JAL-2164 JAL-1919 disabled PDB file parser configuration option
[jalview.git] / test / MCview / ResidueTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package MCview;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertSame;
25
26 import java.util.Vector;
27
28 import org.testng.annotations.Test;
29
30 public class ResidueTest
31 {
32
33   @Test(groups = { "Functional" })
34   public void testFindAtom()
35   {
36     Atom a1 = new Atom(1f, 2f, 3f);
37     a1.name = "C";
38     Atom a2 = new Atom(1f, 2f, 3f);
39     a2.name = "A";
40     Atom a3 = new Atom(1f, 2f, 3f);
41     a3.name = "P";
42     Atom a4 = new Atom(1f, 2f, 3f);
43     a4.name = "C";
44     Vector<Atom> v = new Vector<Atom>();
45     v.add(a1);
46     v.add(a2);
47     v.add(a3);
48     v.add(a4);
49     Residue r = new Residue(v, 293, 12);
50
51     assertSame(a1, r.findAtom("C"));
52     assertSame(a2, r.findAtom("A"));
53     assertSame(a3, r.findAtom("P"));
54     assertNull(r.findAtom("S"));
55   }
56 }