test/MCview/ResidueTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27
  28 import java.util.Vector;
  29
  30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class ResidueTest
  34 {
  35
  36   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  37   public void setUpJvOptionPane()
  38   {
  39     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  40     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  41   }
  42
  43   @Test(groups = { "Functional" })
  44   public void testFindAtom()
  45   {
  46     Atom a1 = new Atom(1f, 2f, 3f);
  47     a1.name = "C";
  48     Atom a2 = new Atom(1f, 2f, 3f);
  49     a2.name = "A";
  50     Atom a3 = new Atom(1f, 2f, 3f);
  51     a3.name = "P";
  52     Atom a4 = new Atom(1f, 2f, 3f);
  53     a4.name = "C";
  54     Vector<Atom> v = new Vector<Atom>();
  55     v.add(a1);
  56     v.add(a2);
  57     v.add(a3);
  58     v.add(a4);
  59     Residue r = new Residue(v, 293, 12);
  60
  61     assertSame(a1, r.findAtom("C"));
  62     assertSame(a2, r.findAtom("A"));
  63     assertSame(a3, r.findAtom("P"));
  64     assertNull(r.findAtom("S"));
  65   }
  66 }