test/jalview/analysis/AverageDistanceEngineTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.FileInputStream;
   5 import java.io.IOException;
   6 import java.io.InputStream;
   7 import java.util.ArrayList;
   8 import java.util.List;
   9 import java.util.Map;
  10
  11 import org.junit.Assert;
  12 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  13 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  14 import org.testng.annotations.Test;
  15
  16 import jalview.bin.Cache;
  17 import jalview.bin.Console;
  18 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  19 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  20 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  21 import jalview.datamodel.ContactMatrixI;
  22 import jalview.datamodel.SequenceI;
  23 import jalview.gui.AlignFrame;
  24 import jalview.gui.JvOptionPane;
  25 import jalview.io.DataSourceType;
  26 import jalview.io.FastaFile;
  27 import jalview.io.FileLoader;
  28 import jalview.io.FormatAdapter;
  29 import jalview.util.Platform;
  30 import jalview.ws.datamodel.alphafold.PAEContactMatrix;
  31
  32 public class AverageDistanceEngineTest
  33 {
  34
  35     @BeforeClass(alwaysRun = true)
  36     public void setUpJvOptionPane()
  37     {
  38       JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  39       JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  40     }
  41
  42     @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  43     public void loadProperties()
  44     {
  45       Cache.loadProperties("test/jalview/bin/TestProps.jvprops");
  46     }
  47     @Test(groups={"Functional"})
  48     public void testUPGMAEngine() throws Exception
  49     {
  50       AlignFrame af = new FileLoader(false).LoadFileWaitTillLoaded("examples/test_fab41.result/sample.a3m",DataSourceType.FILE);
  51       AlignmentI seqs = af.getViewport().getAlignment();
  52       SequenceI target = seqs.getSequenceAt(0);
  53       File testPAE = new File("examples/test_fab41.result/test_fab41_predicted_aligned_error_v1.json");
  54       List<Object> pae_obj = (List<Object>) Platform.parseJSON(new FileInputStream(testPAE));
  55       if (pae_obj == null)
  56       {
  57         Assert.fail("JSON PAE file did not parse properly.");
  58       }
  59       ContactMatrixI matrix = new PAEContactMatrix(target,
  60               (Map<String, Object>) pae_obj.get(0));
  61       AlignmentAnnotation aa = target.addContactList(matrix);
  62       System.out.println("Matrix has max="+matrix.getMax()+" and min="+matrix.getMin());
  63       long start = System.currentTimeMillis();
  64       AverageDistanceEngine clusterer = new AverageDistanceEngine(af.getViewport(), null, matrix);
  65       System.out.println("built a tree in "+(System.currentTimeMillis()-start)*0.001+" seconds.");
  66       StringBuffer sb = new StringBuffer();
  67       System.out.println("Newick string\n"+      new jalview.io.NewickFile(clusterer.getTopNode(),true,true).print());
  68
  69       double height = clusterer.findHeight(clusterer.getTopNode());
  70       // compute height fraction to cut
  71       // PAE matrixes are absolute measure in angstrom, so
  72       // cluster all regions within threshold (e.g. 2A) - if height above threshold. Otherwise all nodes are in one cluster
  73       double thr=.2;
  74       List<BinaryNode> groups;
  75       if (height>thr)
  76       {
  77         float cut = (float) (thr/height);
  78         System.out.println("Threshold "+cut+" for height="+height);
  79         groups = clusterer.groupNodes(cut);
  80       } else{
  81         groups=new ArrayList<BinaryNode>();
  82         groups.add(clusterer.getTopNode());
  83       }
  84       int n=1;
  85       for (BinaryNode root:groups)
  86       {
  87         System.out.println("Cluster "+n++);
  88         for (BinaryNode leaf:clusterer.findLeaves(root))
  89         {
  90           System.out.print(" "+leaf.getName());
  91         }
  92         System.out.println("\\");
  93       }
  94
  95     }
  96
  97 }