JAL-1988 JAL-3130 New jlinked JRE in jalview_java2 with modules. Still needs jaxws...
[jalview.git] / test / jalview / analysis / GroupingTest.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.analysis;
22
23 import jalview.datamodel.Alignment;
24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
25 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
26 import jalview.datamodel.Sequence;
27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
28 import jalview.datamodel.SequenceI;
29 import jalview.gui.JvOptionPane;
30
31 import java.util.Arrays;
32
33 import org.testng.AssertJUnit;
34 import org.testng.annotations.BeforeClass;
35 import org.testng.annotations.Test;
36
37 public class GroupingTest
38 {
39   @BeforeClass(alwaysRun = true)
40   public void setUpJvOptionPane()
41   {
42     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
43     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
44   }
45
46   Sequence s1 = new Sequence("s1", "AAAADDDDEEEE");
47
48   Sequence s2 = new Sequence("s2", "AAAADDDDEEEE");
49
50   Sequence s3 = new Sequence("s3", "ACAADDEDEEEE");
51
52   Sequence s4 = new Sequence("s4", "AAAADDEDEEEE");
53
54   Sequence s5 = new Sequence("s5", "AAAADDEDTTEE");
55
56   SequenceGroup sg_12 = new SequenceGroup(Arrays.asList(new SequenceI[] {
57       s1, s2 }), "Group1", null, false, false, false, 0, 5);
58
59   SequenceGroup sg_345 = new SequenceGroup(Arrays.asList(new SequenceI[] {
60       s3, s4, s5 }), "Group2", null, false, false, false, 0, 5);
61
62   AlignmentI alignment = new Alignment(
63           new SequenceI[] { s1, s2, s3, s4, s5 });
64
65   /*
66    * test for the case where column selections are not added in
67    * left to right order
68    */
69   int[] positions = new int[] { 7, 9, 1 };
70
71   @Test(groups = { "Functional" })
72   public void testMakeGroupsWithBoth()
73   {
74     String[] str = new String[alignment.getHeight()];
75     int seq = 0;
76     for (SequenceI s : alignment.getSequences())
77     {
78       StringBuilder sb = new StringBuilder();
79       for (int p : positions)
80       {
81         sb.append(s.getCharAt(p));
82       }
83       str[seq++] = sb.toString();
84     }
85     SequenceGroup[] seqgroupsString = Grouping.makeGroupsFrom(
86             alignment.getSequencesArray(), str,
87             Arrays.asList(new SequenceGroup[] { sg_12, sg_345 }));
88
89     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
90     for (int p : positions)
91     {
92       cs.addElement(p);
93     }
94     SequenceGroup[] seqgroupsColSel = Grouping.makeGroupsFromCols(
95             alignment.getSequencesArray(), cs,
96             Arrays.asList(new SequenceGroup[] { sg_12, sg_345 }));
97     AssertJUnit
98             .assertEquals(seqgroupsString.length, seqgroupsColSel.length);
99     for (int p = 0; p < seqgroupsString.length; p++)
100     {
101       AssertJUnit.assertEquals(seqgroupsString[p].getName(),
102               seqgroupsColSel[p].getName());
103       AssertJUnit.assertArrayEquals(
104               seqgroupsString[p].getSequencesInOrder(alignment),
105               seqgroupsColSel[p].getSequencesInOrder(alignment));
106       if (seqgroupsString[p].getSequences().contains(s2))
107       {
108         AssertJUnit.assertTrue(seqgroupsString[p].getSize() == 2);
109       }
110     }
111   }
112
113 }