JAL-1988 JAL-3130 New jlinked JRE in jalview_java2 with modules. Still needs jaxws...
[jalview.git] / test / jalview / analysis / CodingUtilsTest.java
1 /*
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16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.analysis;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
25
26 import jalview.gui.JvOptionPane;
27
28 import java.util.Arrays;
29
30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
31 import org.testng.annotations.Test;
32
33 public class CodingUtilsTest
34 {
35
36   @BeforeClass(alwaysRun = true)
37   public void setUpJvOptionPane()
38   {
39     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
40     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
41   }
42
43   @Test(groups = { "Functional" })
44   public void testDecodeCodon()
45   {
46     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'A' },
47             CodingUtils.decodeCodon(0)));
48     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'C' },
49             CodingUtils.decodeCodon(1)));
50     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'G' },
51             CodingUtils.decodeCodon(2)));
52     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'T' },
53             CodingUtils.decodeCodon(3)));
54     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'C', 'A' },
55             CodingUtils.decodeCodon(4)));
56     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'C', 'A', 'A' },
57             CodingUtils.decodeCodon(16)));
58     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'G', 'G', 'G' },
59             CodingUtils.decodeCodon(42)));
60     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'T', 'T', 'T' },
61             CodingUtils.decodeCodon(63)));
62   }
63
64   @Test(groups = { "Functional" })
65   public void testDecodeNucleotide()
66   {
67     assertEquals('A', CodingUtils.decodeNucleotide(0));
68     assertEquals('C', CodingUtils.decodeNucleotide(1));
69     assertEquals('G', CodingUtils.decodeNucleotide(2));
70     assertEquals('T', CodingUtils.decodeNucleotide(3));
71     assertEquals('0', CodingUtils.decodeNucleotide(4));
72   }
73
74   @Test(groups = { "Functional" })
75   public void testEncodeCodon()
76   {
77     assertTrue(CodingUtils.encodeCodon('Z') < 0);
78     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('a'));
79     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('A'));
80     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('c'));
81     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('C'));
82     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('g'));
83     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('G'));
84     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('t'));
85     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('T'));
86     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('u'));
87     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('U'));
88
89     assertEquals(-1, CodingUtils.encodeCodon(null));
90     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'A' }));
91     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'C' }));
92     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'G' }));
93     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'T' }));
94     assertEquals(4, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'C', 'A' }));
95     assertEquals(16, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'C', 'A', 'A' }));
96     assertEquals(42, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'G', 'G', 'G' }));
97     assertEquals(63, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'T', 'T', 'T' }));
98   }
99
100 }