     seq.setSequence("GRSWYFLAVM");
  57     assertFalse(PDBfile.isRNA(seq));
  58   }
  59
  60   /**
  61    * Test the 'high level' outputs of parsing. More detailed tests in
  62    * PDBChainTest.
  63    *
  64    * @throws IOException
  65    */
  66   @Test(groups = { "Functional" })
  67   public void testParse() throws IOException
  68   {
  69     /*
  70      * Constructor with file path performs parse()
  71      */
  72     PDBfile pf = new PDBfile(false, false, false, "examples/3W5V.pdb",
  73             AppletFormatAdapter.FILE);
  74
  75     assertEquals("3W5V", pf.getId());
  76     // verify no alignment annotations created
  77     assertNull(getAlignmentAnnotations(pf));
  78
  79     assertEquals(4, pf.getChains().size());
  80     assertEquals("A", pf.getChains().get(0).id);
  81     assertEquals("B", pf.getChains().get(1).id);
  82     assertEquals("C", pf.getChains().get(2).id);
  83     assertEquals("D", pf.getChains().get(3).id);
  84
  85     PDBChain chainA = pf.getChains().get(0);
  86     SequenceI seqA = pf.getSeqs().get(0);
  87
  88     assertEquals(0, chainA.seqstart); // not set
  89     assertEquals(0, chainA.seqend); // not set
  90     assertEquals(18, chainA.sequence.getStart());
  91     assertEquals(314, chainA.sequence.getEnd());
  92     assertTrue(chainA.sequence.getSequenceAsString().startsWith("KCSKKQEE"));
  93     assertTrue(chainA.sequence.getSequenceAsString().endsWith("WNVEVY"));
  94     assertEquals("3W5V|A", chainA.sequence.getName());
  95     assertNull(chainA.sequence.getAnnotation());
  96     assertEquals(1, seqA.getAllPDBEntries().size());
  97     PDBEntry pdb = seqA.getAllPDBEntries().get(0);
  98     assertEquals("A", pdb.getChainCode());
  99     assertEquals("PDB", pdb.getType());
 100     assertEquals("3W5V", pdb.getId());
 101
 102     PDBChain chainB = pf.getChains().get(1);
 103     assertEquals(1, chainB.sequence.getStart());
 104     assertEquals(96, chainB.sequence.getEnd());
 105     assertTrue(chainB.sequence.getSequenceAsString().startsWith("ATYNVK"));
 106     assertTrue(chainB.sequence.getSequenceAsString().endsWith("KEEELT"));
 107     assertEquals("3W5V|B", chainB.sequence.getName());
 108
 109     PDBChain chainC = pf.getChains().get(2);
 110     assertEquals(18, chainC.sequence.getStart());
 111     assertEquals(314, chainC.sequence.getEnd());
 112     assertTrue(chainC.sequence.getSequenceAsString().startsWith("KCSKKQEE"));
 113     assertTrue(chainC.sequence.getSequenceAsString().endsWith("WNVEVY"));
 114     assertEquals("3W5V|C", chainC.sequence.getName());
 115
 116     PDBChain chainD = pf.getChains().get(3);
 117     assertEquals(1, chainD.sequence.getStart());
 118     assertEquals(96, chainD.sequence.getEnd());
 119     assertTrue(chainD.sequence.getSequenceAsString().startsWith("ATYNVK"));
 120     assertTrue(chainD.sequence.getSequenceAsString().endsWith("KEEELT"));
 121     assertEquals("3W5V|D", chainD.sequence.getName());
 122
 123     /*
 124      * verify PDB-related data in parsed sequences
 125      */
 126     List<SequenceI> seqs = pf.getSeqs();
 127     assertEquals(4, seqs.size());
 128     assertEquals("3W5V|A", seqs.get(0).getName());
 129     assertEquals("3W5V|B", seqs.get(1).getName());
 130     assertEquals("3W5V|C", seqs.get(2).getName());
 131     assertEquals("3W5V|D", seqs.get(3).getName());
 132     assertEquals(1, seqs.get(0).getAllPDBEntries().size());
 133     PDBEntry pdbe = seqs.get(0).getAllPDBEntries().get(0);
 134     assertEquals("A", pdbe.getChainCode());
 135     assertEquals("3W5V", pdbe.getId());
 136     assertEquals(PDBEntry.Type.PDB.toString(), pdbe.getType());
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Test parsing, with annotations added to the alignment but no secondary
 141    * structure prediction
 142    *
 143    * @throws IOException
 144    */
 145   @Test(groups = { "Functional" })
 146   public void testParse_withAnnotations_noSS() throws IOException
 147   {
 148     PDBfile pf = new PDBfile(true, false, false, "examples/3W5V.pdb",
 149             AppletFormatAdapter.FILE);
 150
 151     AlignmentAnnotation[] anns = getAlignmentAnnotations(pf);
 152     assertEquals(4, anns.length);
 153
 154     /*
 155      * Inspect temp factor annotation for chain A
 156      */
 157     AlignmentAnnotation chainAnnotation = anns[0];
 158     assertEquals("Temperature Factor", chainAnnotation.label);
 159     // PDBChain constructor changes PDB id to lower case (why?)
 160     assertEquals("Temperature Factor for 3w5vA",
 161             chainAnnotation.description);
 162     assertSame(pf.getSeqs().get(0), chainAnnotation.sequenceRef);
 163     assertEquals(AlignmentAnnotation.LINE_GRAPH, chainAnnotation.graph);
 164     assertEquals(0f, chainAnnotation.graphMin, 0.001f);
 165     assertEquals(40f, chainAnnotation.graphMax, 0.001f);
 166     assertEquals(297, chainAnnotation.annotations.length);
 167     assertEquals(40f, chainAnnotation.annotations[0].value, 0.001f);
 168
 169     /*
 170      * Chain B temp factor
 171      */
 172     chainAnnotation = anns[1];
 173     assertEquals("Temperature Factor for 3w5vB",
 174             chainAnnotation.description);
 175     assertSame(pf.getSeqs().get(1), chainAnnotation.sequenceRef);
 176     assertEquals(96, chainAnnotation.annotations.length);
 177
 178     /*
 179      * Chain C temp factor
 180      */
 181     chainAnnotation = anns[2];
 182     assertEquals("Temperature Factor for 3w5vC",
 183             chainAnnotation.description);
 184     assertSame(pf.getSeqs().get(2), chainAnnotation.sequenceRef);
 185     assertEquals(297, chainAnnotation.annotations.length);
 186
 187     /*
 188      * Chain D temp factor
 189      */
 190     chainAnnotation = anns[3];
 191     assertEquals("Temperature Factor for 3w5vD",
 192             chainAnnotation.description);
 193     assertSame(pf.getSeqs().get(3), chainAnnotation.sequenceRef);
 194     assertEquals(96, chainAnnotation.annotations.length);
 195   }
 196
 197   /**
 198    * Test parsing including secondary structure annotation using JMol; this test
 199    * for the case where flag to add annotations to alignment is set false
 200    *
 201    * @throws IOException
 202    */
 203   @Test(groups = { "Functional" })
 204   public void testParse_withJmol_noAnnotations() throws IOException
 205   {
 206     PDBfile pf = new PDBfile(false, true, false, "examples/3W5V.pdb",
 207             AppletFormatAdapter.FILE);
 208
 209     /*
 210      * alignment annotations _are_ created anyway (in
 211      * AlignSeq.replaceMatchingSeqsWith())
 212      */
 213     final AlignmentAnnotation[] anns = getAlignmentAnnotations(pf);
 214     assertEquals(4, anns.length);
 215
 216     /*
 217      * no sequence annotations created - tempFactor annotation is not added
 218      * unless the flag to 'addAlignmentAnnotations' is set true
 219      */
 220     for (PDBChain c : pf.getChains())
 221     {
 222       assertNull(c.sequence.getAnnotation());
 223     }
 224   }
 225
 226   /**
 227    * Test parsing including secondary structure prediction and annotation using
 228    * JMol
 229    *
 230    * @throws IOException
 231    */
 232   @Test(groups = { "Functional" })
 233   public void testParse_withJmolAddAlignmentAnnotations()
 234           throws IOException
 235   {
 236     PDBfile pf = new PDBfile(true, true, false, "examples/3W5V.pdb",
 237             AppletFormatAdapter.FILE);
 238
 239     /*
 240      * Alignment annotations for TempFactor, SecStruct, per sequence (chain)
 241      */
 242     AlignmentAnnotation[] anns = getAlignmentAnnotations(pf);
 243     assertEquals(8, anns.length);
 244
 245     /*
 246      * other tests have detailed assertions for Temp Factor annotations
 247      */
 248     assertEquals("Temperature Factor for 3w5vA", anns[1].description);
 249     assertEquals("Temperature Factor for 3w5vB", anns[3].description);
 250     assertEquals("Temperature Factor for 3w5vC", anns[5].description);
 251     assertEquals("Temperature Factor for 3w5vD", anns[7].description);
 252
 253     /*
 254      * PDBFileWithJmol (unlike PDBChain!) leaves PDB id upper case
 255      */
 256     assertEquals("Secondary Structure for 3w5vA", anns[0].description);
 257     assertEquals("Secondary Structure for 3w5vB", anns[2].description);
 258     assertEquals("Secondary Structure for 3w5vC", anns[4].description);
 259     assertEquals("Secondary Structure for 3w5vD", anns[6].description);
 260
 261     /*
 262      * Verify SS annotations are linked to respective sequences (chains)
 263      */
 264     assertSame(pf.getSeqs().get(0), anns[0].sequenceRef);
 265     assertSame(pf.getSeqs().get(1), anns[2].sequenceRef);
 266     assertSame(pf.getSeqs().get(2), anns[4].sequenceRef);
 267     assertSame(pf.getSeqs().get(3), anns[6].sequenceRef);
 268
 269     /*
 270      * Verify a sample of SS predictions
 271      */
 272     for (int i = 0; i < 20; i++)
 273     {
 274       assertNull(anns[0].annotations[i]);
 275       assertEquals("E", anns[0].annotations[20].displayCharacter);
 276       assertEquals('E', anns[0].annotations[20].secondaryStructure);
 277       assertEquals("E", anns[2].annotations[18].displayCharacter);
 278       assertEquals("H", anns[2].annotations[23].displayCharacter);
 279     }
 280   }
 281
 282   /**
 283    * Placeholder for a test of parsing RNA structure with secondary structure
 284    * prediction using the Annotate3D service
 285    *
 286    * @throws IOException
 287    */
 288
 289   @Test(groups = { "Functional" }, enabled = false)
 290   public void testParse_withAnnotate3D() throws IOException
 291   {
 292     // TODO requires a mock for Annotate3D processing
 293     // and/or run as an integration test
 294     PDBfile pf = new PDBfile(true, true, true, "examples/2GIS.pdb",
 295             AppletFormatAdapter.FILE);
 296   }
 297
 298   /**
 299    * Helper method to extract parsed annotations from the PDBfile
 300    *
 301    * @param pf
 302    * @return
 303    */
 304   private AlignmentAnnotation[] getAlignmentAnnotations(PDBfile pf)
 305   {
 306     AlignmentI al = new Alignment(pf.getSeqsAsArray());
 307     pf.addAnnotations(al);
 308     return al.getAlignmentAnnotation();
 309   }
 310 }