test/jalview/analysis/AlignSeqTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.junit.Assert.assertEquals;
  24 import static org.junit.Assert.assertNull;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27
  28 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  29 import org.testng.annotations.Test;
  30
  31 public class AlignSeqTest
  32 {
  33
  34   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  35   public void setUpJvOptionPane()
  36   {
  37     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  38     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  39   }
  40
  41   @Test(groups = { "Functional" })
  42   public void testExtractGaps()
  43   {
  44     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, null));
  45     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, "ACG"));
  46     assertNull(AlignSeq.extractGaps("-. ", null));
  47
  48     assertEquals(" AC-G.T", AlignSeq.extractGaps("", " AC-G.T"));
  49     assertEquals("AC-G.T", AlignSeq.extractGaps(" ", " AC-G.T"));
  50     assertEquals("ACG.T", AlignSeq.extractGaps(" -", " AC-G.T"));
  51     assertEquals("ACGT", AlignSeq.extractGaps(" -.", " AC-G.T ."));
  52     assertEquals(" ACG.T", AlignSeq.extractGaps("-", " AC-G.T"));
  53   }
  54 }