test/jalview/analysis/CodingUtilsTest.java

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  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertTrue;
  25
  26 import jalview.gui.JvOptionPane;
  27
  28 import java.util.Arrays;
  29
  30 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  31 import org.testng.annotations.Test;
  32
  33 public class CodingUtilsTest
  34 {
  35
  36   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  37   public void setUpJvOptionPane()
  38   {
  39     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  40     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  41   }
  42
  43   @Test(groups = { "Functional" })
  44   public void testDecodeCodon()
  45   {
  46     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'A' },
  47             CodingUtils.decodeCodon(0)));
  48     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'C' },
  49             CodingUtils.decodeCodon(1)));
  50     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'G' },
  51             CodingUtils.decodeCodon(2)));
  52     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'A', 'T' },
  53             CodingUtils.decodeCodon(3)));
  54     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'A', 'C', 'A' },
  55             CodingUtils.decodeCodon(4)));
  56     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'C', 'A', 'A' },
  57             CodingUtils.decodeCodon(16)));
  58     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'G', 'G', 'G' },
  59             CodingUtils.decodeCodon(42)));
  60     assertTrue(Arrays.equals(new char[] { 'T', 'T', 'T' },
  61             CodingUtils.decodeCodon(63)));
  62   }
  63
  64   @Test(groups = { "Functional" })
  65   public void testDecodeNucleotide()
  66   {
  67     assertEquals('A', CodingUtils.decodeNucleotide(0));
  68     assertEquals('C', CodingUtils.decodeNucleotide(1));
  69     assertEquals('G', CodingUtils.decodeNucleotide(2));
  70     assertEquals('T', CodingUtils.decodeNucleotide(3));
  71     assertEquals('0', CodingUtils.decodeNucleotide(4));
  72   }
  73
  74   @Test(groups = { "Functional" })
  75   public void testEncodeCodon()
  76   {
  77     assertTrue(CodingUtils.encodeCodon('Z') < 0);
  78     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('a'));
  79     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon('A'));
  80     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('c'));
  81     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon('C'));
  82     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('g'));
  83     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon('G'));
  84     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('t'));
  85     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('T'));
  86     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('u'));
  87     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon('U'));
  88
  89     assertEquals(-1, CodingUtils.encodeCodon(null));
  90     assertEquals(0, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'A' }));
  91     assertEquals(1, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'C' }));
  92     assertEquals(2, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'G' }));
  93     assertEquals(3, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'A', 'T' }));
  94     assertEquals(4, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'A', 'C', 'A' }));
  95     assertEquals(16, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'C', 'A', 'A' }));
  96     assertEquals(42, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'G', 'G', 'G' }));
  97     assertEquals(63, CodingUtils.encodeCodon(new char[] { 'T', 'T', 'T' }));
  98   }
  99
 100 }