test/jalview/analysis/AlignSeqTest.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.Assert.assertEquals;
  24 import static org.testng.Assert.assertNull;
  25 import static org.testng.internal.junit.ArrayAsserts.assertArrayEquals;
  26
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.gui.JvOptionPane;
  29
  30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class AlignSeqTest
  34 {
  35
  36   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  37   public void setUpJvOptionPane()
  38   {
  39     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  40     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  41   }
  42
  43   @Test(groups = { "Functional" })
  44   public void testExtractGaps()
  45   {
  46     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, null));
  47     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, "ACG"));
  48     assertNull(AlignSeq.extractGaps("-. ", null));
  49
  50     assertEquals(AlignSeq.extractGaps("", " AC-G.T"), " AC-G.T");
  51     assertEquals(AlignSeq.extractGaps(" ", " AC-G.T"), "AC-G.T");
  52     assertEquals(AlignSeq.extractGaps(" -", " AC-G.T"), "ACG.T");
  53     assertEquals(AlignSeq.extractGaps(" -.", " AC-G.T ."), "ACGT");
  54     assertEquals(AlignSeq.extractGaps("-", " AC-G.T"), " ACG.T");
  55     assertEquals(AlignSeq.extractGaps("-. ", " -. .-"), "");
  56   }
  57
  58   @Test(groups = { "Functional" })
  59   public void testIndexEncode_nucleotide()
  60   {
  61     AlignSeq as = new AlignSeq(new Sequence("s1", "TTAG"),
  62             new Sequence("s2", "ACGT"), AlignSeq.DNA);
  63     int[] expected = new int[] { 0, 0, 1, 1, 2, 2, 3, 3, 4, 4, 5, 5, 6, 6,
  64         7, 7, 8, 8, 9, 9, -1, -1, 10, -1 };
  65     String s = "aAcCgGtTuUiIxXrRyYnN .-?";
  66     assertArrayEquals(expected, as.indexEncode(s));
  67   }
  68
  69   @Test(groups = { "Functional" })
  70   public void testIndexEncode_peptide()
  71   {
  72     AlignSeq as = new AlignSeq(new Sequence("s1", "PFY"),
  73             new Sequence("s2", "RQW"), AlignSeq.PEP);
  74     int[] expected = new int[] { 0, 0, 1, 1, 2, 2, 21, 21, 22, 22, -1, 23,
  75         -1, -1, -1 };
  76     String s = "aArRnNzZxX *.-?";
  77     assertArrayEquals(expected, as.indexEncode(s));
  78   }
  79 }