JAL-1988 JAL-3130 New jlinked JRE in jalview_java2 with modules. Still needs jaxws...
[jalview.git] / test / jalview / analysis / TestAlignSeq.java
1 /*
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
4  * 
5  * This file is part of Jalview.
6  * 
7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
8  * modify it under the terms of the GNU General Public License 
9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
10  * of the License, or (at your option) any later version.
11  *  
12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but 
13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty 
14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR 
15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
16  * 
17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
20  */
21 package jalview.analysis;
22
23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
25
26 import jalview.datamodel.Mapping;
27 import jalview.datamodel.Sequence;
28 import jalview.datamodel.SequenceI;
29 import jalview.gui.JvOptionPane;
30
31 import java.io.PrintStream;
32
33 import org.testng.annotations.BeforeClass;
34 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
35 import org.testng.annotations.Test;
36
37 /**
38  * Test the alignment -> Mapping routines
39  * 
40  * @author jimp
41  * 
42  */
43 public class TestAlignSeq
44 {
45
46   @BeforeClass(alwaysRun = true)
47   public void setUpJvOptionPane()
48   {
49     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
50     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
51   }
52
53   SequenceI s1, s2, s3;
54
55   /**
56    * @throws java.lang.Exception
57    */
58   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
59   public void setUp() throws Exception
60   {
61     s1 = new Sequence("Seq1", "ASDFAQQQRRRSSS");
62     s1.setStart(3);
63     s1.setEnd(18);
64     s2 = new Sequence("Seq2", "ASDFA");
65     s2.setStart(5);
66     s2.setEnd(9);
67     s3 = new Sequence("Seq3", "SDFAQQQSSS");
68
69   }
70
71   @Test(groups = { "Functional" })
72   /**
73    * simple test that mapping from alignment corresponds identical positions.
74    */
75   public void testGetMappingForS1()
76   {
77     AlignSeq as = AlignSeq.doGlobalNWAlignment(s1, s2, AlignSeq.PEP);
78     System.out.println("s1: " + as.getAStr1());
79     System.out.println("s2: " + as.getAStr2());
80
81     // aligned results match
82     assertEquals("ASDFA", as.getAStr1());
83     assertEquals(as.getAStr1(), as.getAStr2());
84
85     Mapping s1tos2 = as.getMappingFromS1(false);
86     System.out.println(s1tos2.getMap().toString());
87     for (int i = s2.getStart(); i < s2.getEnd(); i++)
88     {
89       System.out.println("Position in s2: " + i
90               + " maps to position in s1: " + s1tos2.getPosition(i));
91       // TODO fails: getCharAt doesn't allow for the start position??
92       // assertEquals(String.valueOf(s2.getCharAt(i)),
93       // String.valueOf(s1.getCharAt(s1tos2.getPosition(i))));
94     }
95   }
96
97   @Test(groups = { "Functional" })
98   public void testExtractGaps()
99   {
100     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, null));
101     assertNull(AlignSeq.extractGaps(". -", null));
102     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, "AB-C"));
103
104     assertEquals("ABCD", AlignSeq.extractGaps(" .-", ". -A-B.C D."));
105   }
106
107   @Test(groups = { "Functional" })
108   public void testPrintAlignment()
109   {
110     AlignSeq as = AlignSeq.doGlobalNWAlignment(s1, s3, AlignSeq.PEP);
111     final StringBuilder baos = new StringBuilder();
112     PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
113     {
114       @Override
115       public void print(String x)
116       {
117         baos.append(x);
118       }
119
120       @Override
121       public void println()
122       {
123         baos.append("\n");
124       }
125     };
126
127     as.printAlignment(ps);
128     String expected = "Score = 320.0\nLength of alignment = 10\nSequence Seq1/4-13 (Sequence length = 14)\nSequence Seq3/1-10 (Sequence length = 10)\n\n"
129             + "Seq1/4-13 SDFAQQQRRR\n"
130             + "          |||||||   \n"
131             + "Seq3/1-10 SDFAQQQSSS\n\n" + "Percentage ID = 70.00\n\n";
132     assertEquals(expected, baos.toString());
133   }
134 }