test/jalview/analysis/TestAlignSeq.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import static org.testng.AssertJUnit.assertEquals;
  24 import static org.testng.AssertJUnit.assertNull;
  25
  26 import jalview.datamodel.Mapping;
  27 import jalview.datamodel.Sequence;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.gui.JvOptionPane;
  30
  31 import java.io.PrintStream;
  32
  33 import org.testng.annotations.BeforeClass;
  34 import org.testng.annotations.BeforeMethod;
  35 import org.testng.annotations.Test;
  36
  37 /**
  38  * Test the alignment -> Mapping routines
  39  *
  40  * @author jimp
  41  *
  42  */
  43 public class TestAlignSeq
  44 {
  45
  46   @BeforeClass(alwaysRun = true)
  47   public void setUpJvOptionPane()
  48   {
  49     JvOptionPane.setInteractiveMode(false);
  50     JvOptionPane.setMockResponse(JvOptionPane.CANCEL_OPTION);
  51   }
  52
  53   SequenceI s1, s2, s3;
  54
  55   /**
  56    * @throws java.lang.Exception
  57    */
  58   @BeforeMethod(alwaysRun = true)
  59   public void setUp() throws Exception
  60   {
  61     s1 = new Sequence("Seq1", "ASDFAQQQRRRSSS");
  62     s1.setStart(3);
  63     s1.setEnd(18);
  64     s2 = new Sequence("Seq2", "ASDFA");
  65     s2.setStart(5);
  66     s2.setEnd(9);
  67     s3 = new Sequence("Seq3", "SDFAQQQSSS");
  68
  69   }
  70
  71   @Test(groups = { "Functional" })
  72   /**
  73    * simple test that mapping from alignment corresponds identical positions.
  74    */
  75   public void testGetMappingForS1()
  76   {
  77     AlignSeq as = AlignSeq.doGlobalNWAlignment(s1, s2, AlignSeq.PEP);
  78     System.out.println("s1: " + as.getAStr1());
  79     System.out.println("s2: " + as.getAStr2());
  80
  81     // aligned results match
  82     assertEquals("ASDFA", as.getAStr1());
  83     assertEquals(as.getAStr1(), as.getAStr2());
  84
  85     Mapping s1tos2 = as.getMappingFromS1(false);
  86     System.out.println(s1tos2.getMap().toString());
  87     for (int i = s2.getStart(); i < s2.getEnd(); i++)
  88     {
  89       System.out.println("Position in s2: " + i
  90               + " maps to position in s1: " + s1tos2.getPosition(i));
  91       // TODO fails: getCharAt doesn't allow for the start position??
  92       // assertEquals(String.valueOf(s2.getCharAt(i)),
  93       // String.valueOf(s1.getCharAt(s1tos2.getPosition(i))));
  94     }
  95   }
  96
  97   @Test(groups = { "Functional" })
  98   public void testExtractGaps()
  99   {
 100     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, null));
 101     assertNull(AlignSeq.extractGaps(". -", null));
 102     assertNull(AlignSeq.extractGaps(null, "AB-C"));
 103
 104     assertEquals("ABCD", AlignSeq.extractGaps(" .-", ". -A-B.C D."));
 105   }
 106
 107   @Test(groups = { "Functional" })
 108   public void testPrintAlignment()
 109   {
 110     AlignSeq as = AlignSeq.doGlobalNWAlignment(s1, s3, AlignSeq.PEP);
 111     final StringBuilder baos = new StringBuilder();
 112     PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 113     {
 114       @Override
 115       public void print(String x)
 116       {
 117         baos.append(x);
 118       }
 119
 120       @Override
 121       public void println()
 122       {
 123         baos.append("\n");
 124       }
 125     };
 126
 127     as.printAlignment(ps);
 128     String expected = "Score = 320.0\nLength of alignment = 10\nSequence Seq1/4-13 (Sequence length = 14)\nSequence Seq3/1-10 (Sequence length = 10)\n\n"
 129             + "Seq1/4-13 SDFAQQQRRR\n"
 130             + "          |||||||   \n"
 131             + "Seq3/1-10 SDFAQQQSSS\n\n" + "Percentage ID = 70.00\n\n";
 132     assertEquals(expected, baos.toString());
 133   }
 134 }