test/jalview/analysis/AAFrequencyTest.java

   1
   2 package jalview.analysis;
   3 import static org.junit.Assert.assertEquals;
   4 import static org.junit.Assert.assertNull;
   5 import jalview.datamodel.Sequence;
   6 import jalview.datamodel.SequenceI;
   7
   8 import java.util.Hashtable;
   9
  10 import org.junit.Test;
  11
  12 public class AAFrequencyTest
  13 {
  14   private static final String C = AAFrequency.MAXCOUNT;
  15
  16   private static final String R = AAFrequency.MAXRESIDUE;
  17
  18   private static final String G = AAFrequency.PID_GAPS;
  19
  20   private static final String N = AAFrequency.PID_NOGAPS;
  21
  22   private static final String P = AAFrequency.PROFILE;
  23
  24   @Test
  25   public void testCalculate_noProfile()
  26   {
  27     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  28     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  29     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  30     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  31     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
  32     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  33     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
  34
  35     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, false);
  36
  37     // col 0 is 100% C
  38     Hashtable col = result[0];
  39     assertEquals(100f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  40     assertEquals(100f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  41     assertEquals(4, col.get(C));
  42     assertEquals("C", col.get(R));
  43     assertNull(col.get(P));
  44
  45     // col 1 is 75% A
  46     col = result[1];
  47     assertEquals(75f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  48     assertEquals(100f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  49     assertEquals(3, col.get(C));
  50     assertEquals("A", col.get(R));
  51
  52     // col 2 is 50% G 50% C or 25/25 counting gaps
  53     col = result[2];
  54     assertEquals(25f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  55     assertEquals(50f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  56     assertEquals(1, col.get(C));
  57     assertEquals("CG", col.get(R));
  58
  59     // col 3 is 75% T 25% G
  60     col = result[3];
  61     assertEquals(75f, (Float) col.get(G), 0.0001f);
  62     assertEquals(75f, (Float) col.get(N), 0.0001f);
  63     assertEquals(3, col.get(C));
  64     assertEquals("T", col.get(R));
  65   }
  66
  67   @Test
  68   public void testCalculate_withProfile()
  69   {
  70     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
  71     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
  72     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
  73     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
  74     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
  75     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
  76     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
  77
  78     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
  79     int[][] profile = (int[][]) result[0].get(P);
  80     assertEquals(4, profile[0]['C']);
  81     assertEquals(4, profile[1][0]); // no of seqs
  82     assertEquals(4, profile[1][1]); // nongapped in column
  83
  84     profile = (int[][]) result[1].get(P);
  85     assertEquals(3, profile[0]['A']);
  86     assertEquals(4, profile[1][0]);
  87     assertEquals(3, profile[1][1]);
  88
  89     profile = (int[][]) result[2].get(P);
  90     assertEquals(1, profile[0]['G']);
  91     assertEquals(1, profile[0]['C']);
  92     assertEquals(4, profile[1][0]);
  93     assertEquals(2, profile[1][1]);
  94
  95     profile = (int[][]) result[3].get(P);
  96     assertEquals(3, profile[0]['T']);
  97     assertEquals(1, profile[0]['G']);
  98     assertEquals(4, profile[1][0]);
  99     assertEquals(4, profile[1][1]);
 100   }
 101
 102   @Test
 103   public void testCalculate_withProfileTiming()
 104   {
 105     SequenceI seq1 = new Sequence("Seq1", "CAGT");
 106     SequenceI seq2 = new Sequence("Seq2", "CACT");
 107     SequenceI seq3 = new Sequence("Seq3", "C--G");
 108     SequenceI seq4 = new Sequence("Seq4", "CA-t");
 109     SequenceI[] seqs = new SequenceI[]
 110     { seq1, seq2, seq3, seq4 };
 111     Hashtable[] result = new Hashtable[seq1.getLength()];
 112
 113     // ensure class loaded and initialized
 114     AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 115     int reps = 100000;
 116     long start = System.currentTimeMillis();
 117     for (int i = 0; i < reps; i++)
 118     {
 119       AAFrequency.calculate(seqs, 0, seq1.getLength(), result, true);
 120     }
 121     System.out.println(System.currentTimeMillis() - start);
 122   }
 123
 124   @Test
 125   public void testGetPercentageFormat()
 126   {
 127     assertNull(AAFrequency.getPercentageFormat(0));
 128     assertNull(AAFrequency.getPercentageFormat(99));
 129     assertEquals("%3.1f", AAFrequency.getPercentageFormat(100).toString());
 130     assertEquals("%3.1f", AAFrequency.getPercentageFormat(999).toString());
 131     assertEquals("%3.2f", AAFrequency.getPercentageFormat(1000).toString());
 132     assertEquals("%3.2f", AAFrequency.getPercentageFormat(9999).toString());
 133   }
 134 }