test/jalview/analysis/RnaTest.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
   4 import static org.testng.AssertJUnit.fail;
   5
   6 import jalview.analysis.SecStrConsensus.SimpleBP;
   7
   8 import java.util.Vector;
   9
  10 import org.testng.annotations.Test;
  11
  12 public class RnaTest
  13 {
  14   @Test(groups = { "Functional" })
  15   public void testGetSimpleBPs() throws WUSSParseException
  16   {
  17     String rna = "([{})]"; // JAL-1081 example
  18     Vector<SimpleBP> bps = Rna.GetSimpleBPs(rna);
  19     assertEquals(3, bps.size());
  20
  21     /*
  22      * the base pairs are added in the order in which the matching base is found
  23      */
  24     assertEquals(2, bps.get(0).bp5); // {
  25     assertEquals(3, bps.get(0).bp3); // }
  26     assertEquals(0, bps.get(1).bp5); // (
  27     assertEquals(4, bps.get(1).bp3); // )
  28     assertEquals(1, bps.get(2).bp5); // [
  29     assertEquals(5, bps.get(2).bp3); // ]
  30   }
  31
  32   @Test(groups = { "Functional" })
  33   public void testGetSimpleBPs_unmatchedOpener()
  34   {
  35     String rna = "(([{})]";
  36     try
  37     {
  38       Rna.GetSimpleBPs(rna);
  39       fail("expected exception");
  40     } catch (WUSSParseException e)
  41     {
  42       // expected
  43     }
  44   }
  45
  46   @Test(groups = { "Functional" })
  47   public void testGetSimpleBPs_unmatchedCloser()
  48   {
  49     String rna = "([{})]]";
  50     try
  51     {
  52       Rna.GetSimpleBPs(rna);
  53       fail("expected exception");
  54     } catch (WUSSParseException e)
  55     {
  56       // expected
  57     }
  58   }
  59 }