test/jalview/analysis/DnaAlignmentGenerator.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import java.util.Random;
   4
   5 /**
   6  * Generates a random Fasta format DNA alignment for given sequence length and
   7  * count.
   8  *
   9  * @author gmcarstairs
  10  *
  11  */
  12 public class DnaAlignmentGenerator
  13 {
  14   private static final char GAP = '-';
  15
  16   private static final char[] BASES = new char[]
  17     { 'G', 'T', 'C', 'A', GAP };
  18
  19   private Random random;
  20
  21   /**
  22    * Given args for sequence length and count, output a DNA 'alignment' where
  23    * each position is a random choice from 'GTCA-'.
  24    *
  25    * @param args
  26    *          the width (base count) and height (sequence count) to generate
  27    *          plus an integer random seed value
  28    */
  29   public static void main(String[] args)
  30   {
  31     int width = Integer.parseInt(args[0]);
  32     int height = Integer.parseInt(args[1]);
  33     long randomSeed = Long.valueOf(args[2]);
  34     new DnaAlignmentGenerator().generate(width, height, randomSeed);
  35   }
  36
  37   /**
  38    * Outputs a DNA 'alignment' of given width and height, where each position is
  39    * a random choice from 'GTCA-'.
  40    *
  41    * @param width
  42    * @param height
  43    * @param randomSeed
  44    */
  45   private void generate(int width, int height, long randomSeed)
  46   {
  47     random = new Random(randomSeed);
  48     for (int seqno = 0; seqno < height; seqno++)
  49     {
  50       generateSequence(seqno + 1, width);
  51     }
  52   }
  53
  54   /**
  55    * Outputs a DNA 'sequence' of given length, with some random gaps included.
  56    *
  57    * @param seqno
  58    * @param length
  59    */
  60   private void generateSequence(int seqno, int length)
  61   {
  62     System.out.println(">SEQ" + seqno);
  63     StringBuilder seq = new StringBuilder(length);
  64
  65     /*
  66      * Loop till we've output 'length' real bases (excluding gaps)
  67      */
  68     for (int count = 0 ; count < length ; ) {
  69       char c = BASES[random.nextInt(Integer.MAX_VALUE) % 5];
  70       seq.append(c);
  71       if (c != GAP)
  72       {
  73         count++;
  74       }
  75     }
  76     System.out.println(seq.toString());
  77   }
  78 }